RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	SDCCAG3	Q96C92	435 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	C16orf58	Q96GQ5	468 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM19	Q96HH6	336 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NSMCE2	Q96MF7	247 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	LMF2	Q9BU23	707 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PCDHAC1	Q9H158	963 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PIGU	Q9H490	435 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CALML5	Q9NZT1	146 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ACTR3B	Q9P1U1	418 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	LIPT1	Q9Y234	373 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NAV3	Q8IVL0	2385 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PRRC2A	P48634	2157 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ACAN	P16112	2415 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	FRG2C	A6NGY1	282 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CDK2AP1	O14519	115 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PRRG2	O14669	202 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NME6	O75414	186 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NKX2-2	O95096	273 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NCK1	P16333	377 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	IGFBP2	P18065	325 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	AQP1	P29972	269 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	TRHR	P34981	398 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	RFC3	P40938	356 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CYB561	P49447	251 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	MAN2A2	P49641	1150 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	HLCS	P50747	726 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CLCN2	P51788	898 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	DCAF7	P61962	342 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	VEZF1	Q14119	521 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	KPNB1	Q14974	876 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	FXN	Q16595	210 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	DCST2	Q5T1A1	773 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	REEP3	Q6NUK4	255 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CYP2R1	Q6VVX0	501 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	HSDL2	Q6YN16	418 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	SPATA24	Q86W54	205 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	C9orf40	Q8IXQ3	194 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ARMC10	Q8N2F6	343 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF321P	Q8N8H1	164 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC16A11	Q8NCK7	471 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM57A	Q8TBR7	257 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	STMN2	Q93045	179 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	RMND5B	Q96G75	393 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	RNF145	Q96MT1	663 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	BTBD9	Q96Q07	612 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	WWTR1	Q9GZV5	400 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NPDC1	Q9NQX5	325 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	GIN1	Q9NXP7	522 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PPIE	Q9UNP9	301 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	DTX4	Q9Y2E6	619 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	MPDZ	O75970	2070 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607		A0A1B0GTH9	108 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	C2orf92	A0A1B0GVN3	265 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607		A8MVJ9	347 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	IFNA14	P01570	189 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ATP6V1C1	P21283	382 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	GABRA3	P34903	492 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	KRT20	P35900	424 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	MEOX1	P50221	254 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PSPH	P78330	225 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	TFF3	Q07654	80 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	FUT5	Q11128	374 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ADRM1	Q16186	407 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CMPK2	Q5EBM0	449 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	RPS26P11	Q5JNZ5	115 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	EXOSC6	Q5RKV6	272 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PRAMEF8	Q5VWM4	474 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PRAMEF7	Q5VXH5	474 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	GLYAT	Q6IB77	296 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NPSR1	Q6W5P4	371 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PATL1	Q86TB9	770 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CD163	Q86VB7	1156 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	KRT73	Q86Y46	540 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	SULF2	Q8IWU5	870 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	RPRML	Q8N4K4	120 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	APCDD1L	Q8NCL9	501 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CA5BP1	Q8WTZ4	195 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	WDR60	Q8WVS4	1066 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	HOXB13	Q92826	284 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	TRNT1	Q96Q11	434 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF607	Q96SK3	696 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	BTBD2	Q9BX70	525 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	MRTO4	Q9UKD2	239 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	EXPH5	Q8NEV8	1989 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	AQP12B	A6NM10	295 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ACOT8	O14734	319 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	HS6ST1	O60243	411 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	H6PD	O95479	791 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	TPO	P07202	933 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CHRM4	P08173	479 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PSMA4	P25789	261 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	IL12B	P29460	328 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PTGS2	P35354	604 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	RFX3	P48380	749 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ERF	P50548	548 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PSMD4	P55036	377 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NRG3	P56975	720 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ACTR3	P61158	418 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PSG6	Q00889	435 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	MS4A2	Q01362	244 aa		11.11	□□□□□ -0.63

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