RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469511.1

PTPN4-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 476 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-209	ENST00000469511	AVPR1B	P47901	424 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	DNASE1L1	P49184	302 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	AGTR2	P50052	363 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF136	P52737	540 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	GFRA1	P56159	465 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PCBP3	P57721	371 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SUMO1	P63165	101 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	MYL5	Q02045	173 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PLGLB1	Q02325	96 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	MAP4K2	Q12851	820 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PTK6	Q13882	451 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM53B	Q14153	422 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	GARNL3	Q5VVW2	1013 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	KCTD11	Q693B1	232 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PLXDC2	Q6UX71	529 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	RNF111	Q6ZNA4	994 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	KIAA0408	Q6ZU52	694 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CTAGE6	Q86UF2	777 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CYP4Z2P	Q8N1L4	340 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	APCDD1L	Q8NCL9	501 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PSD4	Q8NDX1	1056 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	OR13J1	Q8NGT2	312 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	STYX	Q8WUJ0	223 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ASZ1	Q8WWH4	475 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ASB11	Q8WXH4	323 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	RNASE6	Q93091	150 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	HRASLS5	Q96KN8	279 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PRAP1	Q96NZ9	151 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	VAT1	Q99536	393 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PKP4	Q99569	1192 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	WDR83	Q9BRX9	315 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	BDH2	Q9BUT1	245 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CARD6	Q9BX69	1037 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	NECTIN3	Q9NQS3	549 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TUBA8	Q9NY65	449 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	C19orf25	Q9UFG5	118 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	NAALAD2	Q9Y3Q0	740 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	NPFFR2	Q9Y5X5	522 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PCNX3	Q9H6A9	2034 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TRBV11-1	A0A0K0K1C0	115 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511		A0A1B0GVC2	190 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	MROH6	A6NGR9	719 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	MAGEB17	A8MXT2	336 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511		H0YIG0	161 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511		H7C0C1	242 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PHF1	O43189	567 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PRODH	O43272	600 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CHST10	O43529	356 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	KDM1A	O60341	852 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	DLX3	O60479	287 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SMPD2	O60906	423 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CNOT4	O95628	575 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	IGHG3	P01860	377 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SERPING1	P05155	500 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	H2AFZ	P0C0S5	128 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	COMT	P21964	271 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CEACAM8	P31997	349 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	GRIA1	P42261	906 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ATP5O	P48047	213 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	NR2C2	P49116	596 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ASCL1	P50553	236 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	GPR143	P51810	404 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TAS2R50	P59544	299 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PRDX1	Q06830	199 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	FOXO1	Q12778	655 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	KCTD19	Q17RG1	926 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	FBXL19-AS1	Q494R0	122 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM209A	Q5JX71	171 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC35F1	Q5T1Q4	408 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	RIPPLY2	Q5TAB7	128 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ICE2	Q659A1	982 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	AADACL2	Q6P093	401 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	IL20RB	Q6UXL0	311 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	H2AFV	Q71UI9	128 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ADCK2	Q7Z695	626 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC26A11	Q86WA9	606 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	VSIG1	Q86XK7	387 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC13A5	Q86YT5	568 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	KLHDC8B	Q8IXV7	354 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	LRRC56	Q8IYG6	542 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TMEM156	Q8N614	296 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF321P	Q8N8H1	164 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ACTL9	Q8TC94	416 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF480	Q8WV37	535 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SKA2	Q8WVK7	121 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	P3H4	Q92791	437 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TM4SF19	Q96DZ7	209 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	C1orf159	Q96HA4	380 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PTCHD1	Q96NR3	888 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	MCMBP	Q9BTE3	642 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	DEFB126	Q9BYW3	111 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC6A15	Q9H2J7	730 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	C6orf203	Q9P0P8	240 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	UVRAG	Q9P2Y5	699 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ADGRE2	Q9UHX3	823 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	DUSP13	Q9UII6	198 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	FBXW2	Q9UKT8	454 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TRHDE	Q9UKU6	1024 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ACAD8	Q9UKU7	415 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	RNF112	Q9ULX5	631 aa		4.87	□□□□□ -1.63

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