RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC6A6	P31641	620 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	STAR	P49675	285 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	LHX2	P50458	406 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	B3GALT5-AS1	P59052	145 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CSNK2A1	P68400	391 aa	Predicted RBP	10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SRY	Q05066	204 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	NPRL3	Q12980	569 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OR7A5	Q15622	319 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM176B	Q3YBM2	270 aa	Predicted RBP	10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ANKDD1A	Q495B1	522 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	PDSS1	Q5T2R2	415 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	C6orf52	Q5T4I8	152 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SHE	Q5VZ18	495 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TTC23	Q5W5X9	447 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SMARCD3	Q6STE5	483 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	PRIMA1	Q86XR5	153 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	UBQLNL	Q8IYU4	475 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	GCNT2	Q8N0V5	402 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC43A2	Q8N370	569 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OR5J2	Q8NH18	312 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	MFSD8	Q8NHS3	518 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OSTF1	Q92882	214 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TAAR8	Q969N4	342 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	INTS12	Q96CB8	462 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ZHX1-C8orf76	Q96EF9	292 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ARL5B	Q96KC2	179 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF570	Q96NI8	536 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ZFP3	Q96NJ6	502 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	MOGAT1	Q96PD6	335 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	GPA33	Q99795	319 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TEX12	Q9BXU0	123 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OR52D1	Q9H346	318 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	EGLN3	Q9H6Z9	239 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	GMPPB	Q9Y5P6	360 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	FREM1	Q5H8C1	2179 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607		A0A1W2PNR3	127 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	LIPT2	A6NK58	231 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607		A8MXE2	369 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607		H0YAE9	185 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607		M0R082	166 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SULT2B1	O00204	365 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	DLGAP1	O14490	977 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	EIF1AY	O14602	144 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	NDUFB2	O95178	105 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	PMS2P2	O95744	297 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	LY6G6D	O95868	133 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TGM6	O95932	706 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SHC1	P29353	583 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	GRPR	P30550	384 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CRISP1	P54107	249 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CLDN18	P56856	261 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OR2B6	P58173	313 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	PRPS1	P60891	318 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SGCB	Q16585	318 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ZBED5	Q49AG3	693 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ESPNL	Q6ZVH7	1005 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	MEIOB	Q8N635	442 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SCAI	Q8N9R8	606 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SETD9	Q8NE22	299 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OR51A7	Q8NH64	312 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF417	Q8TAU3	575 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	WNT2B	Q93097	391 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	COX4I2	Q96KJ9	171 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF587	Q96SQ5	575 aa	Predicted RBP	10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	PITX2	Q99697	317 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TM9SF2	Q99805	663 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	IMPAD1	Q9NX62	359 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	REV1	Q9UBZ9	1251 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SIGLEC7	Q9Y286	467 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	USF3	Q68DE3	2245 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	HIVEP2	P31629	2446 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ATR	Q13535	2644 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	DEFB108A	A8MXU0	73 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TNFSF11	O14788	317 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	EFNA2	O43921	213 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OR6A2	O95222	327 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OPN1LW	P04000	364 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ASAH2B	P0C7U1	165 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	IMPDH2	P12268	514 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ACADS	P16219	412 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	RPL4	P36578	427 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	DIO1	P49895	249 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CDC42	P60953	191 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	RPS3A	P61247	264 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	RPS4X	P62701	263 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC35A1	P78382	337 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM27E3	Q08E93	113 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	PMS2P3	Q13401	168 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	IL18R1	Q13478	541 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	PGGHG	Q32M88	737 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607		Q5PR19	223 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CLEC12A	Q5QGZ9	265 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	HBM	Q6B0K9	141 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	KRT80	Q6KB66	452 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC27A4	Q6P1M0	643 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	C8orf59	Q8N0T1	100 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	IQCF1	Q8N6M8	205 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ADPRHL1	Q8NDY3	354 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OR2T33	Q8NG76	320 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OR2V1	Q8NHB1	315 aa		10.78	□□□□□ -0.68

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