RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000474929.1

USP54-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 4

Gene USP54, Length 590 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-211ENST00000474929 C2orf68Q2NKX9 166 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 GLYR1Q49A26 553 aaPredicted RBP7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 SH2D4BQ5SQS7 431 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 TMIGD1Q6UXZ0 262 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 DOK3Q7L591 496 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 PRR22Q8IZ63 422 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 OR7G1Q8NGA0 311 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 OR4F5Q8NH21 305 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 FBXO30Q8TB52 745 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 WDR60Q8WVS4 1066 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 OMA1Q96E52 524 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 REXO5Q96IC2 774 aaKnown RBP7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 OR4K3Q96R72 315 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 NODALQ96S42 347 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 TBCDQ9BTW9 1192 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 SPNS1Q9H2V7 528 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 TSPY26PQ9H489 355 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 NT5DC2Q9H857 520 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 ZBTB26Q9HCK0 441 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 ASIC3Q9UHC3 531 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 PHF11Q9UIL8 331 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 MOKQ9UQ07 419 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 DHRS7Q9Y394 339 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 ATP23Q9Y6H3 246 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 ARFGEF3Q5TH69 2177 aa7.07□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 LOC105371242A0A075B767 164 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 OR6C70A6NIJ9 312 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 E7EVH7 732 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 EIF1AYO14602 144 aaKnown RBP7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 PRSS23O95084 383 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 SCELO95171 688 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 METTL18O95568 372 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 ADAP00813 363 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 ENO2P09104 434 aaPredicted RBP7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 DAOP14920 347 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 GNAZP19086 355 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 HK1P19367 917 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 PGCP20142 388 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 MDKP21741 143 aaPredicted RBP7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 CNTFP26441 200 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 KRT20P35900 424 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 CETN2P41208 172 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 IDH3GP51553 393 aaPredicted RBP7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 SUCLG1P53597 346 aaKnown RBP7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 MYL5Q02045 173 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 TSC22D1Q15714 1073 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 FAM189A2Q15884 450 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 STX1AQ16623 288 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 CPEB4Q17RY0 729 aaKnown RBP eCLIP7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 SWI5Q1ZZU3 235 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 ARMC3Q5W041 872 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 ADNP2Q6IQ32 1131 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 B3GLCTQ6Y288 498 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 CYHR1Q6ZMK1 362 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 RBM43Q6ZSC3 357 aaKnown RBP7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 PIWIL4Q7Z3Z4 852 aaKnown RBP7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 CCDC116Q8IYX3 515 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 ZNF786Q8N393 782 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 RNF10Q8N5U6 811 aaKnown RBP7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 OR8K1Q8NGG5 319 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 OR2W6PQ8NHA6 318 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 GIMAP7Q8NHV1 300 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 ADIPOR1Q96A54 375 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 PPWD1Q96BP3 646 aaKnown RBP7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 FBXL8Q96CD0 374 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 IQCDQ96DY2 449 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 FBXO17Q96EF6 278 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 TSNARE1Q96NA8 513 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 AICDAQ9GZX7 198 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 C10orf88Q9H8K7 445 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 WDR41Q9HAD4 459 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 PLAC1Q9HBJ0 212 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 HHATLQ9HCP6 504 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 SDHAF3Q9NRP4 125 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 TREX1Q9NSU2 369 aa7.06□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 PCLOQ9Y6V0 5065 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 OR2M5A3KFT3 312 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 C5orf63A6NC05 138 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 B9A039 149 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 PJA2O43164 708 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 SLC35E2BP0CK96 405 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 SLC35E2P0CK97 266 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 ZNF17P17021 662 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 GPX3P22352 226 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 FDFT1P37268 417 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 CLDN20P56880 219 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 TNFRSF17Q02223 184 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 RIN1Q13671 783 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 SLMAPQ14BN4 828 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 TAF9Q16594 264 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 TMEM35AQ53FP2 167 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 MBOAT1Q6ZNC8 495 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 R3HCC1LQ7Z5L2 792 aaKnown RBP7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 WDR75Q8IWA0 830 aaKnown RBP7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 CPNE9Q8IYJ1 553 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 SLC35G2Q8TBE7 412 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 CD200R1Q8TD46 325 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 TMIGD2Q96BF3 282 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 COL21A1Q96P44 957 aa7.05□□□□□ -1.28
USP54-211ENST00000474929 MAPKAP1Q9BPZ7 522 aa7.05□□□□□ -1.28
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 28.3 ms