RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000569950.1

VPS35-211, Transcript of VPS35, retromer complex component, humanhuman

TSL 5

Gene VPS35, Length 1,096 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35-211ENST00000569950 G6PCP35575 357 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 INPP1P49441 399 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 COMPP49747 757 aaPredicted RBP7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 CRIP2P52943 208 aaPredicted RBP7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 RAG2P55895 527 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 CX3CL1P78423 397 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 PRSS8Q16651 343 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 KRTAP21-3Q3LHN1 58 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 AARDQ4LEZ3 155 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 C10orf55Q5SWW7 151 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 TMED4Q7Z7H5 227 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 PPP1R27Q86WC6 154 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 SELENOHQ8IZQ5 122 aaKnown RBP7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 CENPSQ8N2Z9 138 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 CCDC71LQ8N9Z2 235 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 TEX45Q8NA69 505 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 CD300LFQ8TDQ1 290 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 R3HDM4Q96D70 268 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 TSNAXQ99598 290 aaKnown RBP7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 MARVELD1Q9BSK0 173 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 NPFFR1Q9GZQ6 430 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 RAB18Q9NP72 206 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 COPZ2Q9P299 210 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 ZNF580Q9UK33 172 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 MMP24Q9Y5R2 645 aa7.31□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 TRAV6A0A075B6T7 132 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 CENPXA8MT69 81 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 UPK2O00526 184 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 ATP6V0E1O15342 81 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 SOX15O60248 233 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 SFT2D2O95562 160 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 KRASP01116 189 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 IGF1P05019 195 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 OR4E1P0C645 316 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 PPIFP30405 207 aaKnown RBP7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 UBE2MP61081 183 aaKnown RBP7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 DHRS2Q13268 280 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 NMSQ5H8A3 153 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 TCTEX1D4Q5JR98 221 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 HIST2H2BDQ6DRA6 164 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 LIN54Q6MZP7 749 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 SSX9Q7RTT3 188 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 LRTM2Q8N967 370 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 POC5Q8NA72 575 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 OR52B4Q8NGK2 314 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 NOL4LQ96MY1 436 aaPredicted RBP7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 SCGB3A2Q96PL1 93 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 PRSS22Q9GZN4 317 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 OR51J1Q9H342 316 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 BEX1Q9HBH7 125 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 TMEM140Q9NV12 185 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 NUBP2Q9Y5Y2 271 aa7.3□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 FAM240BA0A1B0GVZ2 78 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 CLPSL1A2RUU4 121 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 TEX22C9J3V5 150 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 G3V318 75 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 B3GALNT1O75752 331 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 OR2A4O95047 310 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 HRASP01112 189 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 FGF2P09038 288 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 H2AFB2P0C5Z0 115 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 SRSF4Q08170 494 aaKnown RBP7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 DCTN2Q13561 401 aaKnown RBP7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 AWAT1Q58HT5 328 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 MZT2BQ6NZ67 158 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 ZNF562Q6V9R5 426 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 LYZL2Q7Z4W2 148 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 LYG2Q86SG7 212 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 SGPP2Q8IWX5 399 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 SLC35G3Q8N808 338 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 RBPMSQ93062 196 aaKnown RBP7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 IL22RA2Q969J5 263 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 OR2A7Q96R45 310 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 CLCC1Q96S66 551 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 RASL11BQ9BPW5 248 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 SEC22CQ9BRL7 303 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 FAM103A1Q9BTL3 118 aaKnown RBP7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 TMEM14BQ9NUH8 114 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 LINC00527Q9UJ94 153 aa7.29□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 RBMXL2O75526 392 aaKnown RBP7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 DUS4LO95620 317 aaKnown RBP7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 PTTG1O95997 202 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 RAB25P57735 213 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 OR2B8PP59922 312 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 KIAA0141Q14154 515 aaPredicted RBP7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 OXA1LQ15070 435 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 C2orf68Q2NKX9 166 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 VMA21Q3ZAQ7 101 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 TMEM268Q5VZI3 342 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 SLC35E3Q7Z769 313 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 STPG2Q8N412 459 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 MINDY2Q8NBR6 621 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 MITD1Q8WV92 249 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 WFDC12Q8WWY7 111 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 GPR146Q96CH1 333 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 KIAA1456Q9P272 454 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 NSG2Q9Y328 171 aa7.28□□□□□ -1.24
VPS35-211ENST00000569950 A0A0B4J2A0 478 aa7.27□□□□□ -1.25
VPS35-211ENST00000569950 TEX50A0A1B0GTY4 177 aa7.27□□□□□ -1.25
VPS35-211ENST00000569950 IGLC7A0M8Q6 106 aa7.27□□□□□ -1.25
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 109.6 ms