RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000471880.5

SSR4-208, Transcript of signal sequence receptor subunit 4, human

TSL 5

Gene SSR4, Length 785 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SSR4-208	ENST00000471880	SHOX	O15266	292 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	SSX5	O60225	188 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	PROP1	O75360	226 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	TUSC2	O75896	110 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	NDUFA3	O95167	84 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	CA2	P00918	260 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	ELANE	P08246	267 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	CTXN2	P0C2S0	81 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	PTHLH	P12272	177 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	THBS3	P49746	956 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	LUM	P51884	338 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	VBP1	P61758	197 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	NCS1	P62166	190 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	PSG5	Q15238	335 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	SRSF7	Q16629	238 aa	Known RBP eCLIP	11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	BEAN1	Q3B7T3	259 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	H1FOO	Q8IZA3	346 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	SAMD12	Q8N8I0	201 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	GRPEL2	Q8TAA5	225 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	S100A16	Q96FQ6	103 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	HARBI1	Q96MB7	349 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	OR5B12	Q96R08	314 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	DCUN1D5	Q9BTE7	237 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	FAM103A1	Q9BTL3	118 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	FUNDC2	Q9BWH2	189 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	DCSTAMP	Q9H295	470 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	IFT46	Q9NQC8	304 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	ANXA10	Q9UJ72	324 aa		11.61	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	FCN1	O00602	326 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	CNIH1	O95406	144 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	DIRAS3	O95661	229 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	IGF1	P05019	195 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	CX3CL1	P78423	397 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	OR2B11	Q5JQS5	317 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	UBE2NL	Q5JXB2	153 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	CNIH2	Q6PI25	160 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	MRPL41	Q8IXM3	137 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	GVQW1	Q8N7I0	195 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	BEST4	Q8NFU0	473 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	CASTOR1	Q8WTX7	329 aa		11.6	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880		A0A0A6YYH2	397 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880		A6NJ64	397 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	CCL24	O00175	119 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	IGHG4	P01861	327 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	MYCNOS	P40205	109 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	NDP	Q00604	133 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	TMEM267	Q0VDI3	215 aa	Predicted RBP	11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	TMEM69	Q5SWH9	247 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	ZNF660	Q6AZW8	331 aa	Predicted RBP	11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	UNQ5815/PRO19632	Q6UWF5	114 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	ETV3L	Q6ZN32	361 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880		Q6ZS49	121 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	PPP1R27	Q86WC6	154 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	LINC00482	Q8N8I6	264 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	DPF1	Q92782	380 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	C5orf30	Q96GV9	206 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	RCC1L	Q96I51	464 aa	Known RBP	11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	RNF5	Q99942	180 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	TOLLIP	Q9H0E2	274 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	AUNIP	Q9H7T9	357 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	TPSG1	Q9NRR2	321 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	ZNF355P	Q9NSJ1	428 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	COMMD3	Q9UBI1	195 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	GAB2	Q9UQC2	676 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	OR2W1	Q9Y3N9	320 aa		11.59	□□□□□ -0.55
SSR4-208	ENST00000471880	SPDEF	O95238	335 aa		11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	CRYZL1	O95825	349 aa		11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	CD40LG	P29965	261 aa		11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	SLC6A1	P30531	599 aa		11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	CFHR3	Q02985	330 aa		11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	FOXB2	Q5VYV0	432 aa		11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	KCTD9	Q7L273	389 aa		11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	ZNF645	Q8N7E2	425 aa		11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	SECTM1	Q8WVN6	248 aa		11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	ARPC1A	Q92747	370 aa		11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	RAX2	Q96IS3	184 aa		11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	ADTRP	Q96IZ2	230 aa		11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	KLK15	Q9H2R5	256 aa		11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	FOXA2	Q9Y261	457 aa	Predicted RBP	11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	MRPS7	Q9Y2R9	242 aa	Known RBP	11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	FBXO7	Q9Y3I1	522 aa		11.58	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	FCGR3B	O75015	233 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	TMEM127	O75204	238 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	RRAS	P10301	218 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	PSMB8	P28062	276 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	HOXD3	P31249	432 aa	Predicted RBP	11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	FCGR2C	P31995	323 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	CDX1	P47902	265 aa	Predicted RBP	11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	FXYD4	P59646	89 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	TAGLN	Q01995	201 aa	Known RBP	11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	FXYD3	Q14802	87 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	ACTBL2	Q562R1	376 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	LFNG	Q8NES3	379 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	WFDC9	Q8NEX5	89 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	TCTEX1D2	Q8WW35	142 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	SLC25A46	Q96AG3	418 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	MS4A10	Q96PG2	267 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	PHB2	Q99623	299 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	NECAP2	Q9NVZ3	263 aa		11.57	□□□□□ -0.56
SSR4-208	ENST00000471880	PRELID3B	Q9Y3B1	194 aa		11.57	□□□□□ -0.56

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 48.6 ms