RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000416417.5

USP4-204, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene USP4, Length 1,536 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-204ENST00000416417 OPN1SWP03999 348 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 ADRA2AP08913 450 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 PATE4P0C8F1 98 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 ETS2P15036 469 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 ZNF23P17027 643 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 TCN1P20061 433 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 PPOXP50336 477 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 SLC18A1P54219 525 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 SH3BGRP55822 239 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 POU3F1Q03052 451 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 SNTB2Q13425 540 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 SCARB2Q14108 478 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 DAG1Q14118 895 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 OR1Q1Q15612 314 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 TRIP10Q15642 601 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 ADRM1Q16186 407 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 AGKQ53H12 422 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 LRIF1Q5T3J3 769 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 REEP3Q6NUK4 255 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 DHRS4L2Q6PKH6 230 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 BLOC1S3Q6QNY0 202 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 UEVLDQ8IX04 471 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 LSMEM1Q8N8F7 131 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 SMYD1Q8NB12 490 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 PIK3C3Q8NEB9 887 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 NUP37Q8NFH4 326 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 CKAP2Q8WWK9 683 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 SNX18Q96RF0 628 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 DYNLRB1Q9NP97 96 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 LPAR3Q9UBY5 353 aa10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 NIPSNAP3AQ9UFN0 247 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 TRBV5-3A0A0A0MS03 114 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 ZNF99A8MXY4 864 aaPredicted RBP9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 C11orf98E9PRG8 122 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 OR2T1O43869 369 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 FZD7O75084 574 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 PDE5AO76074 875 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 B4GALT1P15291 398 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 CDH12P55289 794 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 RGS8P57771 180 aaPredicted RBP9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 NCALDP61601 193 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 PMS2P3Q13401 168 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 CCNIQ14094 377 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 CR1LQ2VPA4 569 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 C3orf36Q3SXR2 165 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 C1QTNF12Q5T7M4 302 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 ULK3Q6PHR2 472 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 ZNF813Q6ZN06 617 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 LRP11Q86VZ4 500 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 C20orf196Q8IYI0 205 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 FGFBP3Q8TAT2 258 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 SLC47A1Q96FL8 570 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 C19orf24Q9BVV8 132 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 MRPL37Q9BZE1 423 aaKnown RBP9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 RAB1BQ9H0U4 201 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 B3GNT2Q9NY97 397 aa9.99□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 MALRD1Q5VYJ5 2156 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 A0A0B4J2E0 115 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 A0A1B0GX12 115 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 LILRA1O75019 489 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 HOXB1P14653 301 aaPredicted RBP9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 AHCYP23526 432 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 APEX1P27695 318 aaKnown RBP9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 ARR3P36575 388 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 PTDSS1P48651 473 aaKnown RBP9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 SEC24CP53992 1094 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 SELPLGQ14242 412 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 MFSD13AQ14CX5 517 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 MAD2L1BPQ15013 274 aaPredicted RBP9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 BEND6Q5SZJ8 279 aaPredicted RBP9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 NHLRC1Q6VVB1 395 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 CARM1Q86X55 608 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 KRT73Q86Y46 540 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 RBM45Q8IUH3 476 aaKnown RBP9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 FAM169BQ8N8A8 192 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 OR6N1Q8NGY5 312 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 DNAJA4Q8WW22 397 aaPredicted RBP9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 SLC35B4Q969S0 331 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 SLC41A3Q96GZ6 507 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 C1orf159Q96HA4 380 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 ZNF317Q96PQ6 595 aaPredicted RBP9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 SYT3Q9BQG1 590 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 CPPED1Q9BRF8 314 aaPredicted RBP9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 ASPNQ9BXN1 380 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 NARFLQ9H6Q4 476 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 ZNF442Q9H7R0 627 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 C12orf10Q9HB07 376 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 TMEM27Q9HBJ8 222 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 ZNF224Q9NZL3 707 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 SELENONQ9NZV5 590 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 MYEF2Q9P2K5 600 aaKnown RBP9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 PRDM4Q9UKN5 801 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 POFUT2Q9Y2G5 429 aa9.98□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 CPSF4LA6NMK7 179 aaKnown RBP9.97□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 PLPP3O14495 311 aa9.97□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 IFNGR1P15260 489 aa9.97□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 NR4A1P22736 598 aa9.97□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 SLC6A2P23975 617 aa9.97□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 ALDH3B1P43353 468 aa9.97□□□□□ -0.81
USP4-204ENST00000416417 BIDP55957 195 aa9.97□□□□□ -0.81
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 29.9 ms