RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557657.5

TMEM260-216, Transcript of transmembrane protein 260, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene TMEM260, Length 2,572 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMEM260-216ENST00000557657 DDX54Q8TDD1 881 aaKnown RBP25.72■■□□□ 1.71
TMEM260-216ENST00000557657 DDX21Q9NR30 783 aaKnown RBP eCLIP25.72■■□□□ 1.71
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TMEM260-216ENST00000557657 TAF6LQ9Y6J9 622 aa25.57■■□□□ 1.68
TMEM260-216ENST00000557657 ADAMTS7Q9UKP4 1686 aa25.57■■□□□ 1.68
TMEM260-216ENST00000557657 RPAP1Q9BWH6 1393 aaPredicted RBP25.56■■□□□ 1.68
TMEM260-216ENST00000557657 UBE3BQ7Z3V4 1068 aa25.56■■□□□ 1.68
TMEM260-216ENST00000557657 A0A0D9SFI3 127 aa25.56■■□□□ 1.68
TMEM260-216ENST00000557657 EVI5LQ96CN4 794 aa25.56■■□□□ 1.68
TMEM260-216ENST00000557657 CCDC9Q9Y3X0 531 aaKnown RBP25.56■■□□□ 1.68
TMEM260-216ENST00000557657 KIF1AQ12756 1690 aa25.56■■□□□ 1.68
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