RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	MEGF8	Q7Z7M0	2845 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CCDC182	A6NF36	153 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520		E9PQ18	207 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	DENR	O43583	198 aa	Known RBP	7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SYNGR3	O43761	229 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	VENTX	O95231	258 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	IGLV1-44	P01699	117 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ANXA2	P07355	339 aa	Known RBP	7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	GNAO1	P09471	354 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	DBT	P11182	482 aa	Known RBP	7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	GABRB1	P18505	474 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ALOX5AP	P20292	161 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TUBG1	P23258	451 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	DCK	P27707	260 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PRKX	P51817	358 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	RIDA	P52758	137 aa	Known RBP	7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	UCP2	P55851	309 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	HIST1H3A	P68431	136 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PCK2	Q16822	640 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF718	Q3SXZ3	478 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	C6orf141	Q5SZD1	244 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	HIST2H3PS2	Q5TEC6	136 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF322	Q6U7Q0	402 aa	Predicted RBP	7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TMPRSS11A	Q6ZMR5	421 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	USP51	Q70EK9	711 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	HIST2H3A	Q71DI3	136 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF679	Q8IYX0	411 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF786	Q8N393	782 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	YIPF7	Q8N8F6	280 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	OR1J1	Q8NGS3	322 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD60	Q9BZ19	345 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ADGRL4	Q9HBW9	690 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TUBG2	Q9NRH3	451 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	INPP5E	Q9NRR6	644 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF224	Q9NZL3	707 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	GTF2A1L	Q9UNN4	478 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CMAHP	Q9Y471	501 aa		7.46	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	IGHV2OR16-5	A0A0B4J2B6	119 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	METTL15	A6NJ78	407 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	LYNX1	G3V0Z9	82 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520		J3QLW9	94 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520		M0R135	149 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TBX1	O43435	398 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	APOL3	O95236	402 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CELA3B	P08861	270 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	LYNX1	P0DP58	116 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF19	P17023	458 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	EGR1	P18146	543 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	NR4A1	P22736	598 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	GLRX	P35754	106 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SERPINF1	P36955	418 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ACTA2	P62736	377 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ACTG1	P63261	375 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ACTG2	P63267	376 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF91	Q05481	1191 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ST3GAL4	Q11206	333 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SMN1	Q16637	294 aa	Known RBP	7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF829	Q3KNS6	432 aa	Predicted RBP	7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	RBM48	Q5RL73	367 aa	Known RBP	7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	RGS7BP	Q6MZT1	257 aa	Predicted RBP	7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	DRAM2	Q6UX65	266 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CFAP77	Q6ZQR2	320 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	LHFPL3	Q86UP9	236 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	EGFL6	Q8IUX8	553 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	OR52I1	Q8NGK6	324 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	RNF133	Q8WVZ7	376 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	GGH	Q92820	318 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	APOBEC3D	Q96AK3	386 aa	Predicted RBP	7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	LGALS12	Q96DT0	336 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF799	Q96GE5	643 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PGAM5	Q96HS1	289 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MAP6	Q96JE9	813 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	POM121L2	Q96KW2	1035 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	YTHDF1	Q9BYJ9	559 aa	Known RBP	7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CCDC90B	Q9GZT6	254 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	OR51B6	Q9H340	312 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	METTL17	Q9H7H0	456 aa	Predicted RBP	7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MYOZ1	Q9NP98	299 aa	Predicted RBP	7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CA10	Q9NS85	328 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PLCXD1	Q9NUJ7	323 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TBCCD1	Q9NVR7	557 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MRPS18A	Q9NVS2	196 aa	Known RBP	7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CNOT2	Q9NZN8	540 aa	Known RBP	7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	GNG8	Q9UK08	70 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	FBXO9	Q9UK97	447 aa	Predicted RBP	7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ERGIC3	Q9Y282	383 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	EXOSC1	Q9Y3B2	195 aa	Known RBP	7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MGAM2	Q2M2H8	2515 aa		7.45	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	LOC100509620	A0A075B734	347 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TMEM269	A0A1B0GVZ9	245 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PQL4	384 aa	Predicted RBP	7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ACOD1	A6NK06	481 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PSMD9	O00233	223 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	WBP4	O75554	376 aa	Known RBP	7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SULT1C4	O75897	302 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	RPP14	O95059	124 aa	Known RBP	7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MT-ND5	P03915	603 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	OR4A8	P0C604	315 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CCDC159	P0C7I6	412 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF35	P13682	527 aa		7.44	□□□□□ -1.22

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