RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565236.1

CLN3-215, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-215ENST00000565236 Q6P435 159 aa18.1■□□□□ 0.49
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CLN3-215ENST00000565236 OPN1MWP04001 364 aa18.03■□□□□ 0.48
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CLN3-215ENST00000565236 OPN1MW3P0DN78 364 aa18.03■□□□□ 0.48
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