RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000544547.5

LIMS1-215, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, human

APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS1, Length 4,461 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LIMS1-215	ENST00000544547	GATS	Q8NAP1	163 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	ZNF689	Q96CS4	500 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	RBP7	Q96R05	134 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	AIP	O00170	330 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	CASC3	O15234	703 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	CDC40	O60508	579 aa	Known RBP eCLIP	13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	IGHA2	P01877	340 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	IFNGR1	P15260	489 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	FRK	P42685	505 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	CXADR	P78310	365 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	GSG1	Q2KHT4	349 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	ZNF750	Q32MQ0	723 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	UBE2NL	Q5JXB2	153 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	FAM83H	Q6ZRV2	1179 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	ABHD13	Q7L211	337 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	OR51S1	Q8NGJ8	323 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	PDXP	Q96GD0	296 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	ZNF559	Q9BR84	538 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	TGIF2	Q9GZN2	237 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	TRAPPC13	A5PLN9	417 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	AGR2	O95994	175 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	REN	P00797	406 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	CXCR1	P25024	350 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	IL13RA1	P78552	427 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	EIF2B1	Q14232	305 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	SLC35F2	Q8IXU6	374 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	ZNF687	Q8N1G0	1237 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	OR5AK2	Q8NH90	309 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	WDR89	Q96FK6	387 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	DERL3	Q96Q80	235 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	NEU3	Q9UQ49	428 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	CR2	P20023	1033 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	ATP5A1	P25705	553 aa	Known RBP	13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	PSMB5	P28074	263 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	TEAD1	P28347	426 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	AKR1C3	P42330	323 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	HLX	Q14774	488 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	OR4C11	Q6IEV9	310 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	DGLUCY	Q7Z3D6	616 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	ST7L	Q8TDW4	575 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	BPIFA2	Q96DR5	249 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	SORCS2	Q96PQ0	1159 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	CPNE7	Q9UBL6	633 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	EIF1AY	O14602	144 aa	Known RBP	13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	LAT	O43561	262 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	ASGR2	P07307	311 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	TPT1	P13693	172 aa	Known RBP	13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	POU3F2	P20265	443 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	CERS1	P27544	350 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	GZMM	P51124	257 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	SIM1	P81133	766 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	LSM11	P83369	360 aa	Known RBP eCLIP	13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	LTB	Q06643	244 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	LRFN4	Q6PJG9	635 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	DPPA4	Q7L190	304 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	GLRX5	Q86SX6	157 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	CMTM4	Q8IZR5	234 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	ARL14	Q8N4G2	192 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	OR1M1	Q8NGA1	313 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	LILRB1	Q8NHL6	650 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	LRIG1	Q96JA1	1093 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	RNF170	Q96K19	258 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	ORAI3	Q9BRQ5	295 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	KLF16	Q9BXK1	252 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	SLC22A11	Q9NSA0	550 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547		A0A0D9SG52	128 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	GABRA3	P34903	492 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	ZNF273	Q14593	569 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	ZC3H14	Q6PJT7	736 aa	Known RBP	13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	SSX9	Q7RTT3	188 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	TECPR1	Q7Z6L1	1165 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	OR5T3	Q8NGG3	340 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	OR4C15	Q8NGM1	316 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	TMEM41A	Q96HV5	264 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	DGAT2	Q96PD7	388 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	C20orf24	Q9BUV8	137 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	BTBD2	Q9BX70	525 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	EVA1A	Q9H8M9	152 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	RNF186	Q9NXI6	227 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	TAAR2	Q9P1P5	351 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	ZNF629	Q9UEG4	869 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	NPFFR2	Q9Y5X5	522 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	RPS10-NUDT3	A0A1W2PQS6	291 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547		M0QYG6	137 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	EGF	P01133	1207 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	FGF9	P31371	208 aa	Predicted RBP	13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	RPS10	P46783	165 aa	Known RBP	13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	NRG3	P56975	720 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	LINC00303	Q3SY05	128 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	NEURL3	Q96EH8	262 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	CMSS1	Q9BQ75	279 aa	Known RBP	13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	SMIM3	Q9BZL3	60 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547		Q9N2J8	555 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	RXFP3	Q9NSD7	469 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	SEMA4G	Q9NTN9	838 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	TMEM82	A0PJX8	343 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	HYAL3	O43820	417 aa	Predicted RBP	13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	CSF1	P09603	554 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LIMS1-215	ENST00000544547	EIF1AX	P47813	144 aa	Known RBP	13.21	□□□□□ -0.29

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 40.1 ms