RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550208.1

BRF1-216, Transcript of BRF1, RNA polymerase III transcription initiation factor subunit, human

TSL 3

Gene BRF1, Length 1,040 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
BRF1-216	ENST00000550208	HLF	Q16534	295 aa		29.08	■■■□□ 2.25
BRF1-216	ENST00000550208	KLHL34	Q8N239	644 aa		29.08	■■■□□ 2.25
BRF1-216	ENST00000550208	XAGE3	Q8WTP9	111 aa		29.08	■■■□□ 2.25
BRF1-216	ENST00000550208	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	29.07	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	VAMP4	O75379	141 aa		29.07	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	AIMP1	Q12904	312 aa	Known RBP	29.07	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		29.07	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		29.07	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	MAP3K15	Q6ZN16	1313 aa		29.06	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	POLRMT	O00411	1230 aa	Known RBP	29.06	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		29.06	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	KIF6	Q6ZMV9	814 aa		29.06	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	ERVV-1	B6SEH8	477 aa		29.05	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	SYT17	Q9BSW7	474 aa		29.05	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		29.05	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		29.05	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	HYPK	Q9NX55	129 aa		29.05	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	TRMT2A	Q8IZ69	625 aa	Known RBP	29.03	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		29.03	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	SERPINB2	P05120	415 aa		29.02	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	PHAX	Q9H814	394 aa	Known RBP	29.02	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	SCN7A	Q01118	1682 aa		29.02	■■■□□ 2.24
BRF1-216	ENST00000550208	RGL2	O15211	777 aa		29.01	■■■□□ 2.23
BRF1-216	ENST00000550208	SETDB2	Q96T68	719 aa		29.01	■■■□□ 2.23
BRF1-216	ENST00000550208	BCOR	Q6W2J9	1755 aa		29.01	■■■□□ 2.23
BRF1-216	ENST00000550208	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		29	■■■□□ 2.23
BRF1-216	ENST00000550208	GIGYF2	Q6Y7W6	1299 aa	Known RBP	28.98	■■■□□ 2.23
BRF1-216	ENST00000550208	STK31	Q9BXU1	1019 aa		28.98	■■■□□ 2.23
BRF1-216	ENST00000550208	NIP7	Q9Y221	180 aa	Known RBP eCLIP	28.98	■■■□□ 2.23
BRF1-216	ENST00000550208	SLC4A2	P04920	1241 aa		28.97	■■■□□ 2.23
BRF1-216	ENST00000550208	ANKRD13D	Q6ZTN6	518 aa		28.97	■■■□□ 2.23
BRF1-216	ENST00000550208	NLGN2	Q8NFZ4	835 aa		28.97	■■■□□ 2.23
BRF1-216	ENST00000550208	NUP98	P52948	1817 aa		28.95	■■■□□ 2.23
BRF1-216	ENST00000550208	G2E3	Q7L622	706 aa		28.95	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	PLBD2	Q8NHP8	589 aa		28.95	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		28.94	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		28.93	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	FAM177B	A6PVY3	158 aa		28.93	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	GPT	P24298	496 aa		28.93	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		28.93	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	AFDN	P55196	1824 aa	Known RBP	28.92	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	TCIRG1	Q13488	830 aa		28.91	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	PRR5L	Q6MZQ0	368 aa		28.91	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	C10orf71	Q711Q0	1435 aa		28.91	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	RIC3	Q7Z5B4	369 aa		28.9	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	NBPF5P	Q86XG9	351 aa	Predicted RBP	28.9	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		28.9	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	ATP10D	Q9P241	1426 aa		28.89	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	HSP90AB3P	Q58FF7	597 aa		28.89	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	SUSD4	Q5VX71	490 aa		28.89	■■■□□ 2.22
BRF1-216	ENST00000550208	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		28.89	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		28.88	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	CNBD1	Q8NA66	436 aa		28.88	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	NRXN2	Q9P2S2	1712 aa		28.88	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208		A0A0G2JLW4	131 aa		28.87	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	NPHP1	O15259	732 aa		28.87	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	TGFB2	P61812	414 aa		28.87	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	DDX58	O95786	925 aa	Known RBP	28.86	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	DPEP1	P16444	411 aa		28.86	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	FLII	Q13045	1269 aa		28.86	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		28.85	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		28.85	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	KSR2	Q6VAB6	950 aa		28.85	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	PI4KAP2	A4QPH2	592 aa		28.84	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	PARP10	Q53GL7	1025 aa		28.84	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	PI4KAP1	Q8N8J0	262 aa		28.84	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	ISCA1	Q9BUE6	129 aa		28.84	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	MAP3K2	Q9Y2U5	619 aa		28.84	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	28.83	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	CHRNA5	P30532	468 aa		28.83	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	ST5	P78524	1137 aa		28.83	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	NLRP10	Q86W26	655 aa		28.83	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		28.83	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	MRPL50	Q8N5N7	158 aa	Known RBP	28.83	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		28.83	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	ZNF428	Q96B54	188 aa		28.83	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	BRIP1	Q9BX63	1249 aa		28.83	■■■□□ 2.21
BRF1-216	ENST00000550208	KCNA3	P22001	575 aa		28.82	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		28.82	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	MYD88	Q99836	296 aa		28.82	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	METTL22	Q9BUU2	404 aa	Predicted RBP	28.82	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	NYX	Q9GZU5	481 aa		28.82	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	CACNA1F	O60840	1977 aa		28.82	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	PXDNL	A1KZ92	1463 aa		28.81	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	NTSR2	O95665	410 aa		28.81	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	28.81	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	ERFE	Q4G0M1	354 aa		28.81	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	28.81	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		28.81	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	ADCY9	O60503	1353 aa		28.8	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	28.8	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	28.79	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	C2CD5	Q86YS7	1000 aa		28.79	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	28.79	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	28.79	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	ARFGEF2	Q9Y6D5	1785 aa		28.78	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	PDE6B	P35913	854 aa		28.78	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	ALDH1L2	Q3SY69	923 aa		28.78	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	BCL2L13	Q9BXK5	485 aa		28.78	■■■□□ 2.2
BRF1-216	ENST00000550208	ANKRD36C	Q5JPF3	1778 aa		28.78	■■■□□ 2.2

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