RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555904.1

ABCD4-223, Transcript of ATP binding cassette subfamily D member 4, human

TSL 3

Gene ABCD4, Length 582 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ABCD4-223	ENST00000555904	SFXN3	Q9BWM7	321 aa		11.14	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	TSSK6	Q9BXA6	273 aa		11.14	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	RIBC2	Q9H4K1	309 aa		11.14	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	COQ3	Q9NZJ6	369 aa		11.14	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	B3GAT1	Q9P2W7	334 aa		11.14	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	BAIAP2	Q9UQB8	552 aa		11.14	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	RCE1	Q9Y256	329 aa		11.14	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	FLVCR1	Q9Y5Y0	555 aa		11.14	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	BSN	Q9UPA5	3926 aa		11.14	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	SPEN	Q96T58	3664 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904		A6NIZ1	184 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	KDM4E	B2RXH2	506 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	LRRTM2	O43300	516 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	IDH3B	O43837	385 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	KRT33A	O76009	404 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	NR2C1	P13056	603 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	APEH	P13798	732 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	OPRM1	P35372	400 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	SMS	P52788	366 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	CLDN17	P56750	224 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	RAP1B	P61224	184 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	RAP1A	P62834	184 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	SNCB	Q16143	134 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ACKR1	Q16570	336 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	C4orf17	Q53FE4	359 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	AAED1	Q7RTV5	226 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	KIF18B	Q86Y91	864 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF100	Q8IYN0	542 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	OR6K3	Q8NGY3	331 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	TMEM45B	Q96B21	275 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	APH1A	Q96BI3	265 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF570	Q96NI8	536 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	RDH12	Q96NR8	316 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ERMAP	Q96PL5	475 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	DMRTA2	Q96SC8	542 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	RASSF4	Q9H2L5	321 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	TXNIP	Q9H3M7	391 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	SMPD3	Q9NY59	655 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	REV1	Q9UBZ9	1251 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ADAM18	Q9Y3Q7	739 aa		11.13	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	OR6C65	A6NJZ3	312 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	DVL2	O14641	736 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	TRAF3IP2	O43734	574 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	MITF	O75030	526 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC43A1	O75387	559 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	PPP1R3D	O95685	299 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	IFNG	P01579	166 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	IGHG1	P01857	330 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	IGHM	P01871	453 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	HLA-DOB	P13765	273 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	CTSS	P25774	331 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	SDHA	P31040	664 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	CEACAM8	P31997	349 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	PTDSS1	P48651	473 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	CRISP1	P54107	249 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	BID	P55957	195 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	RPL27	P61353	136 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ERVK-25	P63136	954 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	FHL1	Q13642	323 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	MELK	Q14680	651 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	FBXW10	Q5XX13	1052 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ANKRD34A	Q69YU3	496 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	NIPAL3	Q6P499	406 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	THSD4	Q6ZMP0	1018 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	SEM1	Q6ZVN7	128 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	JAZF1	Q86VZ6	243 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	OR6X1	Q8NH79	312 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF566	Q969W8	418 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF775	Q96BV0	537 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	PLEKHA8	Q96JA3	519 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF385A	Q96PM9	386 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC38A2	Q96QD8	506 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	GABARAPL3	Q9BY60	117 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	PLA2G12A	Q9BZM1	189 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	C12orf49	Q9H741	205 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	NRIP3	Q9NQ35	241 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	MED29	Q9NX70	200 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF629	Q9UEG4	869 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	TMEFF2	Q9UIK5	374 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	PROCR	Q9UNN8	238 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC5A6	Q9Y289	635 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	IER3IP1	Q9Y5U9	82 aa		11.12	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ZFYVE26	Q68DK2	2539 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF407	Q9C0G0	2248 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904		A0A0G2JNJ9	132 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	SLC35F4	A4IF30	521 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	RIIAD1	A6NNX1	92 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	IMPA2	O14732	288 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ARPC3	O15145	178 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	SMNDC1	O75940	238 aa	Known RBP eCLIP	11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	TOX	O94900	526 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF26	P17031	533 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ZNF3	P17036	446 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ACVR1B	P36896	505 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	CLRN1	P58418	232 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	FXYD6P3	P58550	94 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	MYBPC1	Q00872	1141 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	FOXF2	Q12947	444 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	NPRL3	Q12980	569 aa		11.11	□□□□□ -0.63
ABCD4-223	ENST00000555904	ITGAD	Q13349	1161 aa		11.11	□□□□□ -0.63

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