RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	LINC00310	P59036	64 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	GNB2	P62879	340 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SRSF3	P84103	164 aa	Known RBP	7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	C2orf76	Q3KRA6	126 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ZNF404	Q494X3	552 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SPIN3	Q5JUX0	258 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	IDNK	Q5T6J7	187 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	HES5	Q5TA89	166 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CD276	Q5ZPR3	534 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	C16orf87	Q6PH81	154 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR51T1	Q8NGJ9	327 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR5D13	Q8NGL4	314 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TBC1D15	Q8TC07	691 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RAB2B	Q8WUD1	216 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	PHF21A	Q96BD5	680 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CCL13	Q99616	98 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	NRIP2	Q9BQI9	281 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	URM1	Q9BTM9	101 aa	Known RBP	7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CENPO	Q9BU64	300 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FGF23	Q9GZV9	251 aa	Predicted RBP	7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	DNTTIP1	Q9H147	329 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	WDR13	Q9H1Z4	485 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	PATZ1	Q9HBE1	687 aa	Known RBP	7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	HMG20A	Q9NP66	347 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CLN8	Q9UBY8	286 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	STEAP1	Q9UHE8	339 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP4-8	A0A0G2JLE6	195 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FUOM	A2VDF0	154 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	METTL21EP	A6NDL7	271 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	IFITM5	A6NNB3	132 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SLC17A2	O00624	439 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	HOXA3	O43365	443 aa	Predicted RBP	7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TMEM127	O75204	238 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	MPIG6B	O95866	241 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	IL1A	P01583	271 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	PSG2	P11465	335 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	NDUFB7	P17568	137 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	GABRR1	P24046	479 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RORC	P51449	518 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ZP1	P60852	638 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FGF12	P61328	243 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	VBP1	P61758	197 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	P2RY14	Q15391	338 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	C1orf100	Q5SVJ3	147 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ATAD3C	Q5T2N8	411 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ATPAF1	Q5TC12	328 aa	Predicted RBP	7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	HIST2H2BD	Q6DRA6	164 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ELP2	Q6IA86	826 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ASPHD2	Q6ICH7	369 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ASCL4	Q6XD76	172 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	C17orf107	Q6ZR85	190 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	LINC00596	Q86U02	117 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ZNF561	Q8N587	486 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ASCC1	Q8N9N2	400 aa	Known RBP	7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR4D6	Q8NGJ1	314 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR10K1	Q8NGX5	313 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	BCL7B	Q9BQE9	202 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SELENOI	Q9C0D9	397 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RBFOX1	Q9NWB1	397 aa	Known RBP	7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	DAPK2	Q9UIK4	370 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RAB22A	Q9UL26	194 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ST3GAL6	Q9Y274	331 aa		7.2	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TRAV40	A0A0B4J280	105 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	IGKV1-12	A0A0C4DH73	117 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PPH5	198 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CEACAM18	A8MTB9	384 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	MCRIP1	C9JLW8	97 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CLDN34	H7C241	214 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	AIP	O00170	330 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SLC22A1	O15245	554 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR7C1	O76099	320 aa	Predicted RBP	7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ECD	O95905	644 aa	Predicted RBP	7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	HAND1	O96004	215 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	IGKV1D-12	P01611	117 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CRYBA1	P05813	215 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SFTPB	P07988	381 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	WNT2	P09544	360 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ATF4	P18848	351 aa	Predicted RBP	7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	DUSP1	P28562	367 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RPS19	P39019	145 aa	Known RBP	7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	PITPNB	P48739	271 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ERVK11-1	P61568	191 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	COL10A1	Q03692	680 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RBM39	Q14498	530 aa	Known RBP	7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ZNF146	Q15072	292 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	DGUOK	Q16854	277 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FBLN7	Q53RD9	439 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	MZT2A	Q6P582	158 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	BRD3OS	Q6XYD6	125 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	GDPD3	Q7L5L3	318 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR2W3	Q7Z3T1	314 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CHST4	Q8NCG5	386 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TMEM185A	Q8NFB2	350 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR51D1	Q8NGF3	324 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ANGPTL6	Q8NI99	470 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	NEK7	Q8TDX7	302 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ST8SIA4	Q92187	359 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	H1FX	Q92522	213 aa	Known RBP	7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	AP3S1	Q92572	193 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM3D	Q96BQ1	224 aa		7.19	□□□□□ -1.26

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