RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558157.5

USP3-206, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene USP3, Length 2,439 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3-206ENST00000558157 NAT6Q93015 286 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 NIPSNAP3BQ9BS92 247 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 GPR87Q9BY21 358 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ELOVL3Q9HB03 270 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 FBXO34Q9NWN3 711 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 CGGBP1Q9UFW8 167 aaPredicted RBP9.61□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 NSG2Q9Y328 171 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 A0A1W2PQM1 296 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 RBFOX3A6NFN3 312 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 RENP00797 406 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 TK1P04183 234 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 HSPB1P04792 205 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 GSTP1P09211 210 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 QDPRP09417 244 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ZNF883P0CG24 379 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 OR5H8P0DN80 308 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 DNASE1L1P49184 302 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 CLDN6P56747 220 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ERVFC1-1P60608 527 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 BTG2P78543 158 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ZNF117Q03924 483 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 RAB35Q15286 201 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ZNF283Q8N7M2 679 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 CHST4Q8NCG5 386 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 OR13C9Q8NGT0 318 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 BSCL2Q96G97 398 aaPredicted RBP9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 TMEM208Q9BTX3 173 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 RHBDD3Q9Y3P4 386 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 UNC13CQ8NB66 2214 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 TRBV24-1A0A075B6N3 115 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 TGIF2-C20orf24A0A0A6YYL0 155 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 WIPF3A6NGB9 483 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ZNF727A8MUV8 499 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 RPS2P15880 293 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ECI1P42126 302 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 CCR4P51679 360 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 GLO1Q04760 184 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 FAM189A2Q15884 450 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 IAH1Q2TAA2 248 aaPredicted RBP9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 PRTGQ2VWP7 1150 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ABLIM2Q6H8Q1 611 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ZNF343Q6P1L6 599 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 KCTD18Q6PI47 426 aaPredicted RBP9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 LHFPL1Q86WI0 220 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ARHGEF39Q8N4T4 335 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 LRRC75AQ8NAA5 344 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 SUMF1Q8NBK3 374 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 PRSS33Q8NF86 280 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 OR10G4Q8NGN3 311 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 HOXB13Q92826 284 aaPredicted RBP9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 EMG1Q92979 244 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 TSSK2Q96PF2 358 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 SERINC2Q96SA4 455 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ATG101Q9BSB4 218 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 RTBDNQ9BSG5 229 aaPredicted RBP9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 CHRNA10Q9GZZ6 450 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 Q9N2J8 555 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 KIAA1456Q9P272 454 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 HHLA2Q9UM44 414 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 WDR87Q6ZQQ6 2873 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 DCDC2BA2VCK2 349 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 TRDCB7Z8K6 153 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 K7N7A8 449 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 MASP2O00187 686 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 B3GALT2O43825 422 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 NKX2-2O95096 273 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 IL18BPO95998 194 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ISG15P05161 165 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ARL4DP49703 201 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 PNRC1Q12796 327 aaPredicted RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 TCF15Q12870 199 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 IQCJQ1A5X6 159 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 TRMT12Q53H54 448 aaKnown RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ALG10Q5BKT4 473 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 SLC18B1Q6NT16 456 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 ZNF429Q86V71 674 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 CATSPERDQ86XM0 798 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 APCDD1LQ8NCL9 501 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 FNDC9Q8TBE3 224 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 OR8D2Q9GZM6 311 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 SRA1Q9HD15 236 aaKnown RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 SEMA5BQ9P283 1151 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 GRHPRQ9UBQ7 328 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 VAX2Q9UIW0 290 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 CACNA1HO95180 2353 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-206ENST00000558157 GPR137BO60478 399 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-206ENST00000558157 IFNA21P01568 189 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-206ENST00000558157 AMBPP02760 352 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-206ENST00000558157 SRP19P09132 144 aaKnown RBP9.58□□□□□ -0.88
USP3-206ENST00000558157 ZNF10P21506 573 aaPredicted RBP9.58□□□□□ -0.88
USP3-206ENST00000558157 HSD11B1P28845 292 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-206ENST00000558157 MMP16P51512 607 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-206ENST00000558157 CTXN1P60606 82 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-206ENST00000558157 RUNX2Q13950 521 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-206ENST00000558157 MEP1BQ16820 701 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-206ENST00000558157 SLC22A6Q4U2R8 563 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-206ENST00000558157 SAPCD1Q5SSQ6 148 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-206ENST00000558157 SLC16A14Q7RTX9 510 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-206ENST00000558157 NUP54Q7Z3B4 507 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-206ENST00000558157 SGPP2Q8IWX5 399 aa9.58□□□□□ -0.88
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 34.9 ms