RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	PRODH2	Q9UF12	536 aa		8.03	□□□□□ -1.12
USP4-213	ENST00000488520	ERVK-19	Q9WJR5	959 aa		8.03	□□□□□ -1.12
USP4-213	ENST00000488520	EXPH5	Q8NEV8	1989 aa		8.02	□□□□□ -1.12
USP4-213	ENST00000488520	TRBV11-1	A0A0K0K1C0	115 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	C2orf92	A0A1B0GVN3	265 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	OR6C76	A6NM76	312 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	RNASET2	O00584	256 aa	Known RBP	8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	FCHO1	O14526	889 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	RFXANK	O14593	260 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	EMC8	O43402	210 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	COQ9	O75208	318 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	SOX30	O94993	753 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	ABCB1	P08183	1280 aa	Predicted RBP	8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	GPX3	P22352	226 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	CHRNB4	P30926	498 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	CHI3L1	P36222	383 aa	Predicted RBP	8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	CCT3	P49368	545 aa	Known RBP	8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	DGKQ	P52824	942 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	NRG3	P56975	720 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	GPR85	P60893	370 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	TFF3	Q07654	80 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	PMPCA	Q10713	525 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	SNTB1	Q13884	538 aa	Known RBP	8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	PDE7A	Q13946	482 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	CYLC2	Q14093	348 aa	Predicted RBP	8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	MLC1	Q15049	377 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	CEBPE	Q15744	281 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	SPANXN4	Q5MJ08	99 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	TMEM211	Q6ICI0	200 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	PIGW	Q7Z7B1	504 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	MTDH	Q86UE4	582 aa	Known RBP	8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	TGIF2LY	Q8IUE0	185 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	NUP43	Q8NFH3	380 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	OR52N2	Q8NGI0	321 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	SLC2A12	Q8TD20	617 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	ELP5	Q8TE02	316 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	C10orf82	Q8WW14	230 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	ASB5	Q8WWX0	329 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	KAT2A	Q92830	837 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	NCLN	Q969V3	563 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	TMEM125	Q96AQ2	219 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	CIDEC	Q96AQ7	238 aa	Predicted RBP	8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	MOAP1	Q96BY2	351 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	SPDL1	Q96EA4	605 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	FBXL20	Q96IG2	436 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	ZNF681	Q96N22	645 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	LRRC37B	Q96QE4	947 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	PANX1	Q96RD7	426 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	DEFB127	Q9H1M4	99 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	OR10A5	Q9H207	317 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	FAM120C	Q9NX05	1096 aa	Known RBP	8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	FAF1	Q9UNN5	650 aa	Predicted RBP	8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	NDUFAF1	Q9Y375	327 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	PCDHGB3	Q9Y5G1	929 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	ABCA2	Q9BZC7	2435 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	MED12L	Q86YW9	2145 aa		8.02	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520		A0A087WV62	115 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	LOC100653049	A0A140TA62	436 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	CAPN14	A8MX76	684 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	KLRC4-KLRK1	H3BQV0	150 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	PLOD2	O00469	737 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	NR5A2	O00482	541 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	SLC22A2	O15244	555 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	PEX1	O43933	1283 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	SHOX2	O60902	331 aa	Predicted RBP	8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	FBXO24	O75426	580 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	KRT34	O76011	436 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	KCNH1	O95259	989 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	KRT75	O95678	551 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	C6orf47	O95873	294 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	KRT16	P08779	473 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	HOXD4	P09016	255 aa	Predicted RBP	8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	EFNA1	P20827	205 aa	Predicted RBP	8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	UQCRC2	P22695	453 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	SOAT1	P35610	550 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	KRT20	P35900	424 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	TRPC1	P48995	793 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	MRPL19	P49406	292 aa	Known RBP	8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	PRIM2	P49643	509 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	ANXA11	P50995	505 aa	Known RBP	8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	NUP107	P57740	925 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	MLF1	P58340	268 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	DCAF7	P61962	342 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	FOXD4	Q12950	439 aa	Predicted RBP	8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	PRICKLE4	Q2TBC4	344 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	VPS26B	Q4G0F5	336 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	TRMT12	Q53H54	448 aa	Known RBP	8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	CMPK2	Q5EBM0	449 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	C6orf10	Q5SRN2	563 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	CGB2	Q6NT52	195 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	FAM111B	Q6SJ93	734 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	TMEM107	Q6UX40	140 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	ANGPTL8	Q6UXH0	198 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	MSANTD1	Q6ZTZ1	278 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	ZNF551	Q7Z340	670 aa	Predicted RBP	8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	CAMKMT	Q7Z624	323 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	TAGAP	Q8N103	731 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	PCYOX1L	Q8NBM8	494 aa		8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	CHDH	Q8NE62	594 aa	Predicted RBP	8.01	□□□□□ -1.13
USP4-213	ENST00000488520	OR52R1	Q8NGF1	315 aa		8.01	□□□□□ -1.13

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