RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000531110.5

CD44-231, Transcript of CD44 molecule (Indian blood group), human

TSL 3

Gene CD44, Length 749 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CD44-231	ENST00000531110	HERV-K104	P63124	156 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	RUNX1	Q01196	453 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	PAX5	Q02548	391 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	FZD2	Q14332	565 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	CEBPE	Q15744	281 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	TMEM41B	Q5BJD5	291 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	RAB41	Q5JT25	222 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	BCL2L15	Q5TBC7	163 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	SUSD4	Q5VX71	490 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	CST9LP1	Q5W188	147 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	RPL22L1	Q6P5R6	122 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	PRSS54	Q6PEW0	395 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	TOMM20L	Q6UXN7	152 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	FRRS1	Q6ZNA5	592 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	C15orf39	Q6ZRI6	1047 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	H2BFWT	Q7Z2G1	175 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	DPY19L4	Q7Z388	723 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	RTN4RL2	Q86UN3	420 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	PIGZ	Q86VD9	579 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	GBGT1	Q8N5D6	347 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	TEX26	Q8N6G2	289 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	ACOT4	Q8N9L9	421 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	CHST4	Q8NCG5	386 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	OR5B3	Q8NH48	314 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	GPR119	Q8TDV5	335 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	SDR42E1	Q8WUS8	393 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	MCHR2	Q969V1	340 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	TMEM106A	Q96A25	262 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	PTH2	Q96A98	100 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	PINX1	Q96BK5	328 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	RAB39B	Q96DA2	213 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	SIGLEC12	Q96PQ1	595 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	PEBP4	Q96S96	227 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	SIGMAR1	Q99720	223 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	PSMG3	Q9BT73	122 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	GABARAPL3	Q9BY60	117 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	WDR55	Q9H6Y2	383 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	RAB18	Q9NP72	206 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	C20orf141	Q9NUB4	165 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	HCFC1R1	Q9NWW0	138 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	NDUFB11	Q9NX14	153 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	TAS2R8	Q9NYW2	309 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	TAS2R5	Q9NYW4	299 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	MTCH1	Q9NZJ7	389 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	MARCO	Q9UEW3	520 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	RNF150	Q9ULK6	438 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	FOXJ3	Q9UPW0	622 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	MEMO1	Q9Y316	297 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	MRPS16	Q9Y3D3	137 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	EVPL	Q92817	2033 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	KANTR	A0A1W2PQU2	76 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	TMEM150B	A6NC51	233 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	HS3ST1	O14792	307 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	PDE6D	O43924	150 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	OR7C2	O60412	319 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	HIST1H2BK	O60814	126 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	LRP3	O75074	770 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	GAGE7	O76087	117 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	YIF1A	O95070	293 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	SIX6	O95475	246 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	CD8A	P01732	235 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	SEMG1	P04279	462 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	ALDOB	P05062	364 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	HIST1H2BJ	P06899	126 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	PRSS2	P07478	247 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	DCN	P07585	359 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	GAGE12F	P0CL80	117 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	GAGE12G	P0CL81	117 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	GAGE12I	P0CL82	117 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	PPIAL4G	P0DN37	164 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	TFPI	P10646	304 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	GOT1	P17174	413 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	CEBPB	P17676	345 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	TPSB2	P20231	275 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	USF1	P22415	310 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	HIST1H2BO	P23527	126 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	CXCR1	P25024	350 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	HIST1H2BB	P33778	126 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	BTC	P35070	178 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	SNCA	P37840	140 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	ZNF140	P52738	457 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	CLDN2	P57739	230 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	HIST1H2BD	P58876	126 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	CKS1B	P61024	79 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	HIST1H2BC	P62807	126 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	MRPS34	P82930	218 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	BDH1	Q02338	343 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	ARHGAP1	Q07960	439 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	SIGLEC14	Q08ET2	396 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	MLLT11	Q13015	90 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	GAGE4	Q13068	117 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	ITPK1	Q13572	414 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	HTR4	Q13639	388 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	TPSAB1	Q15661	275 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	HIST2H2BE	Q16778	126 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	HIST2H2BF	Q5QNW6	126 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	C22orf42	Q6IC83	251 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	WBP2NL	Q6ICG8	309 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CD44-231	ENST00000531110	TMPPE	Q6ZT21	453 aa		4.87	□□□□□ -1.63

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