RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556288.5

ATXN3-238, Transcript of ataxin 3, human

TSL 1 (best)

Gene ATXN3, Length 901 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATXN3-238	ENST00000556288	TPTE	P56180	551 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	OR2B6	P58173	313 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	MTPN	P58546	118 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	B3GALT5-AS1	P59052	145 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	HOXC5	Q00444	222 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	CDK6	Q00534	326 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	IL1RL1	Q01638	556 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	SCARB2	Q14108	478 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	GANAB	Q14697	944 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	PON3	Q15166	354 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF141	Q15928	474 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	EXOC3L2	Q2M3D2	409 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	GLYR1	Q49A26	553 aa	Predicted RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	RUNDC3A	Q59EK9	446 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	GCNT6	Q5T4J0	391 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	MRPL2	Q5T653	305 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	HEPHL1	Q6MZM0	1159 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	CGB2	Q6NT52	195 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	REEP3	Q6NUK4	255 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	ANKRD16	Q6P6B7	361 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	TMEM81	Q6P7N7	255 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	MEX3B	Q6ZN04	569 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	FRRS1	Q6ZNA5	592 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	MSANTD1	Q6ZTZ1	278 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	AMIGO2	Q86SJ2	522 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	LUZP2	Q86TE4	346 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	KRT73	Q86Y46	540 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	LACC1	Q8IV20	430 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	CHERP	Q8IWX8	916 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	GCNT2	Q8N0V5	402 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	CLIP4	Q8N3C7	705 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	MARVELD2	Q8N4S9	558 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	FADS6	Q8N9I5	356 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	PCYOX1L	Q8NBM8	494 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	CHDH	Q8NE62	594 aa	Predicted RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	OR5W2	Q8NH69	310 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	OR10A6	Q8NH74	314 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	LILRB4	Q8NHJ6	448 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	RP9	Q8TA86	221 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	MIPOL1	Q8TD10	442 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	TMEM19	Q96HH6	336 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF845	Q96IR2	970 aa	Predicted RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	OR5B2	Q96R09	309 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF607	Q96SK3	696 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	CGREF1	Q99674	301 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	NPAS1	Q99742	590 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	KLHDC3	Q9BQ90	382 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC39A3	Q9BRY0	314 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	NMUR2	Q9GZQ4	415 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	UBQLN3	Q9H347	655 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	PRDM13	Q9H4Q3	707 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	CALHM2	Q9HA72	323 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	EFCAB1	Q9HAE3	211 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	TIGAR	Q9NQ88	270 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	SAR1A	Q9NR31	198 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	POLE3	Q9NRF9	147 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	MED17	Q9NVC6	651 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	THUMPD1	Q9NXG2	353 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC25A37	Q9NYZ2	338 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	SELENON	Q9NZV5	590 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	VAPA	Q9P0L0	249 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	MCTS1	Q9ULC4	181 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	CLEC4A	Q9UMR7	237 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC35A3	Q9Y2D2	325 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	L3MBTL1	Q9Y468	752 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM215A	Q9Y5M1	114 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	AP4B1	Q9Y6B7	739 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	CAPN7	Q9Y6W3	813 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	SPTAN1	Q13813	2472 aa	Known RBP	4.15	□□□□□ -1.74
ATXN3-238	ENST00000556288	ALPK2	Q86TB3	2170 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	TNFSF12-TNFSF13	A0A0A6YY99	330 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	TMED7-TICAM2	A0A0A6YYA0	188 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288		A0A0J9YW62	118 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	CFAP73	A6NFT4	308 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	WIPF3	A6NGB9	483 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	AGAP5	A6NIR3	686 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288		B4DXG7	233 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	C19orf84	I3L1E1	186 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288		M0QX08	132 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	AP4M1	O00189	453 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	SULT2B1	O00204	365 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	FBP2	O00757	339 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	AP3D1	O14617	1153 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	EFNA2	O43921	213 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	GMNN	O75496	209 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	SERPINB7	O75635	380 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	TOX	O94900	526 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	PGM3	O95394	542 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	TGM6	O95932	706 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	OPN1SW	P03999	348 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	HNRNPC	P07910	306 aa	Known RBP eCLIP	4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	NGFR	P08138	427 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF708	P17019	499 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	DRD4	P21917	467 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	CBL	P22681	906 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	TACR3	P29371	465 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	OPRM1	P35372	400 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	CPOX	P36551	454 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	PGM1	P36871	562 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC6A8	P48029	635 aa		4.15	□□□□□ -1.75

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 44.3 ms