RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000414879.5

PTPRF-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 2

Gene PTPRF, Length 4,836 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-205	ENST00000414879		A0A1W2PPW3	197 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PSMD9	O00233	223 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	IGHG1	P01857	330 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CAPZB	P47756	277 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CSNK1A1	P48729	337 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ACTB	P60709	375 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ACTG1	P63261	375 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC35A1	P78382	337 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TBCE	Q15813	527 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	RTL6	Q6ICC9	239 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MBOAT2	Q6ZWT7	520 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	DND1	Q8IYX4	353 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	FRS2	Q8WU20	508 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	LRFN5	Q96NI6	719 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	OR5B2	Q96R09	309 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ELF4	Q99607	663 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	UTP23	Q9BRU9	249 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CDH20	Q9HBT6	801 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TBCCD1	Q9NVR7	557 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	NOP16	Q9Y3C1	178 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CD3G	P09693	182 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	POU3F2	P20265	443 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	RAB3B	P20337	219 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC19A1	P41440	591 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ZXDB	P98169	803 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	DHRS4L2	Q6PKH6	230 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	LIX1L	Q8IVB5	337 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF454	Q8N9F8	522 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	OR9Q2	Q8NGE9	314 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	OR13C3	Q8NGS6	347 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ARL5B	Q96KC2	179 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF587	Q96SQ5	575 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	EXTL2	Q9UBQ6	330 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	KCNIP3	Q9Y2W7	256 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879		A0A087WV62	115 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PLPP1	O14494	284 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ALOX12B	O75342	701 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MT-ATP6	P00846	226 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	GIPR	P48546	466 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	LIM2	P55344	173 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MRPL2	Q5T653	305 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF691	Q5VV52	312 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PAPD4	Q6PIY7	484 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	SAMD12	Q8N8I0	201 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TMEM178A	Q8NBL3	297 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	FBXO27	Q8NI29	283 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF707	Q96C28	371 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MARCH7	Q9H992	704 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	IER3IP1	Q9Y5U9	82 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CSNK1G3	Q9Y6M4	447 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	LMO7DN	F2Z398	122 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	KIAA0513	O60268	411 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ART1	P52961	327 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MLLT10	P55197	1068 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ILK	Q13418	452 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	RAB11B	Q15907	218 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	LPAL2	Q16609	132 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MEPCE	Q7L2J0	689 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CDH24	Q86UP0	819 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF584	Q8IVC4	421 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	FGF14	Q92915	247 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	NARS2	Q96I59	477 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ALG8	Q9BVK2	526 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CDK1	P06493	297 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CEACAM5	P06731	702 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PET100	P0DJ07	73 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CCNO	P22674	350 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	OR1D4	P47884	311 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CHRNE	Q04844	493 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TRA2A	Q13595	282 aa	Known RBP eCLIP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PRAMEF17	Q5VTA0	474 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	HACD4	Q5VWC8	232 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF517	Q6ZMY9	492 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	INO80E	Q8NBZ0	244 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MORN4	Q8NDC4	146 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CHRD	Q9H2X0	955 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CXorf36	Q9H7Y0	433 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	NIPAL2	Q9H841	368 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ATP13A2	Q9NQ11	1180 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	GPR160	Q9UJ42	338 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TRAV36DV7	A0A075B6V5	113 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	SPTY2D1-AS1	A0A0U1RR47	76 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	C12orf71	A8MTZ7	269 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	GPR171	O14626	319 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ACP2	P11117	423 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CKMT1A	P12532	417 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TMEM69	Q5SWH9	247 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	DCDC5	Q6ZRR9	648 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TIGD4	Q8IY51	512 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	GDPD1	Q8N9F7	314 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	OR5L1	Q8NGL2	311 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PPP1R35	Q8TAP8	253 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	NT5C	Q8TCD5	201 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PRRX2	Q99811	253 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	GPR83	Q9NYM4	423 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CCDC59	Q9P031	241 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MALT1	Q9UDY8	824 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CD300A	Q9UGN4	299 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PLEKHM1	Q9Y4G2	1056 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879		L7N2F9	121 aa		11.16	□□□□□ -0.62

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