RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	RDH8	Q9NYR8	311 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	EHF	Q9NZC4	300 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	PIPOX	Q9P0Z9	390 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	KLK11	Q9UBX7	282 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	MTFP1	Q9UDX5	166 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	HILPDA	Q9Y5L2	63 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	KIAA2026	Q5HYC2	2103 aa		7.01	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	TRBV6-7	A0A0A0MS04	114 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PPE3	182 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CENPX	A8MT69	81 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OOSP1	A8MZH6	123 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	DISC1	C4P0D8	188 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520		J3QRK9	145 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	RAB29	O14966	203 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	GSTZ1	O43708	216 aa	Predicted RBP	7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OR8U9	P0C7N5	309 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	S100G	P29377	79 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	FCGR2C	P31995	323 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SAA4	P35542	130 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	FAU	P35544	74 aa	Known RBP	7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ETV6	P41212	452 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	GPR12	P47775	334 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	HERV-K104	P61576	105 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	HLA-DRB5	Q30154	266 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	PLA1A	Q53H76	456 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	RNASE10	Q5GAN6	216 aa	Known RBP	7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	VAX1	Q5SQQ9	334 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ZNF57	Q68EA5	555 aa	Predicted RBP	7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	C11orf87	Q6NUJ2	197 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	LPCAT3	Q6P1A2	487 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	C5orf24	Q7Z6I8	188 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	MOB3B	Q86TA1	216 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	TOMM5	Q8N4H5	51 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	LINC00311	Q8N616	119 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	GDPD1	Q8N9F7	314 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	TMEM229B	Q8NBD8	167 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OR8U1	Q8NH10	309 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	C17orf50	Q8WW18	174 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CAPSL	Q8WWF8	208 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	GIMAP1	Q8WWP7	306 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	BORCS5	Q969J3	196 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SSX3	Q99909	188 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ABHD14A	Q9BUJ0	271 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	C11orf54	Q9H0W9	315 aa	Predicted RBP	7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	RNF150	Q9ULK6	438 aa		7	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ITGB1BP1	O14713	200 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	TXNL1	O43396	289 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	RAB3D	O95716	219 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	AKAIN1	P0CW23	69 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	NAT1	P18440	290 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	TBP	P20226	339 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	HOXA5	P20719	270 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	NFYA	P23511	347 aa	Predicted RBP	6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	HRH1	P35367	487 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ECI1	P42126	302 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	RFX2	P48378	723 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	DGCR2	P98153	550 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CBX3	Q13185	183 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ZNF846	Q147U1	533 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	MEF2D	Q14814	521 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CT45A1	Q5HYN5	189 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	STEAP1B	Q6NZ63	245 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A48	Q6ZT89	311 aa	Known RBP	6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	TGIF2LX	Q8IUE1	241 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OR4C13	Q8NGP0	309 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OR5R1	Q8NH85	324 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OR2T6	Q8NHC8	308 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CT45A3	Q8NHU0	189 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SMIM4	Q8WVI0	70 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CFHR4	Q92496	578 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	TOMM40L	Q969M1	308 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	R3HDM4	Q96D70	268 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CCDC140	Q96MF4	163 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SOST	Q9BQB4	213 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ZNF2	Q9BSG1	426 aa	Predicted RBP	6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CABLES2	Q9BTV7	478 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	WDR12	Q9GZL7	423 aa	Known RBP	6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	MEGF9	Q9H1U4	602 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OR1A1	Q9P1Q5	309 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ZNF107	Q9UII5	783 aa	Predicted RBP	6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	PITPNC1	Q9UKF7	332 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OR2W1	Q9Y3N9	320 aa		6.99	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	IGKV1D-8	A0A087WSZ0	117 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ODF3B	A8MYP8	253 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	IGLV1-47	P01700	117 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CD3D	P04234	171 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	FAM106CP	P0CH98	169 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	CD28	P10747	220 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	ZNF134	P52741	427 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	FXYD4	P59646	89 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	RPL11	P62913	178 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	DYRK1A	Q13627	763 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	HES1	Q14469	280 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	HABP2	Q14520	560 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	GNMT	Q14749	295 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	SCGB2B2	Q4G0G5	96 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	TPTE2P1	Q5T6R2	138 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	HCP5	Q6MZN7	132 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	DHRS11	Q6UWP2	260 aa		6.98	□□□□□ -1.29
USP4-213	ENST00000488520	OVCH2	Q7RTZ1	564 aa		6.98	□□□□□ -1.29

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