RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	10.74	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	TAF1	P21675	1872 aa		10.74	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	MAST3	O60307	1309 aa		10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	PASK	Q96RG2	1323 aa		10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	PITPNM2	Q9BZ72	1349 aa		10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	SRGAP3	O43295	1099 aa		10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	BCAR3	O75815	825 aa		10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	SASH1	O94885	1247 aa		10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	IL1R1	P14778	569 aa		10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	GTF2I	P78347	998 aa		10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	TBC1D10B	Q4KMP7	808 aa	Predicted RBP	10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	RBM26	Q5T8P6	1007 aa	Known RBP	10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	KRT26	Q7Z3Y9	468 aa		10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	LPIN2	Q92539	896 aa		10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	MYOZ2	Q9NPC6	264 aa		10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	RIPOR2	Q9Y4F9	1068 aa		10.73	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	ITGBL1	O95965	494 aa	Predicted RBP	10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	DACT2	Q5SW24	774 aa		10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	APOBEC3F	Q8IUX4	373 aa	Known RBP	10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	KAZALD1	Q96I82	304 aa		10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	POTEJ	P0CG39	1038 aa		10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	OS9	Q13438	667 aa	Predicted RBP	10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	MTX1	Q13505	466 aa		10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	DLGAP5	Q15398	846 aa		10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	SAMD7	Q7Z3H4	446 aa		10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	SLC51A	Q86UW1	340 aa		10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	ZGPAT	Q8N5A5	531 aa	Known RBP	10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	C2orf69	Q8N8R5	385 aa		10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	MEIS3	Q99687	375 aa		10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	BEGAIN	Q9BUH8	593 aa		10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	COPRS	Q9NQ92	184 aa		10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	RCAN3	Q9UKA8	241 aa		10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	SUGT1	Q9Y2Z0	365 aa		10.72	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	SEMA3E	O15041	775 aa		10.71	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	TNFAIP1	Q13829	316 aa		10.71	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	GORAB	Q5T7V8	394 aa		10.71	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	AIDA	Q96BJ3	306 aa		10.71	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	DDX19B	Q9UMR2	479 aa		10.71	□□□□□ -0.69
USP3-208	ENST00000558285	SPEF2	Q9C093	1822 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	FAM205A	Q6ZU69	1335 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	HMMR	O75330	724 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	CELF2	O95319	508 aa	Known RBP	10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	RBM5	P52756	815 aa	Known RBP eCLIP	10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	FKBP1B	P68106	108 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	PTPN12	Q05209	780 aa	Known RBP	10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	SCARF1	Q14162	830 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	ATP2B3	Q16720	1220 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	DEFB115	Q30KQ5	88 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	HSP90AB4P	Q58FF6	505 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	KIAA0825	Q8IV33	1275 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	WDR66	Q8TBY9	1149 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	TRPM4	Q8TD43	1214 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	HHIPL1	Q96JK4	782 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	GML	Q99445	158 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	GGA3	Q9NZ52	723 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	TMOD2	Q9NZR1	351 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	LRRC24	Q50LG9	513 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	SLF2	Q8IX21	1173 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	TDRD7	Q8NHU6	1098 aa	Known RBP	10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	PUS3	Q9BZE2	481 aa	Known RBP	10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	SIL1	Q9H173	461 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	ZNF408	Q9H9D4	720 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	KCNQ5	Q9NR82	932 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	PPP2R3B	Q9Y5P8	575 aa		10.7	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	RASSF10	A6NK89	507 aa		10.69	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	TNNI2	P48788	182 aa		10.69	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	HDLBP	Q00341	1268 aa	Known RBP	10.69	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	ANGEL2	Q5VTE6	544 aa	Known RBP	10.69	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	USP48	Q86UV5	1035 aa		10.69	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	TXNRD3	Q86VQ6	643 aa		10.69	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	ERC1	Q8IUD2	1116 aa		10.69	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	HOOK2	Q96ED9	719 aa		10.69	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	FAM84B	Q96KN1	310 aa	Predicted RBP	10.69	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	GLIS2	Q9BZE0	524 aa	Predicted RBP	10.69	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	DENND2A	Q9ULE3	1009 aa		10.69	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	ADAMTSL1	Q8N6G6	1762 aa		10.69	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	CNTNAP1	P78357	1384 aa		10.69	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	GYG1	P46976	350 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	MAP2K1	Q02750	393 aa	Predicted RBP	10.68	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	SPTY2D1	Q68D10	685 aa	Predicted RBP	10.68	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	FBXO33	Q7Z6M2	555 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	JMY	Q8N9B5	988 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	MTMR14	Q8NCE2	650 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	SERPINA10	Q9UK55	444 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	COL4A1	P02462	1669 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	COL1A1	P02452	1464 aa	Predicted RBP	10.68	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	KLRK1	P26718	216 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	RFX5	P48382	616 aa	Predicted RBP	10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	HIRA	P54198	1017 aa	Predicted RBP	10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	SUPT20HL1	Q3ZLR7	823 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	DNAJC5G	Q8N7S2	189 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	VGLL2	Q8N8G2	317 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP3-208	ENST00000558285	KLHDC4	Q8TBB5	520 aa		10.67	□□□□□ -0.7

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