RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	BLOC1S5-TXNDC5	H3BN57	136 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	RPP14	O95059	124 aa	Known RBP	12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	LATS1	O95835	1130 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	ASGR2	P07307	311 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	CTSA	P10619	480 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	HRH2	P25021	359 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	EDNRA	P25101	427 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	ACRV1	P26436	265 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	FMO3	P31513	532 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	GPX6	P59796	221 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	PIAS4	Q8N2W9	510 aa	Predicted RBP	12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	MVB12B	Q9H7P6	319 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	TAS2R9	Q9NYW1	312 aa		12.69	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	SYP	P08247	313 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	AZGP1	P25311	298 aa	Known RBP	12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	MSS51	Q4VC12	460 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF542P	Q5EBM4	170 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	GLIS1	Q8NBF1	620 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXJ1	Q92949	421 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	CMKLR1	Q99788	373 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	TPSD1	Q9BZJ3	242 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	POFUT2	Q9Y2G5	429 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	TOR1B	O14657	336 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	CCNO	P22674	350 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	SMS	P52788	366 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	CAPZA1	P52907	286 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	C14orf105	Q9NVL8	296 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	TNFRSF10D	Q9UBN6	386 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	NPC1	O15118	1278 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF432	O94892	652 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	PFKL	P17858	780 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	WDR4	P57081	412 aa	Known RBP	12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	OR12D2	P58182	307 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	POU6F2	P78424	691 aa	Predicted RBP	12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	ARFRP1	Q13795	201 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKRD26P1	Q6NSI1	321 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	TOR1AIP2	Q8NFQ8	470 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	IMP4	Q96G21	291 aa	Known RBP	12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	FRMD6	Q96NE9	622 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNA7	Q96RP8	456 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	DEFB126	Q9BYW3	111 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	GRHPR	Q9UBQ7	328 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	PADI2	Q9Y2J8	665 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	MAU2	Q9Y6X3	613 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF217	O75362	1048 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	PGAM2	P15259	253 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB33A	Q14088	237 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	DAG1	Q14118	895 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	ABCA11P	Q4W5N1	156 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	ARMC10	Q8N2F6	343 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	DDX1	Q92499	740 aa	Known RBP	12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	TOP1MT	Q969P6	601 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	IL4I1	Q96RQ9	567 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	TOR3A	Q9H497	397 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	PRSS51	A0A1B0GVH4	220 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF670-ZNF695	F2Z2N8	137 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	EI24	O14681	340 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	C5AR1	P21730	350 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	RBMS1	P29558	406 aa	Known RBP	12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	CD97	P48960	835 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	GARNL3	Q5VVW2	1013 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF130	Q86XS8	419 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	PHC2	Q8IXK0	858 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	TSACC	Q96A04	125 aa	Predicted RBP	12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	CD180	Q99467	661 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	FZD3	Q9NPG1	666 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	NUP50	Q9UKX7	468 aa		12.68	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	OR6C70	A6NIJ9	312 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	EIF1AY	O14602	144 aa	Known RBP	12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	GSTT2B	P0CG30	244 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	MPC1L	P0DKB6	136 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	PDHA2	P29803	388 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	EMX2	Q04743	252 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	SPANXN4	Q5MJ08	99 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2T5	Q6IEZ7	315 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	NOXRED1	Q6NXP6	359 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	PAMR1	Q6UXH9	720 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	SPAG16	Q8N0X2	631 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2T29	Q8NH02	315 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM3C	Q92520	227 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	MOAP1	Q96BY2	351 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC46	Q96FV0	321 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	ZFP3	Q96NJ6	502 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	SLCO3A1	Q9UIG8	710 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D24	Q9ULP9	559 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC16A5	O15375	505 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	SCGN	O76038	276 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	CSTB	P04080	98 aa	Known RBP	12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	CASP6	P55212	293 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	FIP1L1	Q6UN15	594 aa	Known RBP	12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF517	Q6ZMY9	492 aa	Predicted RBP	12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	RPS27L	Q71UM5	84 aa	Known RBP	12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	LRCH3	Q96II8	777 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	SNTG1	Q9NSN8	517 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	EFCAB9	A8MZ26	197 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	PITPNA	Q00169	270 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	PON3	Q15166	354 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	MORN1	Q5T089	497 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	ULK3	Q6PHR2	472 aa		12.67	□□□□□ -0.38
PTPRF-215	ENST00000496447	HSDL2	Q6YN16	418 aa		12.67	□□□□□ -0.38

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