RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000520940.1

EXTL3-208, Transcript of exostosin like glycosyltransferase 3, human

TSL 4

Gene EXTL3, Length 542 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
EXTL3-208	ENST00000520940	UFL1	O94874	794 aa		13.45	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	13.45	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		13.45	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	ANKIB1	Q9P2G1	1089 aa		13.45	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	GGA1	Q9UJY5	639 aa		13.45	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	THSD7B	Q9C0I4	1608 aa		13.45	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	RTL9	Q8NET4	1388 aa		13.45	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	ZNF646	O15015	1829 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	VAMP4	O75379	141 aa		13.44	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		13.44	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	TRPM4	Q8TD43	1214 aa		13.44	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	XDH	P47989	1333 aa		13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	SHTN1	A0MZ66	631 aa		13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	RASSF10	A6NK89	507 aa		13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940		H7C1W4	665 aa		13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	VEGFB	P49765	207 aa		13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	FMR1	Q06787	632 aa	Known RBP eCLIP	13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	GCKR	Q14397	625 aa		13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	DOK7	Q18PE1	504 aa		13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	MICALL2	Q8IY33	904 aa		13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	ZC3H12C	Q9C0D7	883 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	GREM2	Q9H772	168 aa		13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	CNOT7	Q9UIV1	285 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	ABT1	Q9ULW3	272 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	ZBTB12	Q9Y330	459 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	TRAF5	O00463	557 aa		13.42	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	DPF2	Q92785	391 aa		13.42	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	ZNF609	O15014	1411 aa		13.41	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940		H7C1D1	291 aa		13.41	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	RPS12	P25398	132 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	HIRA	P54198	1017 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	COL13A1	Q5TAT6	717 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	LINS1	Q8NG48	757 aa		13.41	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	ZC3H15	Q8WU90	426 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		13.41	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	KCNQ5	Q9NR82	932 aa		13.41	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	PGAP2	Q9UHJ9	254 aa		13.41	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	ZNF521	Q96K83	1311 aa		13.4	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940		G3V3G9	751 aa		13.4	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	ATP2B4	P23634	1241 aa		13.4	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	CASP7	P55210	303 aa		13.4	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	DEFB115	Q30KQ5	88 aa		13.4	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	FAM161A	Q3B820	660 aa		13.4	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		13.4	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940	GLIS2	Q9BZE0	524 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
EXTL3-208	ENST00000520940		F6X3S4	739 aa		13.39	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	VIL1	P09327	827 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	CST9	Q5W186	159 aa		13.39	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	SAMD7	Q7Z3H4	446 aa		13.39	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		13.39	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	MED23	Q9ULK4	1368 aa		13.39	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	CELF2	O95319	508 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	EGFR	P00533	1210 aa		13.38	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	ITGA6	P23229	1130 aa		13.38	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	TBC1D10B	Q4KMP7	808 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		13.38	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	FOXN1	O15353	648 aa		13.37	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	CSF1R	P07333	972 aa		13.37	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	BEND3	Q5T5X7	828 aa		13.37	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	CDC37L1	Q7L3B6	337 aa		13.37	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	WTIP	A6NIX2	430 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	KIF4B	Q2VIQ3	1234 aa		13.36	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		13.36	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	RSBN1L	Q6PCB5	846 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	AIDA	Q96BJ3	306 aa		13.36	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	CAPNS2	Q96L46	248 aa		13.36	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		13.36	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	ZNF408	Q9H9D4	720 aa		13.36	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	ECE1	P42892	770 aa		13.35	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	RBM26	Q5T8P6	1007 aa	Known RBP	13.35	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	KRT26	Q7Z3Y9	468 aa		13.35	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	PODN	Q7Z5L7	613 aa		13.35	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		13.35	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	USP48	Q86UV5	1035 aa		13.35	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	TNS4	Q8IZW8	715 aa		13.35	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	AGBL3	Q8NEM8	1001 aa		13.35	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	WBP1L	Q9NX94	342 aa		13.35	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		13.34	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	USP17L3	A6NCW0	530 aa		13.34	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	USP17L4	A6NCW7	530 aa		13.34	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	ZNF280A	P59817	542 aa	Predicted RBP	13.34	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	FOXO4	P98177	505 aa		13.34	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	GRM1	Q13255	1194 aa		13.34	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	USP17L1	Q7RTZ2	530 aa		13.34	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	GML	Q99445	158 aa		13.34	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	ANKRD2	Q9GZV1	360 aa		13.34	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	GGA3	Q9NZ52	723 aa		13.34	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	LEMD3	Q9Y2U8	911 aa		13.34	□□□□□ -0.27
EXTL3-208	ENST00000520940	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		13.34	□□□□□ -0.27

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 22.7 ms