RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478473.1

C9orf3-215, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, humanhuman

TSL 3

Gene C9orf3, Length 895 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C9orf3-215ENST00000478473 COL4A5P29400 1685 aa30.08■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 EXOSC9Q06265 439 aaKnown RBP30.08■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 SMC1BQ8NDV3 1235 aa30.08■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 TMX4Q9H1E5 349 aaPredicted RBP30.08■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 ZNF541Q9H0D2 1346 aa30.07■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 IGKV5-2P06315 115 aa30.07■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 APLP1P51693 650 aa30.07■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 G2E3Q7L622 706 aa30.07■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 JDP2Q8WYK2 163 aa30.07■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 MYH16Q9H6N6 1097 aa30.07■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 LRRC37AA6NMS7 1700 aa30.07■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 ZNF428Q96B54 188 aa30.06■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 CDHR2Q9BYE9 1310 aa30.05■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 SUPT20HQ8NEM7 779 aa30.05■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 SCN4AP35499 1836 aa30.05■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 IQCA1LA6NCM1 817 aa30.04■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 TCERG1O14776 1098 aaKnown RBP30.04■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 FLIIQ13045 1269 aa30.04■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 GPC2Q8N158 579 aa30.03■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 MPNDQ8N594 471 aa30.03■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 PDE8AO60658 829 aa30.02■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 NEXNQ0ZGT2 675 aa30.02■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 RTL5Q5HYW3 569 aaPredicted RBP30.02■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 LARGE2Q8N3Y3 721 aa30.02■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 CELF1Q92879 486 aaKnown RBP30.02■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 TAF1P21675 1872 aa30.02■■■□□ 2.4
C9orf3-215ENST00000478473 CCER2I3L3R5 266 aa30.01■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 DPP8Q6V1X1 898 aaPredicted RBP30.01■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 DUOX1Q9NRD9 1551 aa30■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 NEURL1BA8MQ27 555 aa30■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 COL4A1P02462 1669 aa29.99■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 RPS8P62241 208 aaKnown RBP29.99■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 KIAA2012Q0VF49 1180 aa29.99■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 TAF1DQ9H5J8 278 aaPredicted RBP29.99■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 PPIP5K2O43314 1243 aa29.98■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 EIF6P56537 245 aaKnown RBP29.98■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 H7C1W4 665 aa29.97■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 CCDC152Q4G0S7 254 aa29.97■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 NIM1KQ8IY84 436 aa29.97■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 DNAJC5GQ8N7S2 189 aa29.97■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 AOC3Q16853 763 aa29.96■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 CWF19L2Q2TBE0 894 aaKnown RBP29.96■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 DNAAF4Q8WXU2 420 aa29.96■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 FKBP5Q13451 457 aaPredicted RBP29.95■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 LINS1Q8NG48 757 aa29.95■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 HACL1Q9UJ83 578 aa29.95■■■□□ 2.39
C9orf3-215ENST00000478473 LTBP1Q14766 1721 aa29.95■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 RTL9Q8NET4 1388 aa29.94■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 GCKRQ14397 625 aa29.94■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 SEC31BQ9NQW1 1179 aa29.94■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 ZNRF3Q9ULT6 936 aa29.94■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 CASP7P55210 303 aa29.93■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 CHADLQ6NUI6 762 aa29.93■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 LDHDQ86WU2 507 aa29.93■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 JARID2Q92833 1246 aaPredicted RBP29.93■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 PLA2G12BQ9BX93 195 aa29.93■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 PODXL2Q9NZ53 605 aa29.93■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 ADAMTSL1Q8N6G6 1762 aa29.92■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 CTSWP56202 376 aa29.92■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 TTLL11Q8NHH1 800 aa29.92■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 E9PSI1 815 aa29.91■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 POTEIP0CG38 1075 aa29.91■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 POTEJP0CG39 1038 aa29.91■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 EPHX2P34913 555 aa29.9■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 SCNN1DP51172 638 aa29.9■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 PNMA8AQ86V59 439 aaPredicted RBP29.9■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 NSFL1CQ9UNZ2 370 aaKnown RBP29.9■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 GPSM2P81274 684 aa29.89■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 CXCL9Q07325 125 aa29.89■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 POLLQ9UGP5 575 aa29.89■■■□□ 2.38
C9orf3-215ENST00000478473 SLFN5Q08AF3 891 aa29.87■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 BEND3Q5T5X7 828 aa29.87■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 UBE3BQ7Z3V4 1068 aa29.87■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 GJA3Q9Y6H8 435 aa29.87■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 MYH3P11055 1940 aa29.86■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 WASHC4Q2M389 1173 aa29.86■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 TRMT2AQ8IZ69 625 aaKnown RBP29.86■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 TBC1D16Q8TBP0 767 aa29.86■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 CSF1RP07333 972 aa29.85■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 ANKRD18AQ8IVF6 992 aa29.85■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 CDC5LQ99459 802 aaKnown RBP29.85■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 YDJCA8MPS7 323 aa29.84■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 EYA3Q99504 573 aa29.84■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 GREM2Q9H772 168 aa29.84■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 PASKQ96RG2 1323 aa29.84■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 F6X3S4 739 aa29.83■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 ITGBL1O95965 494 aaPredicted RBP29.83■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 LMOD1P29536 600 aaPredicted RBP29.83■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 CIAPIN1Q6FI81 312 aa29.83■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 BSDC1Q9NW68 430 aaPredicted RBP29.83■■■□□ 2.37
C9orf3-215ENST00000478473 TNIP1Q15025 636 aa29.82■■■□□ 2.36
C9orf3-215ENST00000478473 CCDC85AQ96PX6 553 aaPredicted RBP29.82■■■□□ 2.36
C9orf3-215ENST00000478473 GPRC5DQ9NZD1 345 aa29.82■■■□□ 2.36
C9orf3-215ENST00000478473 C6orf229H3BNL8 230 aa29.81■■■□□ 2.36
C9orf3-215ENST00000478473 EPS15P42566 896 aa29.81■■■□□ 2.36
C9orf3-215ENST00000478473 USP50Q70EL3 339 aaPredicted RBP29.81■■■□□ 2.36
C9orf3-215ENST00000478473 KLRG1Q96E93 195 aa29.81■■■□□ 2.36
C9orf3-215ENST00000478473 XDHP47989 1333 aa29.8■■■□□ 2.36
C9orf3-215ENST00000478473 HTRA3P83110 453 aa29.8■■■□□ 2.36
C9orf3-215ENST00000478473 ALDH1L1O75891 902 aa29.79■■■□□ 2.36
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.5 ms