RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484101.5

UFD1-208, Transcript of ubiquitin recognition factor in ER associated degradation 1, human

TSL 5

Gene UFD1, Length 751 nt, Biotype processed transcript.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
UFD1-208	ENST00000484101	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		11.46	□□□□□ -0.57
UFD1-208	ENST00000484101	RTCB	Q9Y3I0	505 aa	Known RBP	11.46	□□□□□ -0.57
UFD1-208	ENST00000484101	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	UBR3	Q6ZT12	1888 aa		11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	WDR19	Q8NEZ3	1342 aa		11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	HSPA1A	P0DMV8	641 aa	Known RBP	11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	HSPA1B	P0DMV9	641 aa	Known RBP	11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	ADORA1	P30542	326 aa		11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	FKBP4	Q02790	459 aa	Known RBP eCLIP	11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	KLHL40	Q2TBA0	621 aa		11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	FBXL16	Q8N461	479 aa		11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	AKT1S1	Q96B36	256 aa		11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	EDC3	Q96F86	508 aa	Known RBP	11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	NEK1	Q96PY6	1258 aa		11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	KIF3A	Q9Y496	699 aa		11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	DUOX1	Q9NRD9	1551 aa		11.45	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	MAST2	Q6P0Q8	1798 aa		11.44	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	PDS5A	Q29RF7	1337 aa	Known RBP	11.44	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		11.44	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	MBD3	O95983	291 aa		11.44	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	IMMT	Q16891	758 aa	Known RBP	11.44	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	ADCK5	Q3MIX3	580 aa		11.44	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		11.44	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	CCDC102B	Q68D86	513 aa		11.44	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		11.44	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	SYNE4	Q8N205	404 aa		11.44	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	11.44	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	SETDB2	Q96T68	719 aa		11.44	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	LRRC4B	Q9NT99	713 aa		11.44	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	GNL3L	Q9NVN8	582 aa	Known RBP	11.44	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		11.43	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	SEMA3E	O15041	775 aa		11.43	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	GNPAT	O15228	680 aa		11.43	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	HSPD1	P10809	573 aa	Known RBP	11.43	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	11.43	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	MCAM	P43121	646 aa		11.43	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	ZAP70	P43403	619 aa		11.43	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	MAP3K12	Q12852	859 aa		11.43	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	UBE4A	Q14139	1066 aa		11.43	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		11.43	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	11.43	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	TIAM2	Q8IVF5	1701 aa		11.43	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	CYP21A2	P08686	494 aa		11.42	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	GNAT2	P19087	354 aa		11.42	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	11.42	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	ADD2	P35612	726 aa		11.42	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	WASHC4	Q2M389	1173 aa		11.42	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	NOL8	Q76FK4	1167 aa	Known RBP	11.42	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	DHX32	Q7L7V1	743 aa	Known RBP	11.42	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	RBM46	Q8TBY0	533 aa	Known RBP	11.42	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	LLPH	Q9BRT6	129 aa	Known RBP	11.42	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	ANKRD2	Q9GZV1	360 aa		11.42	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	ZNF804B	A4D1E1	1349 aa		11.41	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	STX6	O43752	255 aa		11.41	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	NCL	P19338	710 aa	Known RBP	11.41	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	NBPF5P	Q86XG9	351 aa	Predicted RBP	11.41	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	SPATA5	Q8NB90	893 aa		11.41	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	TMEM87A	Q8NBN3	555 aa		11.41	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	RGS22	Q8NE09	1264 aa		11.41	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	NLRP3	Q96P20	1036 aa		11.41	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	AGXT2	Q9BYV1	514 aa		11.41	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	ZDHHC9	Q9Y397	364 aa		11.41	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	NDUFB9	Q9Y6M9	179 aa		11.41	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	MYO5A	Q9Y4I1	1855 aa	Known RBP	11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	GOLGA6L3	A6NEY3	463 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101		M0R2C6	588 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	GPAA1	O43292	621 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	ZSCAN22	P10073	491 aa	Predicted RBP	11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	PDE6A	P16499	860 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	RFC4	P35249	363 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	PHKA1	P46020	1223 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	HMGN5	P82970	282 aa	Known RBP	11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	FGD1	P98174	961 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	CHRND	Q07001	517 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	ALX1	Q15699	326 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	ME3	Q16798	604 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	ERFE	Q4G0M1	354 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	CAVIN4	Q5BKX8	364 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	TRAPPC3L	Q5T215	181 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	MCTP1	Q6DN14	999 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	CCDC129	Q6ZRS4	1044 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	CCDC83	Q8IWF9	413 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	GTF3C6	Q969F1	213 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	OSBP2	Q969R2	916 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	SYAP1	Q96A49	352 aa	Predicted RBP	11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	SEC62	Q99442	399 aa	Known RBP	11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	NMRK2	Q9NPI5	230 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	TPCN1	Q9ULQ1	816 aa		11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	DDX49	Q9Y6V7	483 aa	Known RBP	11.4	□□□□□ -0.58
UFD1-208	ENST00000484101	GJB2	P29033	226 aa		11.39	□□□□□ -0.59
UFD1-208	ENST00000484101	PKP1	Q13835	747 aa		11.39	□□□□□ -0.59
UFD1-208	ENST00000484101	TOB2	Q14106	344 aa	Predicted RBP	11.39	□□□□□ -0.59
UFD1-208	ENST00000484101	SCARF1	Q14162	830 aa		11.39	□□□□□ -0.59
UFD1-208	ENST00000484101	CCDC88A	Q3V6T2	1871 aa		11.39	□□□□□ -0.59
UFD1-208	ENST00000484101	SLC9C2	Q5TAH2	1124 aa		11.39	□□□□□ -0.59
UFD1-208	ENST00000484101	TBC1D9B	Q66K14	1250 aa		11.39	□□□□□ -0.59
UFD1-208	ENST00000484101	PPP4R3CP	Q6ZMV5	832 aa		11.39	□□□□□ -0.59
UFD1-208	ENST00000484101	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		11.39	□□□□□ -0.59
UFD1-208	ENST00000484101	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		11.39	□□□□□ -0.59

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