RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	LUZP4	Q9P127	313 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ETV7	Q9Y603	341 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	LOC100289279	A0A1B0GTE1	492 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC22A20	A6NK97	555 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	TNFSF11	O14788	317 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	PDZK1IP1	Q13113	114 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	DUSP8	Q13202	625 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CLN3	Q13286	438 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SCGB2A2	Q13296	93 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	IHH	Q14623	411 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ASTL	Q6HA08	431 aa	Predicted RBP	11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	BATF2	Q8N1L9	274 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	NANP	Q8TBE9	248 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	PLCXD1	Q9NUJ7	323 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SSC5D	A1L4H1	1573 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447		K7EPK0	472 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CT45A6	P0DMU7	189 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CT45A5	P0DMU8	189 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CT45A7	P0DMV0	189 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CT45A8	P0DMV1	189 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CT45A9	P0DMV2	189 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OMG	P23515	440 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ACKR1	Q16570	336 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CT45A2	Q5DJT8	189 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CT45A1	Q5HYN5	189 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ATPAF1	Q5TC12	328 aa	Predicted RBP	11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CST9LP1	Q5W188	147 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ANGPTL5	Q86XS5	388 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM71E2	Q8N5Q1	922 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	DEFB124	Q8NES8	71 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CT45A3	Q8NHU0	189 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	DYNC2LI1	Q8TCX1	351 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	C1QTNF3	Q9BXJ4	246 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SPNS1	Q9H2V7	528 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	NECAP2	Q9NVZ3	263 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OSGIN1	Q9UJX0	560 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKRD12	Q6UB98	2062 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF195	O14628	629 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	PRICKLE3	O43900	615 aa	Predicted RBP	11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	PIAS2	O75928	621 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	BCKDHB	P21953	392 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	PNLIPRP2	P54317	469 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	EMP3	P54852	163 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	PMPCA	Q10713	525 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	THEM4	Q5T1C6	240 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	DHRS13	Q6UX07	377 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OR52N1	Q8NH53	320 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	MZB1	Q8WU39	189 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	DUS3L	Q96G46	650 aa	Known RBP	11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	GPR78	Q96P69	363 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ASH2L	Q9UBL3	628 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447		R4GN57	208 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	C5orf49	A4QMS7	147 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	PRKN	O60260	465 aa	Predicted RBP	11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SCO1	O75880	301 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	APOA2	P02652	100 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ACHE	P22303	614 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	BAX	Q07812	192 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	TCTN3	Q6NUS6	607 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OGFOD3	Q6PK18	319 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF680	Q8NEM1	530 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OR51A2	Q8NGJ7	313 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OR10Z1	Q8NGY1	313 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CNTNAP3	Q9BZ76	1288 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	PLA2G2F	Q9BZM2	168 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	GNB4	Q9HAV0	340 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC22A11	Q9NSA0	550 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A087WV62	115 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAV20	A0A0B4J274	112 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	HSD17B6	O14756	317 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ZP3	P21754	424 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF4	P78317	190 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ACSM1	Q08AH1	577 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF385B	Q569K4	471 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OR51D1	Q8NGF3	324 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	HAS2	Q92819	552 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	MRGPRX4	Q96LA9	322 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OXGR1	Q96P68	337 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	FRG2C	A6NGY1	282 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	AGAP14	A8MT82	685 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	PHF1	O43189	567 aa	Predicted RBP	11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	MT-CO3	P00414	261 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	BSG	P35613	385 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPL19	P49406	292 aa	Known RBP	11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	THBS3	P49746	956 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	HCCS	P53701	268 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	GNB2	P62879	340 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OR10K2	Q6IF99	312 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXL6	Q8N531	539 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC35G3	Q8N808	338 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SLAMF6	Q96DU3	332 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO4	Q9UKT5	387 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF346	Q9UL40	294 aa	Known RBP	11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SSUH2	Q9Y2M2	353 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A1B0GUL6	1792 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	TRBV5-4	A0A0C4DH59	114 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	MBTPS2	O43462	519 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	B4GALT3	O60512	393 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SCGB1D1	O95968	90 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CRYAB	P02511	175 aa	Known RBP	11.97	□□□□□ -0.49

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