RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	MCFD2	Q8NI22	146 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CCDC107	Q8WV48	283 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ARHGAP5-AS1	Q96IT6	56 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ZNF714	Q96N38	554 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CMSS1	Q9BQ75	279 aa	Known RBP	7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	NICN1	Q9BSH3	213 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DCUN1D5	Q9BTE7	237 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PECR	Q9BY49	303 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	C6orf62	Q9GZU0	229 aa	Predicted RBP	7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	NCOR1P1	Q9H4R4	102 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	HEXA-AS1	Q9H8Q6	139 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CCDC59	Q9P031	241 aa	Known RBP	7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DUX4	Q9UBX2	424 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	MGAT4A	Q9UM21	535 aa		7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	MRPS7	Q9Y2R9	242 aa	Known RBP	7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	UBE2J1	Q9Y385	318 aa	Predicted RBP	7.12	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CENPVL3	A0A0U1RRI6	287 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ODAM	A1E959	279 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	C22orf46	C9J442	243 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520		G3V4G9	280 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520		M0R1W7	72 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	XRCC3	O43542	346 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	GPR137B	O60478	399 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CLPX	O76031	633 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	IGHV4-59	P01825	116 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	APOA1	P02647	267 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	MT-ND4	P03905	459 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ZNF728	P0DKX0	622 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	GNB3	P16520	340 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CHAT	P28329	748 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PROK1	P58294	105 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	GNG2	P59768	71 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TMEM69	Q5SWH9	247 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	C6orf183	Q5T699	404 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	OR52W1	Q6IF63	320 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	C1orf122	Q6ZSJ8	110 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PDZD9	Q8IXQ8	264 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TPRX1	Q8N7U7	411 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	LY6G5B	Q8NDX9	201 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	BVES	Q8NE79	360 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DYNC2LI1	Q8TCX1	351 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DYRK2	Q92630	601 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	LHX4	Q969G2	390 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ABCG5	Q9H222	651 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TAS2R3	Q9NYW6	316 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	RCC2	Q9P258	522 aa	Known RBP	7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	RABL2A	Q9UBK7	228 aa	Predicted RBP	7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	KIF25	Q9UIL4	384 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	RABL2B	Q9UNT1	228 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	KPTN	Q9Y664	436 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	POMT1	Q9Y6A1	747 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	LINC00312	Q9Y6C7	94 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	COL7A1	Q02388	2944 aa		7.11	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ZNF729	A6NN14	1252 aa	Predicted RBP	7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	SERPINE3	A8MV23	424 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TOR1A	O14656	332 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	HPGDS	O60760	199 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CSF1	P09603	554 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	GLP1R	P43220	463 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	LGALS4	P56470	323 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TMEM50B	P56557	158 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PNLIPRP3	Q17RR3	467 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ZNF497	Q6ZNH5	498 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZSV7	163 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	FGFRL1	Q8N441	504 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TMEM86B	Q8N661	226 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	OR13D1	Q8NGV5	346 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	OR4K15	Q8NH41	348 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	C8orf46	Q8TAG6	207 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PLPPR1	Q8TBJ4	325 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	SSMEM1	Q8WWF3	244 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CORO2A	Q92828	525 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ARL11	Q969Q4	196 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DIRAS2	Q96HU8	199 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	WDFY2	Q96P53	400 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	TBX15	Q96SF7	602 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	SULT4A1	Q9BR01	284 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	METTL8	Q9H825	291 aa	Known RBP	7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	C19orf12	Q9NSK7	152 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	AK3	Q9UIJ7	227 aa		7.1	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520		A0A0A6YYD4	124 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520		A0A0U1RQK1	487 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	RAB27B	O00194	218 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CTDSP2	O14595	271 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ORC5	O43913	435 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	HIST1H1D	P16402	221 aa	Known RBP	7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ELK1	P19419	428 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CDK2	P24941	298 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	NFYB	P25208	207 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PRSS3	P35030	304 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	CBX5	P45973	191 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PRRX1	P54821	245 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	BPIFB3	P59826	476 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PLA2G7	Q13093	441 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	C2orf68	Q2NKX9	166 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	BEAN1	Q3B7T3	259 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	HACD4	Q5VWC8	232 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	RSBN1	Q5VWQ0	802 aa	Predicted RBP	7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	NCR3LG1	Q68D85	454 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	SIGIRR	Q6IA17	410 aa		7.09	□□□□□ -1.27

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