RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	OR10AD1	Q8NGE0	317 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2Y1	Q8NGV0	311 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	PTDSS2	Q9BVG9	487 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	LAMP3	Q9UQV4	416 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	STRAP	Q9Y3F4	350 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CROCC	Q5TZA2	2017 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	DTYMK	P23919	212 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	FUT7	Q11130	342 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	WDR74	Q6RFH5	385 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	DBX2	Q6ZNG2	339 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM182	Q6ZP80	229 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	M1AP	Q8TC57	530 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A0B4J203	849 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447		J3QR89	54 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	DCTN6	O00399	190 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ST8SIA5	O15466	376 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ANGPTL7	O43827	346 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CCL4	P13236	92 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	PRR7	Q8TB68	274 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	DNAJB12	Q9NXW2	375 aa	Known RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CSAG2	Q9Y5P2	127 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	OR5H15	A6NDH6	313 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	GABRA1	P14867	456 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	DHODH	Q02127	395 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	C21orf62-AS1	Q17RA5	79 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	DRAM2	Q6UX65	266 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC16A12	Q6ZSM3	486 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF547	Q8IVP9	402 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ADPRHL1	Q8NDY3	354 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	OR13G1	Q8NGZ3	307 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CCL17	Q92583	94 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CIB3	Q96Q77	187 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	OR8B4	Q96RC9	309 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	JTB	O76095	146 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	HOXB3	P14651	431 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	PI3	P19957	117 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	FMOD	Q06828	376 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	MOGAT2	Q3SYC2	334 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ETFRF1	Q6IPR1	90 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC16A13	Q7RTY0	426 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	NDFIP1	Q9BT67	221 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC26A1	Q9H2B4	701 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM231	Q9H6L2	316 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	BARX1	Q9HBU1	254 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	FGF20	Q9NP95	211 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	MED9	Q9NWA0	146 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	USP54	Q70EL1	1684 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	TBX19	O60806	448 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	SH2D5	Q6ZV89	423 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM60A	Q9NP50	221 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	TCAP	O15273	167 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	BAP18	Q8IXM2	172 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	TMED6	Q8WW62	240 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447		V9GYS6	101 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CA6	P23280	308 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	MNX1	P50219	401 aa	Predicted RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF816	Q0VGE8	651 aa	Predicted RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	FABP9	Q0Z7S8	132 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	PRDX4	Q13162	271 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	VMA21	Q3ZAQ7	101 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	B3GNTL1	Q67FW5	361 aa	Predicted RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	VN1R4	Q7Z5H5	301 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	BPIFC	Q8NFQ6	507 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	EXTL1	Q92935	676 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ORAI1	Q96D31	301 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	SOX7	Q9BT81	388 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	TTC3	P53804	2025 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	PATE3	B3GLJ2	98 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	H2AFB1	P0C5Y9	115 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	PABPC1L2A	Q5JQF8	200 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	GLCCI1	Q86VQ1	547 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM58A	Q8N1B3	248 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	SPSB1	Q96BD6	273 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	DUSP15	Q9H1R2	295 aa	Predicted RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	OR5H14	A6NHG9	310 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	C21orf140	B9A014	251 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	LRP3	O75074	770 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CYC1	P08574	325 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	PIGP	P57054	158 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	KLF3	P57682	345 aa	Predicted RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	STUM	Q69YW2	141 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF774	Q6NX45	483 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ARHGEF39	Q8N4T4	335 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB1B	Q9H0U4	201 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CD3E	P07766	207 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	TNFAIP6	P98066	277 aa	Predicted RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	OR10V1	Q8NGI7	309 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	PARP12	Q9H0J9	701 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CACFD1	Q9UGQ2	172 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	AK3	Q9UIJ7	227 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXJ3	Q9UPW0	622 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	TOX4	O94842	621 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF32	P17041	273 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	GALNS	P34059	522 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	RAG2	P55895	527 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	MCHR2	Q969V1	340 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	MOB3A	Q96BX8	217 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	WDR34	Q96EX3	536 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	MAP1B	P46821	2468 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	FXYD1	O00168	92 aa		11.74	□□□□□ -0.53

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