RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000470268.1

SF3B1-208, Transcript of splicing factor 3b subunit 1, human

TSL 2

Gene SF3B1, Length 2,003 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SF3B1-208	ENST00000470268	TUBA1C	Q9BQE3	449 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	GABARAPL3	Q9BY60	117 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	NAA50	Q9GZZ1	169 aa	Known RBP	4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	OR52D1	Q9H346	318 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	EXO5	Q9H790	373 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	RASSF1	Q9NS23	344 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	PNPLA3	Q9NST1	481 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ING3	Q9NXR8	418 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	MRPL39	Q9NYK5	338 aa	Known RBP	4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	KIF17	Q9P2E2	1029 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ZNF229	Q9UJW7	825 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ING1	Q9UK53	422 aa	Predicted RBP	4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	RABL2B	Q9UNT1	228 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	TRAPPC4	Q9Y296	219 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	TMEM5	Q9Y2B1	443 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	MYRF	Q9Y2G1	1151 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	POFUT2	Q9Y2G5	429 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ADAM18	Q9Y3Q7	739 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	SPIN1	Q9Y657	262 aa	Predicted RBP	4.2	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ATRX	P46100	2492 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	LOC100130705	A0A1B0GUX0	176 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268		A0A1B0GVG6	124 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	C11orf98	E9PRG8	122 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268		H3BN98	237 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	PLPP3	O14495	311 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	BHLHE40	O14503	412 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	IMPA2	O14732	288 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	KALRN	O60229	2985 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	TGM6	O95932	706 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	PLG	P00747	810 aa	Predicted RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	PRB1	P04280	392 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ADORA3	P0DMS8	318 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	GSTM3	P21266	225 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	POU1F1	P28069	291 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	PCSK6	P29122	969 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	IFNGR2	P38484	337 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	SLC9A3	P48764	834 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	AGFG1	P52594	562 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	CRISP1	P54107	249 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	CARD18	P57730	90 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ISL1	P61371	349 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ADAM8	P78325	824 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	CDK5	Q00535	292 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	COX10	Q12887	443 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	NPRL3	Q12980	569 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	PMS2P3	Q13401	168 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	RAB39A	Q14964	217 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	PON3	Q15166	354 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	NEDD8	Q15843	81 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ZNF239	Q16600	458 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	RFX4	Q33E94	735 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	KRTCAP3	Q53RY4	240 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ZNF362	Q5T0B9	420 aa	Predicted RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ACSM5	Q6NUN0	579 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	SMARCD3	Q6STE5	483 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	PAQR6	Q6TCH4	344 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	H1FNT	Q75WM6	255 aa	Predicted RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	GHDC	Q8N2G8	530 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	PPP1R35	Q8TAP8	253 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	FNDC9	Q8TBE3	224 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ABHD3	Q8WU67	409 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	DTNBP1	Q96EV8	351 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	DMRTA2	Q96SC8	542 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	TAPBPL	Q9BX59	468 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	MRPS26	Q9BYN8	205 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	RBM38	Q9H0Z9	239 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ZNF556	Q9HAH1	456 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	AMBN	Q9NP70	447 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	CHST11	Q9NPF2	352 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ALKBH4	Q9NXW9	302 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	KLHL13	Q9P2N7	655 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	CAMK2A	Q9UQM7	478 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	B3GALT5	Q9Y2C3	310 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	CDH10	Q9Y6N8	788 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268		A0A1W2PNV4	684 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	HTR3E	A5X5Y0	456 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	CCDC160	A6NGH7	325 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	AQP7P3	A6NL99	342 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	GJE1	A6NN92	205 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ZNF716	A6NP11	495 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ZAR1L	A6NP61	321 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	CLCA1	A8K7I4	914 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	PTGES3L	E9PB15	166 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	BCKDK	O14874	412 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	TRAF3IP2	O43734	574 aa	Predicted RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	SERPINI2	O75830	405 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	TOX	O94900	526 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	NDUFB2	O95178	105 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	SLC2A10	O95528	541 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	ADRA2A	P08913	450 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	NR4A1	P22736	598 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	AHCY	P23526	432 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	EDNRA	P25101	427 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	PTGS2	P35354	604 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	RPL5	P46777	297 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	RAD23A	P54725	363 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	PER3	P56645	1201 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	NUP107	P57740	925 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	CSNK2A1	P68400	391 aa	Predicted RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SF3B1-208	ENST00000470268	SLC35A1	P78382	337 aa		4.19	□□□□□ -1.74

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