RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	ALDOC	P09972	364 aa	Known RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	COL8A1	P27658	744 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	CLK1	P49759	484 aa	Known RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	AQP4	P55087	323 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	WNT3	P56703	355 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	CLDN15	P56746	228 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	CARD18	P57730	90 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	DSTN	P60981	165 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	TUBA1B	P68363	451 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	CSNK2A1	P68400	391 aa	Predicted RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	MAPRE2	Q15555	327 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	PLPPR5	Q32ZL2	321 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	TIGD2	Q4W5G0	525 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	SLC9B1	Q4ZJI4	515 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	PRAMEF8	Q5VWM4	474 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	PRAMEF7	Q5VXH5	474 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	HBM	Q6B0K9	141 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	HEPHL1	Q6MZM0	1159 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	ALKBH2	Q6NS38	261 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	C3orf33	Q6P1S2	294 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	ZFP1	Q6P2D0	407 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	TUBA1A	Q71U36	451 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	SSX8	Q7RTT4	187 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	RNF130	Q86XS8	419 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	DMRTC2	Q8IXT2	367 aa	Predicted RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	SLC43A2	Q8N370	569 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	CNEP1R1	Q8N9A8	125 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	BHLHE22	Q8NFJ8	381 aa	Predicted RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	TNIP2	Q8NFZ5	429 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	OR2V1	Q8NHB1	315 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	RFWD2	Q8NHY2	731 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	ZNF420	Q8TAQ5	688 aa	Predicted RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	INTS12	Q96CB8	462 aa	Known RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	ZNF845	Q96IR2	970 aa	Predicted RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	KLHL15	Q96M94	604 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	RNF145	Q96MT1	663 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	PSD2	Q9BQI7	771 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	GPATCH1	Q9BRR8	931 aa	Known RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	EVA1A	Q9H8M9	152 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	MCCC2	Q9HCC0	563 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	MOV10	Q9HCE1	1003 aa	Known RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	EXOSC3	Q9NQT5	275 aa	Known RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	CLCF1	Q9UBD9	225 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	PROCR	Q9UNN8	238 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	IFT52	Q9Y366	437 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	ZNF337	Q9Y3M9	751 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	BSN	Q9UPA5	3926 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	CENPBD1	B2RD01	187 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	SLC22A1	O15245	554 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	NCF2	P19878	526 aa	Predicted RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	APOBEC1	P41238	236 aa	Known RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	KCNJ5	P48544	419 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	STAR	P49675	285 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	IDH3A	P50213	366 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	RPS26	P62854	115 aa	Known RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	ZNF117	Q03924	483 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	TLE4	Q04727	773 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	TMEM201	Q5SNT2	666 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	PDZK1	Q5T2W1	519 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	ZNF550	Q7Z398	422 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	GALNT10	Q86SR1	603 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	TMEM200A	Q86VY9	491 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	LILRA2	Q8N149	483 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	TSPEAR	Q8WU66	669 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	OTUB1	Q96FW1	271 aa	Predicted RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	GMPPA	Q96IJ6	420 aa	Predicted RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	PRR14	Q9BWN1	585 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	RBM24	Q9BX46	236 aa	Known RBP	7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	TMEM120A	Q9BXJ8	343 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	UCK2	Q9BZX2	261 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	SAP130	Q9H0E3	1048 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	TPT1P8	Q9HAU6	139 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	ZNF226	Q9NYT6	803 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	FLRT3	Q9NZU0	649 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	MKLN1	Q9UL63	735 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	HRH3	Q9Y5N1	445 aa		7.81	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	NIN	Q8N4C6	2090 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285		A0A096LPI6	279 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	TNFSF12-TNFSF13	A0A0A6YY99	330 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285		A0A0G2JPF8	293 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	PRORSD1P	A6NEY8	169 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	HNRNPCL2	B2RXH8	293 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	HNRNPCL3	B7ZW38	293 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	NPIPB9	F8W1W9	429 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	NR5A2	O00482	541 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	KPNA4	O00629	521 aa	Predicted RBP	7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	ZNF195	O14628	629 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	ADAMDEC1	O15204	470 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	DNPH1	O43598	174 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	SCN2B	O60939	215 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	H6PD	O95479	791 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	HNRNPCL4	P0DMR1	293 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	PPP3CB	P16298	524 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	GRN	P28799	593 aa	Known RBP	7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	GSS	P48637	474 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	EIF2B2	P49770	351 aa	Known RBP	7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	B3GALT5-AS1	P59052	145 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	ESRRG	P62508	458 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	KCNJ10	P78508	379 aa		7.8	□□□□□ -1.16
USP3-208	ENST00000558285	PON3	Q15166	354 aa		7.8	□□□□□ -1.16

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