RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568422.6

CLN3-231, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,168 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-231ENST00000568422 PYHIN1Q6K0P9 492 aa13.07□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 ZNF880Q6PDB4 577 aa13.07□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 C6orf201Q7Z4U5 140 aa13.07□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 C5orf24Q7Z6I8 188 aa13.07□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 SVOPQ8N4V2 548 aa13.07□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 DCUN1D4Q92564 292 aa13.07□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 OR5B12Q96R08 314 aa13.07□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 RNF5Q99942 180 aa13.07□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 MND1Q9BWT6 205 aa13.07□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 TM2D1Q9BX74 207 aa13.07□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 FKBP14Q9NWM8 211 aa13.07□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 SLC23A1Q9UHI7 598 aa13.07□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 RNF150Q9ULK6 438 aa13.07□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 FOXA2Q9Y261 457 aaPredicted RBP13.07□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 RRHO14718 337 aa13.06□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 RBBP9O75884 186 aa13.06□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 BPNT1O95861 308 aa13.06□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 GNAO1P09471 354 aa13.06□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 HTR2CP28335 458 aa13.06□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 RBM48Q5RL73 367 aaKnown RBP13.06□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 FAM131AQ6UXB0 335 aa13.06□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 LRRTM1Q86UE6 522 aa13.06□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 BPIFB6Q8NFQ5 453 aa13.06□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 CHMP1AQ9HD42 196 aaPredicted RBP13.06□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 MGAT4AQ9UM21 535 aa13.06□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 TRBV6-6A0A0A6YYG2 114 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 A0A1W2PN81 502 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 ST8SIA5O15466 376 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 LGALS1P09382 135 aaKnown RBP13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 CT45A6P0DMU7 189 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 CT45A5P0DMU8 189 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 CT45A7P0DMV0 189 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 CD37P11049 281 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 SRMP19623 302 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 CHRNA7P36544 502 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 CX3CL1P78423 397 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 PLGLAQ15195 96 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 ECSCRQ19T08 205 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 OR10K2Q6IF99 312 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 EDARADDQ8WWZ3 215 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 CYYR1Q96J86 154 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 ASCL2Q99929 193 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 TOLLIPQ9H0E2 274 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 ISYNA1Q9NPH2 558 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 PLEKHJ1Q9NW61 149 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 WASHC3Q9Y3C0 194 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 STAB2Q8WWQ8 2551 aa13.05□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 TMEM14DPA8MWL7 114 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 LINC01619G3V211 115 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 H0YJW9 148 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 H7C2Y5 167 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 ARPC1BO15143 372 aaKnown RBP13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 SLC22A1O15245 554 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 GSTP1P09211 210 aaKnown RBP13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 ZBTB25P24278 435 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 CD40LGP29965 261 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 QRFPP83859 136 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 UNC119Q13432 240 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 INSL4Q14641 139 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 RCN1Q15293 331 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 AKIRIN2Q53H80 203 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 RPL39P5Q59GN2 51 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 CD200R1LQ6Q8B3 271 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 OR5AN1Q8NGI8 311 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 SETD6Q8TBK2 473 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 AGMATQ9BSE5 352 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 TMED9Q9BVK6 235 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 FBXL15Q9H469 300 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 NUBP2Q9Y5Y2 271 aa13.04□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 SOX15O60248 233 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 SAP30O75446 220 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 CDK1P06493 297 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 NDPQ00604 133 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 SPHARQ15513 63 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 HSD17B12Q53GQ0 312 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 OGFRL1Q5TC84 451 aaPredicted RBP13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 ZNF562Q6V9R5 426 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 CEACAM19Q7Z692 300 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 OR6M1Q8NGM8 313 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 OR6Q1Q8NGQ2 317 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 ABHD5Q8WTS1 349 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 DLX4Q92988 240 aaPredicted RBP13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 FLYWCH2Q96CP2 140 aaKnown RBP13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 NICN1Q9BSH3 213 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 URM1Q9BTM9 101 aaKnown RBP13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 VCXQ9H320 206 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 TPSG1Q9NRR2 321 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 FBXO7Q9Y3I1 522 aa13.03□□□□□ -0.32
CLN3-231ENST00000568422 HSPA12AO43301 675 aa13.02□□□□□ -0.33
CLN3-231ENST00000568422 UCHL1P09936 223 aa13.02□□□□□ -0.33
CLN3-231ENST00000568422 OR8U9P0C7N5 309 aa13.02□□□□□ -0.33
CLN3-231ENST00000568422 EGR2P11161 476 aaPredicted RBP13.02□□□□□ -0.33
CLN3-231ENST00000568422 CEACAM6P40199 344 aa13.02□□□□□ -0.33
CLN3-231ENST00000568422 ACTBL2Q562R1 376 aa13.02□□□□□ -0.33
CLN3-231ENST00000568422 ACSM6Q6P461 480 aa13.02□□□□□ -0.33
CLN3-231ENST00000568422 PPP1R27Q86WC6 154 aa13.02□□□□□ -0.33
CLN3-231ENST00000568422 FAM89BQ8N5H3 189 aa13.02□□□□□ -0.33
CLN3-231ENST00000568422 ABHD14BQ96IU4 210 aa13.02□□□□□ -0.33
CLN3-231ENST00000568422 ALX4Q9H161 411 aaPredicted RBP13.02□□□□□ -0.33
CLN3-231ENST00000568422 SLA2Q9H6Q3 261 aa13.02□□□□□ -0.33
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 73.5 ms