RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000577827.5

PTPRM-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type M, human

TSL 2

Gene PTPRM, Length 4,640 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRM-205	ENST00000577827	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		12	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	ZNF213	O14771	459 aa		12	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	GNG11	P61952	73 aa		12	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	BRF1	Q92994	677 aa		12	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	ERO1A	Q96HE7	468 aa		12	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		12	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	CCT2	P78371	535 aa	Known RBP	12	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	AIDA	Q96BJ3	306 aa		12	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		12	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	MAP3K2	Q9Y2U5	619 aa		12	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	TDO2	P48775	406 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	TMEM63C	Q9P1W3	806 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	SYNM	O15061	1565 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	UBASH3A	P57075	661 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	RUFY3	Q7L099	469 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	KLHL34	Q8N239	644 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	MYD88	Q99836	296 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	PYM1	Q9BRP8	204 aa	Known RBP	11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	USP16	Q9Y5T5	823 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	KDM6B	O15054	1643 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	SSH2	Q76I76	1423 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	IVL	P07476	585 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	PDE4C	Q08493	712 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	GOLGA6L7	A0A1B0GV03	622 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	YEATS4	O95619	227 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	NPAT	Q14207	1427 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	ABCC4	O15439	1325 aa		11.99	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	MSH6	P52701	1360 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	BIN1	O00499	593 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	TUBB	P07437	444 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	SPA17	Q15506	151 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	GAS2L3	Q86XJ1	694 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	DNAI1	Q9UI46	699 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	SYK	P43405	635 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	PPIP5K1	Q6PFW1	1433 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	AOPEP	Q8N6M6	819 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	ACE	P12821	1306 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	CREB3L3	Q68CJ9	461 aa		11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	11.98	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	IDH1	O75874	414 aa	Known RBP	11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	CCDC12	Q8WUD4	166 aa	Predicted RBP	11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	BABAM1	Q9NWV8	329 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	FAM193A	P78312	1265 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	ABCC1	P33527	1531 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	IARS	P41252	1262 aa	Known RBP	11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	LMAN1	P49257	510 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	SSRP1	Q08945	709 aa	Known RBP	11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	LUZP1	Q86V48	1076 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	EHBP1	Q8NDI1	1231 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	NCOA7	Q8NI08	942 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	PLXNC1	O60486	1568 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	RIOK3	O14730	519 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	ZFY	P08048	801 aa	Predicted RBP	11.96	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	SKIDA1	Q1XH10	827 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	MCMDC2	Q4G0Z9	681 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	CT47A1	Q5JQC4	288 aa	Predicted RBP	11.96	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	SLC12A7	Q9Y666	1083 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	MICALCL	Q6ZW33	695 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRM-205	ENST00000577827	CHL1	O00533	1208 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	SGSM2	O43147	1006 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	USO1	O60763	962 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	FBLN1	P23142	703 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	KLHL10	Q6JEL2	608 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	OTUD7A	Q8TE49	926 aa	Predicted RBP	11.96	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	11.96	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	CTAGE1	Q96RT6	745 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	RNF41	Q9H4P4	317 aa	Predicted RBP	11.96	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827		V9GYY5	206 aa	Predicted RBP	11.96	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	GOLGA8A	A7E2F4	631 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	PAFAH1B1	P43034	410 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	NAPB	Q9H115	298 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827		A0A087WZG4	1122 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	FKBP15	Q5T1M5	1219 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827		Q6ZUG5	572 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	TAF4B	Q92750	862 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	TRIM34	Q9BYJ4	488 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	BMP2K	Q9NSY1	1161 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	RTL1	A6NKG5	1358 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	POLR3D	P05423	398 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	METTL24	Q5JXM2	366 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	KSR2	Q6VAB6	950 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	CEP112	Q8N8E3	955 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	NUP88	Q99567	741 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	CLSTN2	Q9H4D0	955 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	KIAA0232	Q92628	1395 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	GRM8	O00222	908 aa		11.95	□□□□□ -0.5
PTPRM-205	ENST00000577827	GOLIM4	O00461	696 aa		11.95	□□□□□ -0.5

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 63.4 ms