RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	OPN3	Q9H1Y3	402 aa	Predicted RBP	7.73	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	C8orf4	Q9NR00	106 aa		7.73	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	KCNE5	Q9UJ90	142 aa		7.73	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	NOSIP	Q9Y314	301 aa	Known RBP	7.73	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	N6AMT1	Q9Y5N5	214 aa		7.73	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	ARHGAP21	Q5T5U3	1957 aa		7.73	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	TRIM64	A6NGJ6	449 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285		H0YC42	278 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	OIP5	O43482	229 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	MRPL33	O75394	65 aa	Known RBP	7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	GMNN	O75496	209 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	KRT33A	O76009	404 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	CCDC159	P0C7I6	412 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	PSMB1	P20618	241 aa	Known RBP	7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	RNF144A	P50876	292 aa	Predicted RBP	7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	TPD52	P55327	224 aa	Predicted RBP	7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	BEX5	Q5H9J7	111 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	NANOGP8	Q6NSW7	305 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	VWA1	Q6PCB0	445 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	ULK3	Q6PHR2	472 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	PAQR6	Q6TCH4	344 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	VRK2	Q86Y07	508 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	FUNDC1	Q8IVP5	155 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	UBE2J2	Q8N2K1	259 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	ZNF610	Q8N9Z0	462 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	OR52E4	Q8NGH9	312 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	NFKBID	Q8NI38	313 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	ROBO4	Q8WZ75	1007 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	HSD17B8	Q92506	261 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	PROX1	Q92786	737 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	SLC38A4	Q969I6	547 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	TAMM41	Q96BW9	452 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	SLC47A1	Q96FL8	570 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	SF3B5	Q9BWJ5	86 aa	Known RBP	7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	YTHDF1	Q9BYJ9	559 aa	Known RBP	7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	WDR12	Q9GZL7	423 aa	Known RBP	7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	ESRP2	Q9H6T0	727 aa	Known RBP	7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	FKBP14	Q9NWM8	211 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	UPB1	Q9UBR1	384 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	RIMS3	Q9UJD0	308 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	BAG5	Q9UL15	447 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	RABL2B	Q9UNT1	228 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	TESMIN	Q9Y4I5	508 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285		A0A1W2PNR3	127 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	FAM172BP	A6NC97	362 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285		B4DXG7	233 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	AP3D1	O14617	1153 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	MRAS	O14807	208 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	TMCC2	O75069	709 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	PRF1	P14222	555 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	CCNA2	P20248	432 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	OR3A2	P47893	321 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	MVD	P53602	400 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	ITGAD	Q13349	1161 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	KEAP1	Q14145	624 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	ZNF846	Q147U1	533 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	GUSBP1	Q15486	140 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	LRRC36	Q1X8D7	754 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	GTDC1	Q4AE62	458 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	RUNDC3A	Q59EK9	446 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	C6orf183	Q5T699	404 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	TMEM225	Q6GV28	225 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	OR7E24	Q6IFN5	339 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	KLHL24	Q6TFL4	600 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZT83	130 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	CARM1	Q86X55	608 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	SNX32	Q86XE0	403 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	ADGRG3	Q86Y34	549 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	RP9	Q8TA86	221 aa	Known RBP	7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	LINC01560	Q8TB33	94 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	ABHD3	Q8WU67	409 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	CHAC2	Q8WUX2	184 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	S100Z	Q8WXG8	99 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	C12orf43	Q96C57	262 aa	Known RBP	7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	CLPTM1L	Q96KA5	538 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	C12orf49	Q9H741	205 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	COQ10B	Q9H8M1	238 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	VAPA	Q9P0L0	249 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	OSGIN1	Q9UJX0	560 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	CLEC4A	Q9UMR7	237 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	RASD1	Q9Y272	281 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	MAGED1	Q9Y5V3	778 aa	Predicted RBP	7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	NCKAP5	O14513	1909 aa		7.72	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	NAV2	Q8IVL1	2488 aa		7.71	□□□□□ -1.17
USP3-208	ENST00000558285	IGKV3D-15	A0A087WSY6	115 aa		7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	PRAMEF27	A3QJZ7	478 aa		7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	TMEM229A	B2RXF0	380 aa		7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	KDM4E	B2RXH2	506 aa	Predicted RBP	7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	FMO6P	O60774	539 aa		7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	CGA	P01215	116 aa		7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	RAF1	P04049	648 aa		7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	CRYGS	P22914	178 aa		7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	S100A5	P33763	92 aa		7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	PCGF2	P35227	344 aa		7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	SLC16A1	P53985	500 aa		7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	FAM27E3	Q08E93	113 aa		7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	ALG10B	Q5I7T1	473 aa		7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	RPS26P11	Q5JNZ5	115 aa	Predicted RBP	7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	PAGE3	Q5JUK9	113 aa		7.71	□□□□□ -1.18
USP3-208	ENST00000558285	KRT80	Q6KB66	452 aa		7.71	□□□□□ -1.18

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37 ms