RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	C18orf12	Q96KH6	178 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	WAC	Q9BTA9	647 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RNF121	Q9H920	327 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CCNB1IP1	Q9NPC3	277 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	DCAF13	Q9NV06	445 aa	Known RBP	7.57	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	PAK1IP1	Q9NWT1	392 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	MED29	Q9NX70	200 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	GRHPR	Q9UBQ7	328 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CAB39	Q9Y376	341 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	A3GALT2	U3KPV4	340 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285		A0A1W2PRQ8	180 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285		B9A039	149 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	MT-ND5	P03915	603 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	FABP3	P05413	133 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RAD23A	P54725	363 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ADAM8	P78325	824 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	VLDLR	P98155	873 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	MS4A2	Q01362	244 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	PRKCD	Q05655	676 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RPL18	Q07020	188 aa	Known RBP	7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CD47	Q08722	323 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	DGCR6	Q14129	220 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	THEM4	Q5T1C6	240 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	GPR139	Q6DWJ6	353 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RPL13AP3	Q6NVV1	102 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	DNM1P34	Q6PK57	102 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ARL9	Q6T311	187 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CLEC2A	Q6UVW9	174 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	USP51	Q70EK9	711 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	DTX2	Q86UW9	622 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NRM	Q8IXM6	262 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SVOP	Q8N4V2	548 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	DHRSX	Q8N5I4	330 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NOXO1	Q8NFA2	376 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	OR4D11	Q8NGI4	311 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	LILRB1	Q8NHL6	650 aa	Predicted RBP	7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RDH12	Q96NR8	316 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	PRSS27	Q9BQR3	290 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	EMC6	Q9BV81	110 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	C1QTNF6	Q9BXI9	259 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	TXNIP	Q9H3M7	391 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	TAS2R5	Q9NYW4	299 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	A4GNT	Q9UNA3	340 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	HIF3A	Q9Y2N7	669 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	GRIP1	Q9Y3R0	1128 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ABCA4	P78363	2273 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	APC	P25054	2843 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285		A0A1W2PR80	420 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CENPX	A8MT69	81 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SHISA9	B4DS77	424 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	DHH	O43323	396 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	UPK1B	O75841	260 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	GADD45G	O95257	159 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	HPR	P00739	348 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	IGKV3-15	P01624	115 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	TP53	P04637	393 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	TCN1	P20061	433 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	TNFRSF1B	P20333	461 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	EDNRA	P25101	427 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NTF4	P34130	210 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SERPINF1	P36955	418 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	DDOST	P39656	456 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	IDH3G	P51553	393 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NUDT6	P53370	316 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CRYBA2	P53672	197 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	UGT2B15	P54855	530 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	DEFA1	P59665	94 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	DEFA3	P59666	94 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RPL27	P61353	136 aa	Known RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	B2M	P61769	119 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NAAA	Q02083	359 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	HSF2	Q03933	536 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	LTB	Q06643	244 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	FOXD4	Q12950	439 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NPRL3	Q12980	569 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ATP6AP1	Q15904	470 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	FAM98B	Q52LJ0	330 aa	Known RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RSBN1	Q5VWQ0	802 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	WDR88	Q6ZMY6	472 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	C22orf34	Q6ZV56	151 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	TMPRSS11F	Q6ZWK6	438 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SLC16A14	Q7RTX9	510 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SLC46A3	Q7Z3Q1	461 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	VTCN1	Q7Z7D3	282 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NKAIN4	Q8IVV8	208 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SLC38A6	Q8IZM9	456 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	FAM156A	Q8NDB6	213 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NUP37	Q8NFH4	326 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	OR6Q1	Q8NGQ2	317 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	LRTOMT	Q8WZ04	291 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	TMEM54	Q969K7	222 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	SLC29A1	Q99808	456 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RHNO1	Q9BSD3	238 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	TRAF4	Q9BUZ4	470 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	RAB1B	Q9H0U4	201 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	ZNF442	Q9H7R0	627 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	NMNAT1	Q9HAN9	279 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	LIN7B	Q9HAP6	207 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	CDH20	Q9HBT6	801 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP3-208	ENST00000558285	MEPE	Q9NQ76	525 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 63.6 ms