RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 ZNF483Q8TF39 744 aaPredicted RBP14.85□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 CSF3RQ99062 836 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 TBCDQ9BTW9 1192 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 SORBS1Q9BX66 1292 aaKnown RBP14.85□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 SEMA4BQ9NPR2 832 aaPredicted RBP14.85□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 PRDM9Q9NQV7 894 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 PTGFRNQ9P2B2 879 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 EMCNQ9ULC0 261 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 PLAAQ9Y263 795 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 NBASA2RRP1 2371 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 TCRBV16S1A1N1A0A5B0 115 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 TGFBR3LH3BV60 316 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 CYR61O00622 381 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 SCELO95171 688 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ETHE1O95571 254 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 GSTA1P08263 222 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ICAM2P13598 275 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 TSPAN8P19075 237 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 NEK2P51955 445 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 OR4D2P58180 307 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 TGM3Q08188 693 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ZRSR2Q15696 482 aaKnown RBP14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 BTBD16Q32M84 506 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 B3GNTL1Q67FW5 361 aaPredicted RBP14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 SCUBE1Q8IWY4 988 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 CNPY4Q8N129 248 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ZADH2Q8N4Q0 377 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ACOT4Q8N9L9 421 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 FAM47BQ8NA70 645 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 OR4F6Q8NGB9 312 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ATP6V1E2Q96A05 226 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 LMF1Q96S06 567 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 MAPKAP1Q9BPZ7 522 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 COPS7BQ9H9Q2 264 aaPredicted RBP14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 PPCSQ9HAB8 311 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ZNF225Q9UK10 706 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 B3GNT3Q9Y2A9 372 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 PLPP1O14494 284 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 HIST1H1TP22492 207 aaPredicted RBP14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 HERVK_113P63132 956 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ACTN3Q08043 901 aaPredicted RBP14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 MFAP5Q13361 173 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 UNC50Q53HI1 259 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 CRB2Q5IJ48 1285 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ZNF678Q5SXM1 525 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 LRIG3Q6UXM1 1119 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 PPP4R1Q8TF05 950 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 TM9SF4Q92544 642 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ZBTB9Q96C00 473 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 TMEM237Q96Q45 408 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 LPAR4Q99677 370 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ERVK-6Q9BXR3 956 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 ZNF717Q9BY31 904 aaPredicted RBP14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 DCDC2Q9UHG0 476 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 MMACHCQ9Y4U1 282 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-201ENST00000333496 TTLL8A6PVC2 850 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 SHOX2O60902 331 aaPredicted RBP14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 CDH16O75309 829 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 WISP1O95388 367 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 NUDT17P0C025 328 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 KRT15P19012 456 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 TAC1P20366 129 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 ATP5F1P24539 256 aaPredicted RBP14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 ARL1P40616 181 aaPredicted RBP14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 SLC26A5P58743 744 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 FOXK1P85037 733 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 CLCQ05315 142 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 AP5B1Q2VPB7 878 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 GGTA1PQ4G0N0 100 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 PRR30Q53SZ7 412 aaPredicted RBP14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 OR4C11Q6IEV9 310 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 H3F3CQ6NXT2 135 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 LETMD1Q6P1Q0 360 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 MILR1Q7Z6M3 343 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 CUZD1Q86UP6 607 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 M1APQ8TC57 530 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 MIB2Q96AX9 1013 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 REPS1Q96D71 796 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 MTFMTQ96DP5 389 aaKnown RBP14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 ROGDIQ9GZN7 287 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 EPS8L2Q9H6S3 715 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 LYRM4Q9HD34 91 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 PRM3Q9NNZ6 103 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 SLAMF7Q9NQ25 335 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 PRTFDC1Q9NRG1 225 aa14.83□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 FOXE1O00358 373 aaPredicted RBP14.82□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 GLRA3O75311 464 aa14.82□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 SUPT7LO94864 414 aa14.82□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 PTX3P26022 381 aaPredicted RBP14.82□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 SSR2P43308 183 aa14.82□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 HSD17B7P56937 341 aa14.82□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 EXT1Q16394 746 aa14.82□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 FRG2Q64ET8 278 aa14.82□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 ZNF595Q8IYB9 648 aa14.82□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 CATSPER1Q8NEC5 780 aa14.82□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 NFAM1Q8NET5 270 aaPredicted RBP14.82□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 CPT1CQ8TCG5 803 aa14.82□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 ADAMTS18Q8TE60 1221 aa14.82□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 TRPC4APQ8TEL6 797 aa14.82□□□□□ -0.04
CLN3-201ENST00000333496 RGMAQ96B86 450 aa14.82□□□□□ -0.04
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 29.7 ms