RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000614678.1

CPNE3-208, Transcript of copine 3, human

TSL 1 (best)

Gene CPNE3, Length 4,201 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE3-208	ENST00000614678	MAGEA2	P43356	314 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	SWI5	Q1ZZU3	235 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	RSPO1	Q2MKA7	263 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	DMRTC1	Q5HYR2	192 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	SLC16A14	Q7RTX9	510 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	AMIGO2	Q86SJ2	522 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	SPATA24	Q86W54	205 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	OR6S1	Q8NH40	331 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	MAGEE2	Q8TD90	523 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	ASB9	Q96DX5	294 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	WNT5B	Q9H1J7	359 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	SEMA6A	Q9H2E6	1030 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	PPP1R3E	Q9H7J1	279 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	NCR1	O76036	304 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	CBR1	P16152	277 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	PEX19	P40855	299 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	KRR1	Q13601	381 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	CCNI	Q14094	377 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	CARTPT	Q16568	116 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	C5orf46	Q6UWT4	87 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	RFPL4B	Q6ZWI9	263 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	SPATC1	Q76KD6	591 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	RRM2B	Q7LG56	351 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	FANK1	Q8TC84	345 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	MBD6	Q96DN6	1003 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	LRR1	Q96L50	414 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF570	Q96NI8	536 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	FEV	Q99581	238 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF701	Q9NV72	531 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	CRNN	Q9UBG3	495 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	GRHPR	Q9UBQ7	328 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	AASS	Q9UDR5	926 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CPNE3-208	ENST00000614678	ARPC4-TTLL3	A0A0A6YYG9	625 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	C5orf49	A4QMS7	147 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	CD14	P08571	375 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	MAGEB1	P43366	347 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	CENPA	P49450	140 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	PCYT1A	P49585	367 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	HCCS	P53701	268 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	GABPB1	Q06547	395 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	CLEC12B	Q2HXU8	276 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	DTX2	Q86UW9	622 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF511	Q8NB15	262 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	C1orf162	Q8NEQ5	155 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	BBS1	Q8NFJ9	593 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	OR52E2	Q8NGJ4	325 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	HS6ST2	Q96MM7	605 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	IFT27	Q9BW83	186 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	TTTY10	Q9BZA0	68 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	GRIP2	Q9C0E4	1043 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	RNF121	Q9H920	327 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	MRGBP	Q9NV56	204 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ASH2L	Q9UBL3	628 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SAMHD1	Q9Y3Z3	626 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	TENM1	Q9UKZ4	2725 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	PRSS37	A4D1T9	235 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	CST1	P01037	141 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	CRYAA	P02489	173 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	HPX	P02790	462 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ADRA2A	P08913	450 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	OR8G3P	P0DMU2	310 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	THRB	P10828	461 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SERPINF1	P36955	418 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	FLOT2	Q14254	428 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	HLX	Q14774	488 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ACSM5	Q6NUN0	579 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	LEG1	Q6P5S2	330 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF620	Q6ZNG0	422 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	CFAP77	Q6ZQR2	320 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	IL17REL	Q6ZVW7	336 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	P2RY8	Q86VZ1	359 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SLC30A7	Q8NEW0	376 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	C11orf40	Q8WZ69	217 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	NINJ1	Q92982	152 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	DHRS9	Q9BPW9	319 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	MRPL22	Q9NWU5	206 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	AMDHD2	Q9Y303	409 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	BHLHE40	O14503	412 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	CDC14B	O60729	498 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	COL8A2	P25067	703 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	PCSK6	P29122	969 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SLC36A3	Q495N2	470 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	OR2T5	Q6IEZ7	315 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF627	Q7L945	461 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	C17orf78	Q8N4C9	275 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	NPEPL1	Q8NDH3	523 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	OR2T29	Q8NH02	315 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	AMELY	Q99218	206 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SMURF2	Q9HAU4	748 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	REV1	Q9UBZ9	1251 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678		A0A096LNT2	108 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	INAFM1	C9JVW0	142 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	MAGEB4	O15481	346 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	NDUFB2	O95178	105 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	NR4A1	P22736	598 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	POU1F1	P28069	291 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	RFX4	Q33E94	735 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	THEM4	Q5T1C6	240 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	C10orf128	Q5T292	105 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	OR10S1	Q8NGN2	331 aa		4.89	□□□□□ -1.63

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