RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000477970.1

PTPRF-212, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 2

Gene PTPRF, Length 3,321 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-212	ENST00000477970	IL33	O95760	270 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	RFX2	P48378	723 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	TGM4	P49221	684 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	BTG2	P78543	158 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	ZNF85	Q03923	595 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	SELENBP1	Q13228	472 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	IL10RA	Q13651	578 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	AGAP6	Q5VW22	663 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	PXK	Q7Z7A4	578 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	OR5W2	Q8NH69	310 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	HPS1	Q92902	700 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	MMAB	Q96EY8	250 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	SLC46A1	Q96NT5	459 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	AGAP4	Q96P64	663 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	TNFRSF13C	Q96RJ3	184 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	DCLRE1C	Q96SD1	692 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	TMED9	Q9BVK6	235 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	CSTF2T	Q9H0L4	616 aa	Known RBP eCLIP	11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	PPP1R3E	Q9H7J1	279 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	C14orf119	Q9NWQ9	140 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	ERVK-19	Q9WJR5	959 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	ZNF337	Q9Y3M9	751 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPRF-212	ENST00000477970	IGKV3D-11	A0A0A0MRZ8	115 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	DYRK3	O43781	588 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	PPP1R3D	O95685	299 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	PNMT	P11086	282 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	CD1C	P29017	333 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	HOXA6	P31267	233 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	CASP3	P42574	277 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	EIF2B2	P49770	351 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	CRMP1	Q14194	572 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	UBQLNL	Q8IYU4	475 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ZNF527	Q8NB42	609 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	C1orf216	Q8TAB5	229 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ZC3HAV1L	Q96H79	300 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	DIRAS2	Q96HU8	199 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	DDO	Q99489	341 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	FOXQ1	Q9C009	403 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	RNF32	Q9H0A6	362 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	MED20	Q9H944	212 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	IRAK4	Q9NWZ3	460 aa		11.21	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	OR7A10	O76100	309 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	CSTA	P01040	98 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	CSF3	P09919	207 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	APEH	P13798	732 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	PPIC	P45877	212 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	MAT1A	Q00266	395 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	CRYZ	Q08257	329 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	TCF15	Q12870	199 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ZMAT1	Q5H9K5	638 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	DMKN	Q6E0U4	476 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	VASH1	Q7L8A9	365 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	FAM160A2	Q8N612	972 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ZFP41	Q8N8Y5	198 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SMPDL3B	Q92485	455 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	RBCK1	Q9BYM8	510 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SLC22A4	Q9H015	551 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ERVMER34-1	Q9H9K5	563 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ZMIZ1	Q9ULJ6	1067 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SLC6A5	Q9Y345	797 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	PCDHGB7	Q9Y5F8	929 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	EML5	Q05BV3	1969 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	VCAN	P13611	3396 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SCN2A	Q99250	2005 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	IGHV5-51	A0A0C4DH38	117 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	FRG2C	A6NGY1	282 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	IMPA2	O14732	288 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	OR2T7	P0C7T2	308 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	TDGF1	P13385	188 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	MAOA	P21397	527 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	EVX1	P49640	407 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	PRPS1	P60891	318 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ACTA2	P62736	377 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ACTG2	P63267	376 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SLC35F1	Q5T1Q4	408 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	YOD1	Q5VVQ6	348 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	HBM	Q6B0K9	141 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	WBP2NL	Q6ICG8	309 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ZC3H14	Q6PJT7	736 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	OR2T27	Q8NH04	317 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	RLN3	Q8WXF3	142 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	C3orf49	Q96BT1	292 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	NMNAT2	Q9BZQ4	307 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	NRIP3	Q9NQ35	241 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	LRIT1	Q9P2V4	623 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	TMEM184B	Q9Y519	407 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ADAMTS20	P59510	1910 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970		A0A1W2PQ09	198 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SHISA3	A0PJX4	238 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	LRRTM2	O43300	516 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SLC37A1	P57057	533 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	DCAF7	P61962	342 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	HSF2	Q03933	536 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ZNF544	Q6NX49	715 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	PAMR1	Q6UXH9	720 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	MS4A15	Q8N5U1	240 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	OR51A7	Q8NH64	312 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	PTPMT1	Q8WUK0	201 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	TTYH2	Q9BSA4	534 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	HDHD5	Q9BXW7	423 aa		11.2	□□□□□ -0.62

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