RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	SERTAD4	Q9NUC0	356 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	SDHAF2	Q9NX18	166 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	C14orf166	Q9Y224	244 aa	Known RBP	6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	RBMX2	Q9Y388	322 aa	Known RBP	6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	NCBP2L	A6PVI3	153 aa	Known RBP	6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	VGLL3	A8MV65	326 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	GPR31	O00270	319 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	PEX14	O75381	377 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CD74	P04233	296 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	TMEM11	P17152	192 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	DYNLT3	P51808	116 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ZNF137P	P52743	207 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	UCP3	P55916	312 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	DEFA1	P59665	94 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	DEFA3	P59666	94 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	RPS16	P62249	146 aa	Known RBP	6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	HNF4G	Q14541	408 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	MSMO1	Q15800	293 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ZNF79	Q15937	498 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	BAK1	Q16611	211 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	RTL8B	Q17RB0	113 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	RPL39P5	Q59GN2	51 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ZNF66	Q6ZN08	573 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	IDO2	Q6ZQW0	420 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ZNF833P	Q6ZTB9	187 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	NDUFA11	Q86Y39	141 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	SLC38A6	Q8IZM9	456 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CCDC71L	Q8N9Z2	235 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	OR51S1	Q8NGJ8	323 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ST6GALNAC6	Q969X2	333 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	MOB3A	Q96BX8	217 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	FLYWCH2	Q96CP2	140 aa	Known RBP	6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	HSD17B10	Q99714	261 aa	Known RBP	6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ZNF251	Q9BRH9	671 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	AIFM2	Q9BRQ8	373 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP4-7	Q9BYR0	210 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	NPFFR1	Q9GZQ6	430 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	PARP12	Q9H0J9	701 aa	Known RBP	6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	IFI27L2	Q9H2X8	130 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ZNF702P	Q9H963	129 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	HRASLS	Q9HDD0	168 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	AKIP1	Q9NQ31	210 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	COPZ2	Q9P299	210 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	KCNIP3	Q9Y2W7	256 aa		6.94	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	IGHV3-72	A0A0B4J1Y9	119 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	WI2-2373I1.2	A0A1W2PRP0	233 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	OR5H14	A6NHG9	310 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	TNFSF12	O43508	249 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	MOS	P00540	346 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	IGKV1D-33	P01593	117 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	IGKV1-33	P01594	117 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	SNRNP70	P08621	437 aa	Known RBP	6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CT45A6	P0DMU7	189 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CT45A5	P0DMU8	189 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CT45A7	P0DMV0	189 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	IL7	P13232	177 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	KIR2DS2	P43631	304 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	LSAMP	Q13449	338 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	DIAPH2-AS1	Q14236	149 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	PLGLA	Q15195	96 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	TMEM219	Q86XT9	240 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ODF3L1	Q8IXM7	274 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	DYNAP	Q8N1N2	210 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	DRAXIN	Q8NBI3	349 aa	Predicted RBP	6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	OR4C16	Q8NGL9	310 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	PIFO	Q8TCI5	191 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CD300LF	Q8TDQ1	290 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	TCTEX1D2	Q8WW35	142 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ZNF486	Q96H40	463 aa	Predicted RBP	6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	RASL11B	Q9BPW5	248 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	NABP2	Q9BQ15	211 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A21	Q9BQT8	299 aa	Predicted RBP	6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	SLC35D1	Q9NTN3	355 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	KIAA1456	Q9P272	454 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	WASHC3	Q9Y3C0	194 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520		X6R8D5	127 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	IGKV1D-13	A0A0B4J2D9	117 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	TEX13D	A0A0J9YY54	714 aa	Predicted RBP	6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520		M0QZK8	103 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	FCGR3B	O75015	233 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	IGKV1-13	P0DP09	117 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CD24	P25063	80 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	GNRHR	P30968	328 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	LGALS7	P47929	136 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CD69	Q07108	199 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	KLF9	Q13886	244 aa	Predicted RBP	6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	SURF2	Q15527	256 aa	Predicted RBP	6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	TMEM95	Q3KNT9	176 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	AADACL3	Q5VUY0	350 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	FAAP20	Q6NZ36	180 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	GLDN	Q6ZMI3	551 aa	Predicted RBP	6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ETV3L	Q6ZN32	361 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	KCTD9	Q7L273	389 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	C16orf82	Q7Z2V1	217 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	PDPN	Q86YL7	162 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	TCTEX1D1	Q8N7M0	179 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	OR8H1	Q8NGG4	311 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	OR4D10	Q8NGI6	311 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	MARCH1	Q8TCQ1	289 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	WWC2-AS2	Q96NR7	200 aa		6.92	□□□□□ -1.3

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