RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555905.5

TMEM260-208, Transcript of transmembrane protein 260, human

TSL 5

Gene TMEM260, Length 766 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TMEM260-208	ENST00000555905	C9orf78	Q9NZ63	289 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	NARF	Q9UHQ1	456 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	GCKR	Q14397	625 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	SMIM5	Q71RC9	77 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	CCDC191	Q8NCU4	936 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	13.87	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	MEIS3	Q99687	375 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	CWC25	Q9NXE8	425 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	PPP4R2	Q9NY27	417 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	TUBGCP6	Q96RT7	1819 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	GRM8	O00222	908 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	13.86	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	USPL1	Q5W0Q7	1092 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	ISCA1	Q9BUE6	129 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	USP44	Q9H0E7	712 aa		13.86	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	USP42	Q9H9J4	1324 aa	Known RBP	13.86	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	GNAI2	P04899	355 aa		13.85	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	SRP68	Q9UHB9	627 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	GPT	P24298	496 aa		13.84	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	SLC15A2	Q16348	729 aa		13.84	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	PARP10	Q53GL7	1025 aa		13.84	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		13.84	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	NIP7	Q9Y221	180 aa	Known RBP eCLIP	13.84	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	UTY	O14607	1347 aa		13.84	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		13.84	□□□□□ -0.19
TMEM260-208	ENST00000555905	NBPF7	P0C2Y1	421 aa	Predicted RBP	13.83	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	NLRP10	Q86W26	655 aa		13.83	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	CCDC136	Q96JN2	1154 aa		13.83	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	13.83	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		13.82	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		13.82	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	13.82	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	SETDB2	Q96T68	719 aa		13.82	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		13.82	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		13.82	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		13.82	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905		H7C1W4	665 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	PCCA	P05165	728 aa	Predicted RBP	13.81	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	TBC1D9B	Q66K14	1250 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	ZBTB38	Q8NAP3	1195 aa	Predicted RBP	13.81	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	TRMT112	Q9UI30	125 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		13.81	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	GYS1	P13807	737 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	ILDR2	Q71H61	639 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	RPAP2	Q8IXW5	612 aa	Predicted RBP	13.8	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		13.8	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	FAM177B	A6PVY3	158 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	SUSD4	Q5VX71	490 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	JARID2	Q92833	1246 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	NYX	Q9GZU5	481 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	RWDD1	Q9H446	243 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		13.79	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	COL24A1	Q17RW2	1714 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	HMMR	O75330	724 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	CASP7	P55210	303 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	NFIX	Q14938	502 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	B4GALNT3	Q6L9W6	998 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	CEP85	Q6P2H3	762 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	NBPF5P	Q86XG9	351 aa	Predicted RBP	13.78	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	FAM89A	Q96GI7	184 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	SUCLG2	Q96I99	432 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	SH3TC1	Q8TE82	1336 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		13.78	□□□□□ -0.2
TMEM260-208	ENST00000555905	NPHP1	O15259	732 aa		13.77	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	NTSR2	O95665	410 aa		13.77	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	HDAC1	Q13547	482 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		13.77	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	IRS4	O14654	1257 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	ATP8B2	P98198	1209 aa		13.76	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	MYH3	P11055	1940 aa		13.76	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	LAMB2	P55268	1798 aa		13.76	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		13.75	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	SRGAP3	O43295	1099 aa		13.75	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	SPDYE6	P0CI01	402 aa		13.75	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	TM4SF1	P30408	202 aa		13.75	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		13.75	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	KAZALD1	Q96I82	304 aa		13.75	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		13.75	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	PDE8A	O60658	829 aa		13.74	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	IGHD	P01880	384 aa		13.74	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	FOXO4	P98177	505 aa		13.74	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	MTX1	Q13505	466 aa		13.74	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	CENPQ	Q7L2Z9	268 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		13.74	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	SIRT2	Q8IXJ6	389 aa		13.74	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	SYNE4	Q8N205	404 aa		13.74	□□□□□ -0.21
TMEM260-208	ENST00000555905	CNBD1	Q8NA66	436 aa		13.74	□□□□□ -0.21

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 11.4 ms