RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 H7C1W4 665 aa28.69■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 UFL1O94874 794 aa28.69■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 GPR101Q96P66 508 aaPredicted RBP28.69■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 CNOT7Q9UIV1 285 aaKnown RBP28.69■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 G3V3G9 751 aa28.68■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 ECE2O60344 883 aa28.68■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 GCKRQ14397 625 aa28.68■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 DCAF8Q5TAQ9 597 aa28.68■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 H7C1D1 291 aa28.67■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 PSMD14O00487 310 aa28.67■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 LINS1Q8NG48 757 aa28.67■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 CNTNAP1P78357 1384 aa28.66■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 IFFO2Q5TF58 517 aa28.66■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 GREM2Q9H772 168 aa28.66■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 ZBTB12Q9Y330 459 aaPredicted RBP28.66■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 DPF2Q92785 391 aa28.65■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 XDHP47989 1333 aa28.65■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 MICALL2Q8IY33 904 aa28.64■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 KCNQ5Q9NR82 932 aa28.64■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 MYH3P11055 1940 aa28.64■■■□□ 2.18
CLN3-232ENST00000568443 HSPA1AP0DMV8 641 aaKnown RBP28.63■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 HSPA1BP0DMV9 641 aaKnown RBP28.63■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 BSDC1Q9NW68 430 aaPredicted RBP28.63■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 RTL9Q8NET4 1388 aa28.62■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 ATP2B4P23634 1241 aa28.62■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 FMR1Q06787 632 aaKnown RBP eCLIP28.62■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 ZC3H15Q8WU90 426 aaKnown RBP28.62■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 PLA2G12BQ9BX93 195 aa28.62■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 ABT1Q9ULW3 272 aaKnown RBP28.62■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 SHTN1A0MZ66 631 aa28.61■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 F6X3S4 739 aa28.61■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 TRAF5O00463 557 aa28.61■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 RPS12P25398 132 aaKnown RBP28.61■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 VEGFBP49765 207 aa28.61■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 HIRAP54198 1017 aaPredicted RBP28.61■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 DEFB115Q30KQ5 88 aa28.61■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 PGAP2Q9UHJ9 254 aa28.61■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 MINPP1Q9UNW1 487 aa28.61■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 TRPM4Q8TD43 1214 aa28.6■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 RASSF10A6NK89 507 aa28.59■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 IGHMBP2P38935 993 aaKnown RBP28.59■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 CASP7P55210 303 aa28.59■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 ZNF521Q96K83 1311 aa28.58■■■□□ 2.17
CLN3-232ENST00000568443 CSF1RP07333 972 aa28.57■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 VIL1P09327 827 aaKnown RBP28.57■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 ITGA6P23229 1130 aa28.57■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 BEND3Q5T5X7 828 aa28.57■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 SAMD7Q7Z3H4 446 aa28.57■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 GLIS2Q9BZE0 524 aaPredicted RBP28.57■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 TBC1D10BQ4KMP7 808 aaPredicted RBP28.56■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 CST9Q5W186 159 aa28.56■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 CCT4P50991 539 aaKnown RBP28.55■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 FAM161AQ3B820 660 aa28.55■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 COL13A1Q5TAT6 717 aaPredicted RBP28.55■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 CDC37L1Q7L3B6 337 aa28.55■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 MPHOSPH8Q99549 860 aa28.55■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 TRPM7Q96QT4 1865 aa28.55■■■□□ 2.16
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CLN3-232ENST00000568443 SPEF2Q9C093 1822 aa28.54■■■□□ 2.16
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CLN3-232ENST00000568443 ANKRD18BA2A2Z9 1011 aa28.52■■■□□ 2.16
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CLN3-232ENST00000568443 SLC4A10Q6U841 1118 aa28.52■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 ANKRD2Q9GZV1 360 aa28.52■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 LEMD3Q9Y2U8 911 aa28.52■■■□□ 2.16
CLN3-232ENST00000568443 WDR33Q9C0J8 1336 aaKnown RBP28.51■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 E9PSI1 815 aa28.51■■■□□ 2.15
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CLN3-232ENST00000568443 PAXIP1Q6ZW49 1069 aaPredicted RBP28.51■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 AGBL3Q8NEM8 1001 aa28.51■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 MED23Q9ULK4 1368 aa28.5■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 USP17L3A6NCW0 530 aa28.5■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 USP17L4A6NCW7 530 aa28.5■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 EGFRP00533 1210 aa28.5■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 FOXO4P98177 505 aa28.5■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 USP17L1Q7RTZ2 530 aa28.5■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 USP48Q86UV5 1035 aa28.5■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 C9orf78Q9NZ63 289 aaPredicted RBP28.5■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 CHMP3Q9Y3E7 222 aa28.5■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 TLL2Q9Y6L7 1015 aa28.5■■■□□ 2.15
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CLN3-232ENST00000568443 SRCIN1Q9C0H9 1055 aa28.49■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 ZNF408Q9H9D4 720 aa28.49■■■□□ 2.15
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CLN3-232ENST00000568443 ZNF804BA4D1E1 1349 aa28.47■■■□□ 2.15
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CLN3-232ENST00000568443 KCNJ4P48050 445 aa28.46■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 CHRNDQ07001 517 aa28.46■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 GRM1Q13255 1194 aa28.46■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 LMBR1LQ6UX01 489 aa28.46■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 COA1Q9GZY4 146 aa28.46■■■□□ 2.15
CLN3-232ENST00000568443 FOXN1O15353 648 aa28.45■■■□□ 2.14
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