RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478932.1

USP25-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 25, human

TSL 1 (best)

Gene USP25, Length 2,605 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP25-208	ENST00000478932	APP	P05067	770 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	NCL	P19338	710 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	ST3GAL1	Q11201	340 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	CLEC17A	Q6ZS10	378 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	PPIL4	Q8WUA2	492 aa	Known RBP eCLIP	4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	BRF1	Q92994	677 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	NLRP3	Q96P20	1036 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	GPHN	Q9NQX3	736 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	ABCF2	Q9UG63	623 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	RPAP1	Q9BWH6	1393 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	ZNF532	Q9HCE3	1301 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932		E7EWF7	191 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	GOLGA6L22	H0YM25	854 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	ZFY	P08048	801 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	SLC5A1	P13866	664 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	GJB2	P29033	226 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	NFIX	Q14938	502 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932		Q6ZUG5	572 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	PROM2	Q8N271	834 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	APPBP2	Q92624	585 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	DSCC1	Q9BVC3	393 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	DDX24	Q9GZR7	859 aa	Known RBP eCLIP	4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	INCENP	Q9NQS7	918 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	DENND2A	Q9ULE3	1009 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	ZSCAN21	Q9Y5A6	473 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	ABCC12	Q96J65	1359 aa		4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	SPDYE4	A6NLX3	237 aa		4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	STX6	O43752	255 aa		4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	PDE6A	P16499	860 aa		4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	KLRK1	P26718	216 aa		4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	ARID4A	P29374	1257 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	ADD2	P35612	726 aa		4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	KRT32	Q14532	448 aa		4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	LRRFIP1	Q32MZ4	808 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	SLC10A5	Q5PT55	438 aa		4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	DHX32	Q7L7V1	743 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	FERMT3	Q86UX7	667 aa		4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	VPS37D	Q86XT2	251 aa		4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	MAGEB6	Q8N7X4	407 aa		4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	ZNF512B	Q96KM6	892 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	LMBRD1	Q9NUN5	540 aa		4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	LRP2BP	Q9P2M1	347 aa		4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	NAP1L2	Q9ULW6	460 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.62
USP25-208	ENST00000478932	MYH3	P11055	1940 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	COL4A1	P02462	1669 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	VPS37C	A5D8V6	355 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	UQCRFS1P1	P0C7P4	283 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TM4SF1	P30408	202 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TTF1	Q15361	905 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	LARP1B	Q659C4	914 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	FAM173B	Q6P4H8	233 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TXNRD3	Q86VQ6	643 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	STK11IP	Q8N1F8	1099 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MIGA1	Q8NAN2	632 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	NKX2-3	Q8TAU0	364 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	DDX11	Q96FC9	970 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ZSCAN31	Q96LW9	406 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	SH2B1	Q9NRF2	756 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	NSFL1C	Q9UNZ2	370 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	JAG2	Q9Y219	1238 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TCHH	Q07283	1943 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RFX7	Q2KHR2	1363 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TCRBV5S4A2T	A0A5A2	114 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ZNF213	O14771	459 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PRKAB2	O43741	272 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	JAK2	O60674	1132 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CCT2	P78371	535 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	APOBR	Q0VD83	1088 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MAP3K12	Q12852	859 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ANKRD1	Q15327	319 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	IMMT	Q16891	758 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CAVIN1	Q6NZI2	390 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GAS2L3	Q86XJ1	694 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	AIDA	Q96BJ3	306 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	FAM84B	Q96KN1	310 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	STRBP	Q96SI9	672 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	NYX	Q9GZU5	481 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	NCOA5	Q9HCD5	579 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CREBZF	Q9NS37	354 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	AKAP11	Q9UKA4	1901 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	BTAF1	O14981	1849 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ZSCAN22	P10073	491 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GYS1	P13807	737 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CD44	P16070	742 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	EXOSC10	Q01780	885 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	UBE3C	Q15386	1083 aa		4.89	□□□□□ -1.63

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