RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	LHFPL4	Q7Z7J7	247 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	LYSMD2	Q8IV50	215 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CMTM1	Q8IZ96	169 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	H1FOO	Q8IZA3	346 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OR8H3	Q8N146	312 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OR4P4	Q8NGL7	312 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SECTM1	Q8WVN6	248 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CYYR1	Q96J86	154 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SCGB3A2	Q96PL1	93 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SLC5A7	Q9GZV3	580 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	TOLLIP	Q9H0E2	274 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	MCUB	Q9NWR8	336 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SCP2D1	Q9UJQ7	156 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	DNAH9	Q9NYC9	4486 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	IGKV1-6	A0A0C4DH72	117 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520		M0QYG6	137 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	HSD17B6	O14756	317 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SLC31A2	O15432	143 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	TUSC2	O75896	110 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	AMY2A	P04746	511 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	PGAM2	P15259	253 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	MC5R	P33032	325 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	PPP5C	P53041	499 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	LRRC75B	Q2VPJ9	315 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ABCA11P	Q4W5N1	156 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	DEFB121	Q5J5C9	76 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CCBE1	Q6UXH8	406 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ARRDC1	Q8N5I2	433 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ZNF436-AS1	Q8NC38	126 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ZBTB34	Q8NCN2	500 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ZFAND1	Q8TCF1	268 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SNAPC3	Q92966	411 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ABHD14B	Q96IU4	210 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	PRRT1	Q99946	306 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OR2D2	Q9H210	308 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	GAB2	Q9UQC2	676 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520		V9GYH0	126 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	TENM3	Q9P273	2699 aa		6.97	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	LINC00854	A0A1B0GVQ3	168 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD20A5P	A0PJZ0	165 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	NAP1L6	A6NFF2	107 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520		H7C2Y5	167 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	LANCL1	O43813	399 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CHST1	O43916	411 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	PPY	P01298	95 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	APOA2	P02652	100 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	PLA2G1B	P04054	148 aa	Known RBP	6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	IGLL1	P15814	213 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	AADAC	P22760	399 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CD40LG	P29965	261 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	REG1B	P48304	166 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ZNF816	Q0VGE8	651 aa	Predicted RBP	6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	AANAT	Q16613	207 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	FAM53A	Q6NSI3	398 aa	Predicted RBP	6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	FAM71F2	Q6NXP2	309 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	C11orf88	Q6PI97	169 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ZNF645	Q8N7E2	425 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	POC5	Q8NA72	575 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ZNF439	Q8NDP4	499 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	TERB2	Q8NHR7	220 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	RTN4IP1	Q8WWV3	396 aa	Predicted RBP	6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	DEDD2	Q8WXF8	326 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ADTRP	Q96IZ2	230 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	AKR1E2	Q96JD6	320 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CITED2	Q99967	270 aa	Predicted RBP	6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CCDC32	Q9BV29	185 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	RAB18	Q9NP72	206 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	ANAPC10	Q9UM13	185 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	PRELID3B	Q9Y3B1	194 aa		6.96	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	SAA2-SAA4	A0A096LPE2	208 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	IGHV1-3	A0A0C4DH29	117 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PRX2	142 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP9-7	A8MTY7	169 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	LY6L	H3BQJ8	138 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520		K7EIL1	84 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520		M0R1X1	148 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	SAA2	P0DJI9	122 aa	Predicted RBP	6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	RRAS	P10301	218 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CD1B	P29016	333 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	THBS3	P49746	956 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	RAB13	P51153	203 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CATR1	Q13166	79 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	UTF1	Q5T230	341 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	MZT2B	Q6NZ67	158 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	THNSL2	Q86YJ6	484 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520		Q8N1Y9	231 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	DRAM1	Q8N682	238 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	OR4F17	Q8NGA8	305 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	OR2T10	Q8NGZ9	312 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	OR56B4	Q8NH76	319 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	AJUBA	Q96IF1	538 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	C20orf173	Q96LM9	149 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	OR4F4	Q96R69	305 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	TSC22D3	Q99576	134 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	C7orf50	Q9BRJ6	194 aa	Known RBP	6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	AGMAT	Q9BSE5	352 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	TINAGL1	Q9GZM7	467 aa	Predicted RBP	6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	SRR	Q9GZT4	340 aa		6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	RANBP3	Q9H6Z4	567 aa	Predicted RBP	6.95	□□□□□ -1.3
USP4-213	ENST00000488520	CCL28	Q9NRJ3	127 aa		6.95	□□□□□ -1.3

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