RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464454.1

CLK1-208, Transcript of CDC like kinase 1, human

TSL 2

Gene CLK1, Length 484 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK1-208	ENST00000464454	CEP44	Q9C0F1	390 aa		7.03	□□□□□ -1.28
CLK1-208	ENST00000464454	GPN3	Q9UHW5	284 aa	Predicted RBP	7.03	□□□□□ -1.28
CLK1-208	ENST00000464454	ACAD11	Q709F0	780 aa		7.02	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	ZC3HAV1	Q7Z2W4	902 aa	Known RBP	7.02	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	7.02	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	FOXD4L4	Q8WXT5	416 aa	Predicted RBP	7.02	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	SPOCK3	Q9BQ16	436 aa		7.02	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	AKTIP	Q9H8T0	292 aa		7.02	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	TMEM39A	Q9NV64	488 aa		7.02	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454		F8W735	103 aa	Predicted RBP	7.01	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	SORBS3	O60504	671 aa		7.01	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	ADAM11	O75078	769 aa		7.01	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	GATA4	P43694	442 aa		7.01	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	CORO1B	Q9BR76	489 aa		7.01	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	USP26	Q9BXU7	913 aa		7.01	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	KCNK4	Q9NYG8	393 aa		7.01	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	DDX3Y	O15523	660 aa	Known RBP	7	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	FAAP100	Q0VG06	881 aa		7	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	HGSNAT	Q68CP4	663 aa		7	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	WFDC12	Q8WWY7	111 aa		7	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	RUSC1	Q9BVN2	902 aa		7	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	CEP41	Q9BYV8	373 aa		7	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	RNF208	Q9H0X6	261 aa		7	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	SAMM50	Q9Y512	469 aa		7	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	WISP1	O95388	367 aa		6.99	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	POU4F3	Q15319	338 aa		6.99	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	XP32	Q5T750	250 aa		6.99	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	UBASH3B	Q8TF42	649 aa		6.99	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	VTI1B	Q9UEU0	232 aa		6.99	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	6.99	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	LOC100289279	A0A1B0GTE1	492 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	RBM47	A0AV96	593 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	MEGF11	A6BM72	1044 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454		K7ELQ4	463 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	ITGB2	P05107	769 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF16	P17020	682 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	NOS3	P29474	1203 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	IREB2	P48200	963 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	TAGLN	Q01995	201 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	ANKRD34A	Q69YU3	496 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454		Q6ZS46	218 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	KIAA1211	Q6ZU35	1233 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	CRELD1	Q96HD1	420 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	NECAB3	Q96P71	396 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	TRIM56	Q9BRZ2	755 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	EMILIN2	Q9BXX0	1053 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	NRSN2	Q9GZP1	204 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	RNF19A	Q9NV58	838 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	GLB1	P16278	677 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	NME2	P22392	152 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	MAOB	P27338	520 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	ST13	P50502	369 aa	Known RBP	6.97	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF157	P51786	506 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	FDX2	Q6P4F2	183 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	SV2B	Q7L1I2	683 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	SULF2	Q8IWU5	870 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	FAM161B	Q96MY7	647 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	CYP4F12	Q9HCS2	524 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLK1-208	ENST00000464454	PROC	P04070	461 aa		6.96	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	UVSSA	Q2YD98	709 aa		6.96	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	EXOSC6	Q5RKV6	272 aa	Known RBP	6.96	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		6.96	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	AGGF1	Q8N302	714 aa	eCLIP	6.96	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	TMPRSS13	Q9BYE2	586 aa		6.96	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	SUGCT	Q9HAC7	445 aa		6.96	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	ENC1	O14682	589 aa		6.95	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	FBXO24	O75426	580 aa		6.95	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	ALX3	O95076	343 aa		6.95	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	GSTP1	P09211	210 aa	Known RBP	6.95	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	TAF1C	Q15572	869 aa	Predicted RBP	6.95	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	6.95	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	KRT82	Q9NSB4	513 aa		6.95	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	SART1	O43290	800 aa	Known RBP	6.94	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	RLBP1	P12271	317 aa		6.94	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	ARNT	P27540	789 aa		6.94	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	RBM25	P49756	843 aa	Known RBP	6.94	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	PDE3A	Q14432	1141 aa		6.94	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	LRRC14	Q15048	493 aa		6.94	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	CCDC85B	Q15834	202 aa	Predicted RBP	6.94	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	SCARA3	Q6AZY7	606 aa		6.94	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	SMG8	Q8ND04	991 aa	Known RBP	6.94	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	SYNGAP1	Q96PV0	1343 aa		6.94	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	MRPL58	Q14197	206 aa	Known RBP	6.93	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	TP53INP1	Q96A56	240 aa		6.93	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	MEGF10	Q96KG7	1140 aa		6.93	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	NOC4L	Q9BVI4	516 aa	Known RBP	6.93	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	SSBP4	Q9BWG4	385 aa	Predicted RBP	6.93	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	RAD18	Q9NS91	495 aa		6.93	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	CYP8B1	Q9UNU6	501 aa		6.93	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	USP31	Q70CQ4	1352 aa		6.93	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	DLGAP3	O95886	979 aa		6.92	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	CELA3A	P09093	270 aa		6.92	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	CTSH	P09668	335 aa		6.92	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	6.92	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	MEI1	Q5TIA1	1274 aa		6.92	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	PCNX4	Q63HM2	1172 aa		6.92	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	PDZD3	Q86UT5	571 aa		6.92	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	C12orf50	Q8NA57	414 aa	Predicted RBP	6.92	□□□□□ -1.3
CLK1-208	ENST00000464454	KCNB2	Q92953	911 aa		6.92	□□□□□ -1.3

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