RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000592790.1

VMP1-216, Transcript of vacuole membrane protein 1, human

Gene VMP1, Length 4,325 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VMP1-216	ENST00000592790	DVL1P1	P54792	670 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	SUMO3	P55854	103 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	PPP2CB	P62714	309 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	PPP2CA	P67775	309 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	MRPS21	P82921	87 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	DEFA6	Q01524	100 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	TLE4	Q04727	773 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	SPOCK1	Q08629	439 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	FAM53B	Q14153	422 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	INPP5J	Q15735	1006 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	LCE2D	Q5TA82	110 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	HIST2H3PS2	Q5TEC6	136 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	VASN	Q6EMK4	673 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	PRSS54	Q6PEW0	395 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	KIRREL2	Q6UWL6	708 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	TFAP2E	Q6VUC0	442 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	DOK3	Q7L591	496 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	SLC25A42	Q86VD7	318 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	FJX1	Q86VR8	437 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	CDC20B	Q86Y33	519 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	FOXRED2	Q8IWF2	684 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	C19orf47	Q8N9M1	422 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	LINC01555	Q8NAE3	123 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	OR9K2	Q8NGE7	335 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	OR4D10	Q8NGI6	311 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	OR1J1	Q8NGS3	322 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	GPX8	Q8TED1	209 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	FBXW5	Q969U6	566 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	MVB12A	Q96EY5	273 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	SEC22A	Q96IW7	307 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	HIST1H2AA	Q96QV6	131 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	NPAS1	Q99742	590 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	PRSS27	Q9BQR3	290 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	ZNF251	Q9BRH9	671 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	OR10A2	Q9H208	303 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	OPA3	Q9H6K4	179 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	C20orf141	Q9NUB4	165 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	KLRF1	Q9NZS2	232 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	PCDHB10	Q9UN67	800 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	TNFSF18	Q9UNG2	199 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	MRPS28	Q9Y2Q9	187 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	PCYT1B	Q9Y5K3	369 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	COL4A4	P53420	1690 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	NUP214	P35658	2090 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	TRBV5-5	A0A0J9YX44	114 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	LOC107986453	A0A1B0GWG9	222 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	RPS10-NUDT3	A0A1W2PQS6	291 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	GJE1	A6NN92	205 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	ZNF850	A8MQ14	1090 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	HIDE1	A8MVS5	230 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790		B4DGG1	531 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790		E5RGE8	158 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	HCRTR1	O43613	425 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	PLRG1	O43660	514 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	IL33	O95760	270 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	TXNDC12	O95881	172 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	CD8A	P01732	235 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	SERPINA5	P05154	406 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	F13B	P05160	661 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	CEACAM5	P06731	702 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	CXCL2	P19875	107 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	PTGER1	P34995	402 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	GJA4	P35212	333 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	APOBEC1	P41238	236 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	SLC6A9	P48067	706 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	RGS19	P49795	217 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	MAT1A	Q00266	395 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	RPL18	Q07020	188 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	RUNX2	Q13950	521 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	INSL4	Q14641	139 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	PRICKLE4	Q2TBC4	344 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	GXYLT1	Q4G148	440 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	SOHLH1	Q5JUK2	328 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	EEF1A1P5	Q5VTE0	462 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	CST9	Q5W186	159 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	FAM199X	Q6PEV8	388 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	SLC22A25	Q6T423	547 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	DRAM2	Q6UX65	266 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	UNQ6126/PRO20091	Q6UXV3	157 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	THSD4	Q6ZMP0	1018 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	MED25	Q71SY5	747 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	LINC00518	Q8N0U6	118 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	BCORP1	Q8N888	145 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	GATS	Q8NAP1	163 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	NPEPL1	Q8NDH3	523 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	OR10R2	Q8NGX6	335 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	OR51Q1	Q8NH59	317 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	ST8SIA1	Q92185	356 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	CXorf58	Q96LI9	332 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	OR5B12	Q96R08	314 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	OR1F2P	Q96R84	312 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	MAP3K3	Q99759	626 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	NUDT9	Q9BW91	350 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	NELFA	Q9H3P2	528 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	MMP25	Q9NPA2	562 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	PRMT8	Q9NR22	394 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	EHF	Q9NZC4	300 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	RNF150	Q9ULK6	438 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	SRPK3	Q9UPE1	567 aa		3.2	□□□□□ -1.9
VMP1-216	ENST00000592790	KCNK7	Q9Y2U2	307 aa		3.2	□□□□□ -1.9

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