RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000414879.5

PTPRF-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 2

Gene PTPRF, Length 4,836 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-205	ENST00000414879	SESN1	Q9Y6P5	492 aa		11.5	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	SH3PXD2B	A1X283	911 aa		11.5	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879		A8MUI8	341 aa		11.5	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	TLR4	O00206	839 aa		11.5	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	RPLP0	P05388	317 aa	Known RBP	11.5	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	KCTD11	Q693B1	232 aa		11.5	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	AHSA2	Q719I0	299 aa		11.5	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM156A	Q8NDB6	213 aa		11.5	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	TMEM125	Q96AQ2	219 aa		11.5	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	SERINC2	Q96SA4	455 aa		11.5	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	EHD1	Q9H4M9	534 aa		11.5	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	RARRES3	Q9UL19	164 aa		11.5	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	N6AMT1	Q9Y5N5	214 aa		11.5	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	LOC101059915	A0A1B0GWI6	518 aa	Predicted RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879		G3V2L1	256 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	SCAMP2	O15127	329 aa	Known RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	HCN1	O60741	890 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	ARSA	P15289	507 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	POR	P16435	677 aa	Predicted RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	GJA4	P35212	333 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	TAS2R43	P59537	309 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	ROR2	Q01974	943 aa	Known RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	MEF2A	Q02078	507 aa	Predicted RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	HHEX	Q03014	270 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	RASGEF1B	Q0VAM2	473 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	FIGLA	Q6QHK4	219 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	PARS2	Q7L3T8	475 aa	Known RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	DDX51	Q8N8A6	666 aa	Known RBP eCLIP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	ENDOV	Q8N8Q3	282 aa	Known RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	ZDHHC1	Q8WTX9	485 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	STON2	Q8WXE9	905 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	TRIM63	Q969Q1	353 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	CPNE2	Q96FN4	548 aa	Predicted RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	DOHH	Q9BU89	302 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	TVP23B	Q9NYZ1	205 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	IL37	Q9NZH6	218 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	PRKAB1	Q9Y478	270 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	ST14	Q9Y5Y6	855 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	MROH6	A6NGR9	719 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF99	A8MXY4	864 aa	Predicted RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	FAAH	O00519	579 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	TYRP1	P17643	537 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	CXCL12	P48061	93 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	AFF1	P51825	1210 aa	Known RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	VSX2	P58304	361 aa	Predicted RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	SLAMF1	Q13291	335 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	MPP2	Q14168	576 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	QPRT	Q15274	297 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	ATP6AP1	Q15904	470 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	ADNP2	Q6IQ32	1131 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	USP30	Q70CQ3	517 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	HUS1B	Q8NHY5	278 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	MMAB	Q96EY8	250 aa	Predicted RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	ZFYVE21	Q9BQ24	234 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	SRPK3	Q9UPE1	567 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	CCDC182	A6NF36	153 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	ADAM12	O43184	909 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	SMAD6	O43541	496 aa	Known RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	B4GALT2	O60909	372 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	CLEC3A	O75596	197 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	CYB5A	P00167	134 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	PRL	P01236	227 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	IL3	P08700	152 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	MTHFD1	P11586	935 aa	Known RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	ETV4	P43268	484 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	TP53INP2	Q8IXH6	220 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	GPR26	Q8NDV2	337 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	NAT6	Q93015	286 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	HLA-C	Q95604	372 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	ALPK1	Q96QP1	1244 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	PKP4	Q99569	1192 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	CFHR5	Q9BXR6	569 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	BTNL2	Q9UIR0	455 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	LRRC42	Q9Y546	428 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	DNAJC15	Q9Y5T4	150 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	DAPL1	A0PJW8	107 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	AREL1	O15033	823 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	AIRE	O43918	545 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	DNASE1L1	P49184	302 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	DIO3	P55073	304 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	RAPSN	Q13702	412 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	LASP1	Q14847	261 aa	Known RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM78A	Q5JUQ0	283 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	COLEC12	Q5KU26	742 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	MLIP	Q5VWP3	458 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	NADSYN1	Q6IA69	706 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	GALNT12	Q8IXK2	581 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	PRSS58	Q8IYP2	241 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	CXorf21	Q9HAI6	301 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	CCM2L	Q9NUG4	571 aa	Predicted RBP	11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	CA14	Q9ULX7	337 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	PLAGL1	Q9UM63	463 aa		11.49	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM170B	A6NMN3	283 aa		11.48	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	BTN3A3	O00478	584 aa		11.48	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	AXIN1	O15169	862 aa		11.48	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC22A1	O15245	554 aa		11.48	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	CBFA2T3	O75081	653 aa		11.48	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	SLITRK5	O94991	958 aa		11.48	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	PROS1	P07225	676 aa		11.48	□□□□□ -0.57
PTPRF-205	ENST00000414879	ATXN1L	P0C7T5	689 aa	Known RBP	11.48	□□□□□ -0.57

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