RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	PURG	Q9UJV8	347 aa	Known RBP	7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SLC22A13	Q9Y226	551 aa		7.38	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	LOC105371242	A0A075B767	164 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520		A0A087WXM4	84 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	DBX1	A6NMT0	343 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ANXA2P2	A6NMY6	339 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CD300LB	A8K4G0	201 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SPRY3	O43610	288 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	GMDS	O60547	372 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PNP	P00491	289 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MT-ND2	P03891	347 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MSMB	P08118	114 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZNF20	P17024	532 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	KITLG	P21583	273 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MPV17	P39210	176 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ALDH3B1	P43353	468 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	HILS1	P60008	231 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	DEFA6	Q01524	100 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MVK	Q03426	396 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SLC3A1	Q07837	685 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR8G1	Q15617	311 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PCGF3	Q3KNV8	242 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	AWAT1	Q58HT5	328 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	BHLHE23	Q8NDY6	225 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR2Z1	Q8NG97	314 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR8S1	Q8NH09	359 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TSEN15	Q8WW01	171 aa	Known RBP	7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PIGC	Q92535	297 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R14A	Q96A00	147 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ABCB9	Q9NP78	766 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	G6PC2	Q9NQR9	355 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	GFOD1	Q9NXC2	390 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ENPP5	Q9UJA9	477 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	HHLA2	Q9UM44	414 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SLC7A11	Q9UPY5	501 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PIGL	Q9Y2B2	252 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CMYA5	Q8N3K9	4069 aa		7.37	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	IGLV3-9	A0A075B6K5	115 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	C17orf100	A8MU93	164 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	IQCF6	A8MYZ5	107 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MAGEB3	O15480	346 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OGG1	O15527	345 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PPIH	O43447	177 aa	Known RBP	7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	DHRS3	O75911	302 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TSPAN15	O95858	294 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TTR	P02766	147 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CD2	P06729	351 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	NAT2	P11245	290 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ADRA2C	P18825	462 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TNFRSF1A	P19438	455 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CEL	P19835	753 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CA6	P23280	308 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SRP9	P49458	86 aa	Known RBP	7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	GTF2A1	P52655	376 aa	Predicted RBP	7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	FAM3A	P98173	230 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	BDH1	Q02338	343 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MFGE8	Q08431	387 aa	Predicted RBP	7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SCGB2A2	Q13296	93 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	GPR50	Q13585	617 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TST	Q16762	297 aa	Known RBP	7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	KCTD21	Q4G0X4	260 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PDLIM3	Q53GG5	364 aa	Predicted RBP	7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	WDR38	Q5JTN6	314 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	FAM209A	Q5JX71	171 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	KCTD8	Q6ZWB6	473 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MOB3C	Q70IA8	216 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PRSS45	Q7RTY3	260 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PRSS35	Q8N3Z0	413 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MS4A15	Q8N5U1	240 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TSPAN14	Q8NG11	270 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR5D14	Q8NGL3	314 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR13C3	Q8NGS6	347 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR51F2	Q8NH61	342 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	GPR148	Q8TDV2	347 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	FCGR1B	Q92637	280 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	THRSP	Q92748	146 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	UFD1	Q92890	307 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	YIPF5	Q969M3	257 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SPSB4	Q96A44	273 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SLC6A7	Q99884	636 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MICU1	Q9BPX6	476 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	POFUT1	Q9H488	388 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MSL2	Q9HCI7	577 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ISYNA1	Q9NPH2	558 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZNF275	Q9NSD4	429 aa	Predicted RBP	7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	C14orf119	Q9NWQ9	140 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MRPL15	Q9P015	296 aa	Known RBP	7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	DHDH	Q9UQ10	334 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MPC1	Q9Y5U8	109 aa		7.36	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	VWF	P04275	2813 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZNF816-ZNF321P	A0A0X1KG74	233 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PNMA8C	A0A1B0GUJ8	204 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TMEM82	A0PJX8	343 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MAGEA13P	A6NCF6	341 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PRR32	B1ATL7	298 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520		H3BSH0	61 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SRSF10	O75494	262 aa	Known RBP	7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	GATB	O75879	557 aa	Known RBP	7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	NRAS	P01111	189 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ISG15	P05161	165 aa		7.35	□□□□□ -1.23

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