RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	PCNX3	Q9H6A9	2034 aa		11.43	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ATRX	P46100	2492 aa		11.43	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	CENPBD1	B2RD01	187 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	PRODH	O43272	600 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	CELA3A	P09093	270 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ADORA3	P0DMS8	318 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	SDHA	P31040	664 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	RPL4	P36578	427 aa	Known RBP	11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC15A1	P46059	708 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	CLDN18	P56856	261 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	CARD18	P57730	90 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	GABARAPL2	P60520	117 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	CTXN1	P60606	82 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	TUBA4A	P68366	448 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ITGAD	Q13349	1161 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	LY6D	Q14210	128 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM205BP	Q63HN1	556 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIL	Q7L0X0	811 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	SIAH3	Q8IW03	269 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ARIH2OS	Q8N7S6	290 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	OR2V1	Q8NHB1	315 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	RFK	Q969G6	155 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ABTB1	Q969K4	478 aa	Predicted RBP	11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	OXGR1	Q96P68	337 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ERMAP	Q96PL5	475 aa	Predicted RBP	11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	KATNB1	Q9BVA0	655 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	NMNAT2	Q9BZQ4	307 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	RASSF1	Q9NS23	344 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	SCN3B	Q9NY72	215 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	HAO2	Q9NYQ3	351 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	CNOT2	Q9NZN8	540 aa	Known RBP	11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	B3GAT1	Q9P2W7	334 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	TPRKB	Q9Y3C4	175 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	RPL36	Q9Y3U8	105 aa	Known RBP	11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	IER3IP1	Q9Y5U9	82 aa		11.42	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	TRGV5	A0A0B4J1U4	118 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A1W2PNR3	127 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529		A6NIZ1	184 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	RIIAD1	A6NNX1	92 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	CLCA1	A8K7I4	914 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM166B	A8MTA8	275 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	PPP1R3D	O95685	299 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	CRYAB	P02511	175 aa	Known RBP	11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	PIP	P12273	146 aa	Predicted RBP	11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	POU3F2	P20265	443 aa	Predicted RBP	11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	GTF2E2	P29084	291 aa	Known RBP	11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	SFTPD	P35247	375 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC25A1	P53007	311 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	SUCLG1	P53597	346 aa	Known RBP	11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	CLDN20	P56880	219 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	OR2B6	P58173	313 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	RAP1B	P61224	184 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	RPL27	P61353	136 aa	Known RBP	11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	RAP1A	P62834	184 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC35A2	P78381	396 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	LINC00303	Q3SY05	128 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ARMC4	Q5T2S8	1044 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	RNLS	Q5VYX0	342 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ADCK1	Q86TW2	530 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF786	Q8N393	782 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF843	Q8N446	348 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM99	Q8N816	258 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	NPEPL1	Q8NDH3	523 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ATP6V1C2	Q8NEY4	427 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF519	Q8TB69	540 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	CNIH3	Q8TBE1	160 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	CPNE4	Q96A23	557 aa	Predicted RBP	11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	PNPLA2	Q96AD5	504 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ZHX1-C8orf76	Q96EF9	292 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	PLEKHA8	Q96JA3	519 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	LRR1	Q96L50	414 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	TAAR6	Q96RI8	345 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	SIGLEC11	Q96RL6	698 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	IL4I1	Q96RQ9	567 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	TIMP4	Q99727	224 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ARHGAP9	Q9BRR9	750 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	CCNB1IP1	Q9NPC3	277 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	GRHPR	Q9UBQ7	328 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	IL20RA	Q9UHF4	553 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	PSORS1C1	Q9UIG5	152 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF346	Q9UL40	294 aa	Known RBP	11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	AKAP8L	Q9ULX6	646 aa	Known RBP eCLIP	11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	PCDHGB1	Q9Y5G3	927 aa		11.41	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A1W2PRG6	482 aa		11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	OR14I1	A6ND48	311 aa		11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529		K7EM74	188 aa		11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC1A7	O00341	560 aa		11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	AQP7	O14520	342 aa		11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	RNF13	O43567	381 aa		11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ENTPD6	O75354	484 aa		11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	AKR7A3	O95154	331 aa		11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	RPSA	P08865	295 aa	Known RBP	11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	HIST1H1C	P16403	213 aa	Known RBP	11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF24	P17028	368 aa		11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF3	P17036	446 aa		11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	PAICS	P22234	425 aa	Known RBP	11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	NOS3	P29474	1203 aa		11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	RFC3	P40938	356 aa		11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	CENPA	P49450	140 aa		11.4	□□□□□ -0.58
TRAF4-208	ENST00000469529	DAP3	P51398	398 aa	Known RBP	11.4	□□□□□ -0.58

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