RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000614678.1

CPNE3-208, Transcript of copine 3, human

TSL 1 (best)

Gene CPNE3, Length 4,201 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE3-208	ENST00000614678	YIF1B	Q5BJH7	314 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	RBM48	Q5RL73	367 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	RSBN1	Q5VWQ0	802 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	C9orf139	Q6ZV77	190 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	C6orf201	Q7Z4U5	140 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	SPART	Q8N0X7	666 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	DTX3	Q8N9I9	347 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	FAM216A	Q8WUB2	273 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	SNX22	Q96L94	193 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	SELENOI	Q9C0D9	397 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	FOXJ3	Q9UPW0	622 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	MRPS28	Q9Y2Q9	187 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	MEIKIN	A0A087WXM9	373 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	IGHV3-72	A0A0B4J1Y9	119 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	GPR137B	O60478	399 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	CD3G	P09693	182 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	VSIG8	P0DPA2	414 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	SLC2A2	P11168	524 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	CALR	P27797	417 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF134	P52741	427 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	RBM11	P57052	281 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	PAN3	Q58A45	887 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	HES5	Q5TA89	166 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	AWAT2	Q6E213	333 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	SLC35E4	Q6ICL7	350 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	UNQ9370/PRO34162	Q6UXP9	181 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	RBMS3	Q6XE24	437 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678		Q6ZSV7	163 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	USP43	Q70EL4	1123 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	OR51T1	Q8NGJ9	327 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	C10orf35	Q96D05	121 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF714	Q96N38	554 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	MND1	Q9BWT6	205 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	DNTTIP1	Q9H147	329 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	VCX	Q9H320	206 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	ABCB9	Q9NP78	766 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	IGHV2-26	A0A0B4J1V2	119 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	ODAM	A1E959	279 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	SOCS1	O15524	211 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	CRTAP	O75718	401 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	SRM	P19623	302 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	LMO1	P25800	156 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	UBE2E1	P51965	193 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	GNMT	Q14749	295 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	ASCL4	Q6XD76	172 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	OSR2	Q8N2R0	312 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	OR4P4	Q8NGL7	312 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	DPCD	Q9BVM2	203 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	OR51E2	Q9H255	320 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	SH2D1B	O14796	132 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	ECD	O95905	644 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	FCER2	P06734	321 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	RNASE1	P07998	156 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	CGB3	P0DN86	165 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	CGB7	P0DN87	165 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	PPP3R1	P63098	170 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	FAM189A2	Q15884	450 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	SNCB	Q16143	134 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	NKAPL	Q5M9Q1	402 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	C22orf42	Q6IC83	251 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	OR51D1	Q8NGF3	324 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	OR10V1	Q8NGI7	309 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	LINC01006	Q8NI28	216 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	SLC25A28	Q96A46	364 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	KIRREL1	Q96J84	757 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	SULT4A1	Q9BR01	284 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	FAAP24	Q9BTP7	215 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	UNKL	Q9H9P5	680 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	ETAA1	Q9NY74	926 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	FAM96B	Q9Y3D0	163 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	GPX5	O75715	221 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	MPIG6B	O95866	241 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	CD2	P06729	351 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	MGMT	P16455	207 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	MADCAM1	Q13477	382 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	NEDD8	Q15843	81 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	OR1L1	Q8NH94	360 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	MAFIP	Q8WZ33	124 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	MYDGF	Q969H8	173 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	DMRTB1	Q96MA1	342 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	PRDM13	Q9H4Q3	707 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	SCN3B	Q9NY72	215 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CPNE3-208	ENST00000614678	TMEM89	A2RUT3	159 aa		4.59	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	ODF3B	A8MYP8	253 aa		4.59	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	MGST3	O14880	152 aa		4.59	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	QRFP	P83859	136 aa		4.59	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	PRSS48	Q7RTY5	328 aa		4.59	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	ABHD12	Q8N2K0	398 aa		4.59	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	PXT1	Q8NFP0	134 aa		4.59	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	C8orf4	Q9NR00	106 aa		4.59	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	LINC00527	Q9UJ94	153 aa		4.59	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	PEX16	Q9Y5Y5	336 aa		4.59	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	FAM90A8P	A6NJQ4	464 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	LINC01548	A6NM66	108 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	TRIM77	I1YAP6	450 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678		M0R1W7	72 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	MAGEB3	O15480	346 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	CLPX	O76031	633 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	CYB5A	P00167	134 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CPNE3-208	ENST00000614678	HKR1	P10072	659 aa		4.58	□□□□□ -1.68

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