RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469511.1

PTPN4-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 476 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-209	ENST00000469511	CBLN4	Q9NTU7	201 aa		4.65	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	GPRC5B	Q9NZH0	403 aa		4.65	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	XPR1	Q9UBH6	696 aa		4.65	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	CTNNAL1	Q9UBT7	734 aa		4.65	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	PRSS50	Q9UI38	385 aa		4.65	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	PHF11	Q9UIL8	331 aa		4.65	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	CES1P1	Q9UKY3	287 aa		4.65	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	ZKSCAN5	Q9Y2L8	839 aa		4.65	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	OR6C70	A6NIJ9	312 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	ALG1L2	C9J202	215 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511		C9JVG2	144 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	TNFSF11	O14788	317 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	T	O15178	435 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	EFNA2	O43921	213 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	FADS1	O60427	444 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	CDH16	O75309	829 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	ERAL1	O75616	437 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	LYZL6	O75951	148 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	PLG	P00747	810 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	FGG	P02679	453 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	APEH	P13798	732 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	POR	P16435	677 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	DRD5	P21918	477 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	PIK3R1	P27986	724 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	TLX1	P31314	330 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	NR4A2	P43354	598 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	PPIC	P45877	212 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	HNMT	P50135	292 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	RAP1GDS1	P52306	607 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	FOXG1	P55316	489 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	DSCR9	P59020	149 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	GPX6	P59796	221 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	ACTG1	P63261	375 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	STK11	Q15831	433 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	CARTPT	Q16568	116 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	PDK4	Q16654	411 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	HIST2H2AC	Q16777	129 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	MST1L	Q2TV78	715 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	TMEM35A	Q53FP2	167 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	AWAT1	Q58HT5	328 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	AGAP6	Q5VW22	663 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	HIST2H2AA3	Q6FI13	130 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM45BP	Q6NSW5	357 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	MED27	Q6P2C8	311 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	APOOL	Q6UXV4	268 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	TFAP2E	Q6VUC0	442 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	RINL	Q6ZS11	566 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511		Q6ZSR9	355 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	PEG10	Q86TG7	708 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	MARCH3	Q86UD3	253 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	CCDC25	Q86WR0	208 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	TUSC5	Q8IXB3	177 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	MCU	Q8NE86	351 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	SRFBP1	Q8NEF9	429 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	STEAP2	Q8NFT2	490 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	OR4K17	Q8NGC6	315 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	OR4K14	Q8NGD5	310 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	OR52B6	Q8NGF0	335 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM45A	Q8TCE6	357 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	DUSP19	Q8WTR2	217 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	ABHD3	Q8WU67	409 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	KAT2A	Q92830	837 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	GCDH	Q92947	438 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	CMTM7	Q96FZ5	175 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	CERS2	Q96G23	380 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	GMPPA	Q96IJ6	420 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	ADAD1	Q96M93	576 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	SORCS2	Q96PQ0	1159 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	PELO	Q9BRX2	385 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	EFCAB11	Q9BUY7	163 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	C1QTNF6	Q9BXI9	259 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	BPESC1	Q9GZL8	116 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	STMN4	Q9H169	189 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	TMEM185B	Q9H7F4	350 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	METTL17	Q9H7H0	456 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	DDX31	Q9H8H2	851 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	ANKZF1	Q9H8Y5	726 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	ZBTB26	Q9HCK0	441 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	LYAR	Q9NX58	379 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	MS4A12	Q9NXJ0	267 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	RNF14	Q9UBS8	474 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	ING1	Q9UK53	422 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	VDAC3	Q9Y277	283 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	NUP214	P35658	2090 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	UQCRHL	A0A096LP55	91 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	SMAD9	O15198	467 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	ACOX3	O15254	700 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	PHGDH	O43175	533 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	TPM3	P06753	285 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	KLK1	P06870	262 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	CD1D	P15813	335 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	CREB1	P16220	341 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	PGAM1	P18669	254 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	HNF1A	P20823	631 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	IGHV1-2	P23083	117 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	IL32	P24001	234 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	PSMA4	P25789	261 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	CXCR5	P32302	372 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	SRP14	P37108	136 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
PTPN4-209	ENST00000469511	FABP6	P51161	128 aa		4.63	□□□□□ -1.67

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