RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000639501.1

PMS1-222, Transcript of PMS1 homolog 1, mismatch repair system component, human

TSL 5 BASIC

Gene PMS1, Length 2,506 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PMS1-222	ENST00000639501	PLEKHG5	O94827	1062 aa		24.67	■■□□□ 1.54
PMS1-222	ENST00000639501	ZSCAN22	P10073	491 aa	Predicted RBP	24.67	■■□□□ 1.54
PMS1-222	ENST00000639501	CRB1	P82279	1406 aa		24.67	■■□□□ 1.54
PMS1-222	ENST00000639501	KIAA1524	Q8TCG1	905 aa		24.67	■■□□□ 1.54
PMS1-222	ENST00000639501	RIOK3	O14730	519 aa	Known RBP	24.66	■■□□□ 1.54
PMS1-222	ENST00000639501	HSPA4	P34932	840 aa		24.66	■■□□□ 1.54
PMS1-222	ENST00000639501	UBE2H	P62256	183 aa		24.66	■■□□□ 1.54
PMS1-222	ENST00000639501	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	24.66	■■□□□ 1.54
PMS1-222	ENST00000639501	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	24.66	■■□□□ 1.54
PMS1-222	ENST00000639501	DLC1	Q96QB1	1528 aa		24.65	■■□□□ 1.54
PMS1-222	ENST00000639501	SYT1	P21579	422 aa		24.65	■■□□□ 1.54
PMS1-222	ENST00000639501	SPC24	Q8NBT2	197 aa		24.65	■■□□□ 1.54
PMS1-222	ENST00000639501	MAP4K4	O95819	1239 aa	Predicted RBP	24.64	■■□□□ 1.54
PMS1-222	ENST00000639501	STAP2	Q9UGK3	403 aa		24.64	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	MON2	Q7Z3U7	1717 aa		24.63	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	STX6	O43752	255 aa		24.63	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	PDCL2	Q8N4E4	241 aa		24.63	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	TTC14	Q96N46	770 aa		24.63	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		24.63	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	FOXO3	O43524	673 aa		24.62	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	U2AF2	P26368	475 aa	Known RBP eCLIP	24.62	■■□□□ 1.53	1e-7	■■■■■ 27.5
PMS1-222	ENST00000639501	LTK	P29376	864 aa		24.62	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	AK2	P54819	239 aa		24.62	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	RUFY3	Q7L099	469 aa		24.62	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	24.62	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	24.62	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	LETM1	O95202	739 aa	Predicted RBP	24.62	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	LARGE1	O95461	756 aa		24.62	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	F13A1	P00488	732 aa		24.62	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	24.62	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	24.61	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	RASEF	Q8IZ41	740 aa		24.61	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	SNX14	Q9Y5W7	946 aa		24.61	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	NRXN3	Q9Y4C0	1643 aa		24.61	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	CPA1	P15085	419 aa		24.61	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		24.61	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	24.6	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		24.6	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	ANKRD7	Q92527	254 aa		24.6	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	RAD50	Q92878	1312 aa		24.59	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	ATP8B2	P98198	1209 aa		24.59	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	DNM1	Q05193	864 aa	Known RBP	24.59	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	GTPBP4	Q9BZE4	634 aa	Known RBP	24.59	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		24.59	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	24.59	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	24.58	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501	EID1	Q9Y6B2	187 aa		24.58	■■□□□ 1.53
PMS1-222	ENST00000639501		A0A0U1RQG5	324 aa	Predicted RBP	24.58	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	SLIT1	O75093	1534 aa		24.57	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	XRN1	Q8IZH2	1706 aa	Known RBP	24.57	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	IGSF3	O75054	1194 aa		24.57	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		24.56	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		24.56	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	NECTIN2	Q92692	538 aa		24.56	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	CTIF	O43310	598 aa	Known RBP	24.56	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		24.56	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		24.56	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	PEAK1	Q9H792	1746 aa		24.55	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	LSG1	Q9H089	658 aa	Known RBP	24.55	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	SGSM2	O43147	1006 aa		24.55	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	PTGS1	P23219	599 aa		24.55	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	LIMCH1	Q9UPQ0	1083 aa		24.55	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	AKAP12	Q02952	1782 aa		24.54	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	FLII	Q13045	1269 aa		24.54	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		24.54	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	MTMR6	Q9Y217	621 aa		24.54	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	GNAI3	P08754	354 aa		24.53	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	24.53	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	CCDC83	Q8IWF9	413 aa		24.53	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	PI4K2B	Q8TCG2	481 aa		24.53	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	24.53	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	MET	P08581	1390 aa		24.53	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	PLEKHG1	Q9ULL1	1385 aa		24.53	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	ZSCAN21	Q9Y5A6	473 aa	Predicted RBP	24.53	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	GJB2	P29033	226 aa		24.52	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	24.52	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	AOX1	Q06278	1338 aa		24.52	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	ITSN1	Q15811	1721 aa		24.52	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	24.52	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	SPG7	Q9UQ90	795 aa		24.52	■■□□□ 1.52
PMS1-222	ENST00000639501	NCBP1	Q09161	790 aa	Known RBP	24.51	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	SOS1	Q07889	1333 aa	Predicted RBP	24.51	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	KIF20A	O95235	890 aa		24.51	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	ST3GAL1	Q11201	340 aa		24.51	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		24.51	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	ARHGEF10	O15013	1369 aa		24.5	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	EPB41L2	O43491	1005 aa	Known RBP	24.5	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	CAST	P20810	708 aa	Known RBP	24.5	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	LRMP	Q12912	555 aa		24.5	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		24.5	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		24.5	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		24.5	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	SOX12	O15370	315 aa		24.5	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	STK31	Q9BXU1	1019 aa		24.5	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	ADAMTS13	Q76LX8	1427 aa		24.49	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	LUZP1	Q86V48	1076 aa		24.49	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		24.49	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	HYPK	Q9NX55	129 aa		24.49	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	ATP6V1D	Q9Y5K8	247 aa		24.49	■■□□□ 1.51
PMS1-222	ENST00000639501	USP44	Q9H0E7	712 aa		24.49	■■□□□ 1.51

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